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2016年11月26日，巴基斯坦政府正式宣布，提升卡马尔•贾韦德•巴杰瓦(qamar javed bajwa)为四星上将，并接替拉希勒•谢里夫(raheel sharif)为巴基斯坦下一任陆军参谋长。随后，不仅巴基斯坦媒体、印度媒体，甚至西方媒体也对此进行了重点报道。比如11月27日，巴基斯坦英文大报《论坛快报》就刊发其总编一封致巴杰瓦的公开信，全面而简要地阐述了巴基斯坦内外形势和面临的任务，文中的殷切希望溢于言表。印度媒体也立刻跟进，对巴杰瓦进行了全面的介绍和剖析，并对未来的印巴关系进行了展望。西方智库、媒体也接连发文，分析巴杰瓦继任后对巴基斯坦未来政治走向以及对南亚地区形势的影响等。甚至有文章称，通常意义上是国家拥有军队，而巴基斯坦军队则是拥有一个国家。
巴基斯坦宪法规定国家实行议会民主制，由议会多数党组阁，总理是国家掌舵人，为何军队参谋长的更替引发了巴国内外众多注意呢?这要从巴基斯坦军队在国家中的特殊地位谈起。
军队的重要政治作用
巴基斯坦是中国重要的邻国与友邦，其建国以来的政治发展却与同生共源的印度大相径庭，其政治进程就是军政矛盾不断演化的历史。自1947年8月14日独立至今，巴基斯坦军队直接政变就有三次，组建了四届军政府，持续时间占据该国迄今历史近半。而就算在民选政府时代，军队对政治的影响也一直存在，国防与外交领域基本等同于军队自留地，民选政府很难发挥自己的决策者作用。文官政府、军人政权几乎每10年就轮流更替;政党之间也是相互争斗，很少有政府能完成任期，除上届人民党政府外，只有穆沙拉夫时代的阿齐兹政府(2002～2008年)顺利完成任期，但也被外界视为军政权。宪法屡屡修订，国家构建一直处于变化过程中。
2008年，执政9年的穆沙拉夫政府被迫下台。2013年，人民党政府、穆斯林联盟(谢里夫派)顺利实现巴基斯坦历史上首次民选政府的和平交接。总体上，2008年以来巴基斯坦政治发展基本遵循了民主框架，军方基本恪守不干政原则，没有明显的干政行为。但军队在巴基斯坦政治生活中长期扮演重要角色，每当国家遭遇政治危机时，军方密谋政变的传言就不胫而走。
2011年11月10日，美籍巴基斯坦裔商人曼苏尔·里亚兹在英国《金融时报》撰文称，2011年5月9日曾代表巴基斯坦政府向时任美军参谋长联席会议主席的马伦递交秘密备忘录。备忘录中请美方向巴军方施压不要借本•拉登之死而政变，同时还希望美方能协助政府更换巴军方领导人，以加强巴政府对军队的控制力。作为回报，巴总统扎尔达里将就拉登藏身巴境展开独立调查，人员可由美国指定，全面清查巴境内的“基地”组织成员和向其提供庇护支持的内部势力，巴政府还将向美国移交所有恐怖分子，或为美在其境内开展军事清剿开“绿灯”。这就是巴基斯坦政治上著名的“备忘录门”。此事后来得到马伦确认，迅速在巴引发轩然大波。反对党及民众纷纷指责人民党政府为一己私利而出卖国家利益。据传，时任巴基斯坦驻美大使哈卡尼是此事件直接策划者，而总统扎尔达里则是“后台大老板”。为此，哈卡尼被迫辞去大使职务，回国说明情况，但人民党政府完全否认指控，声称扎尔达里对此毫不知情，并保证将“依照宪法保护巴基斯坦的情报部门和军队”。此举关系到巴军方的颜面，陆军参谋长基亚尼坚持要求最高法院就此展开调查。2011年12月30日，巴基斯坦最高法院设立专门司法委员会调查备忘录事件，并在巴国内外采集相关证据;最高法院还威胁如证实此事，有可能根据法律宣布总统和总理违宪从而丧失任职资格。这一决定得到巴基斯坦军方支持，但巴政府反对进行司法调查，坚称议会已在着手调查此事。2012年1月，双方矛盾进一步激化。1月9日，总理吉拉尼公开表示“军队高级将领到最高法院就‘备忘录门’做证违宪”，11日以“行为不当”为由将军方代表、国防秘书洛迪解职，12日在议会演讲时称“现有试图推翻政府的阴谋，军队必须服从议会”。军方则立即反驳，陆军参谋长基亚尼称总理吉拉尼言论将“导致严重后果”，并对守卫首都的主要作战力量111旅做出调整，任命了新旅长，12日还召开紧急高级军官会议商量对策。一时间，巴政治危机一触即发，随后政府表示退步，愿意接受司法调查，但因当事人不愿出庭作证，事情至今还没有结论。
而2013年初，宗教组织“正义道路运动”(pakistan awami tehrik，pat)在首都伊斯兰堡组织游行示威，公开要求政府辞职，其首领卡德里公开赞扬军队在国家中的作用，外界纷纷传言其是军方代言人，军队政变的传言再次盛行。而纳瓦兹·谢里夫2013年5月大选获胜上台后，军政关系依然是制约其施政的关键因素。
2013年谢里夫政府执政以来，因为在审判前总统穆沙拉夫、开启与巴基斯坦塔利班的和谈两大议题上与军方意见相左，“军政矛盾依旧突出，严重制约了政府的决策及管理，决策层的无所作为，恶化了国内的安全与经济挑战”。特别是2014年8月起，以正义运动党为首的反对党宣称穆斯林联盟(谢里夫派)大选舞弊，要求谢里夫辞职，重新大选，巴政治局势一度岌岌可危，军方最终介入调停，危机持续数月方才平息。自此，谢里夫政府谨小慎微，避免触犯军队利益，双方维持了相对稳定的合作状态。但巴基斯坦国内政治、外交、国防仍然离不开军方发挥作用，军队也时常就某些问题公开发表意见。
2015年11月10日，巴陆军参谋长拉希勒就指责政府行政不力，军队的反恐行动没有得到良好支持，而2015年1月通过的国家行动法案也没有被政府有效执行。2014年6月，军方开展“利剑行动”，打击境内部落区的恐怖团伙，同时还在国内最大城市卡拉奇开展打击黑社会的治安运动，两年来巴国内恐怖活动次数、伤亡人数均大幅下降。巴军方还设立军事法庭，公开审判涉嫌参与恐怖活动的嫌疑人，在卡拉奇的武装军警甚至还将打击对象拓展到贪腐政客和政府官员。外交和国防方面，2014、2015年，军队参谋长拉希勒出访美国、阿富汗，与两国政府商讨反恐合作以及阿富汗和谈问题，据称巴军方还出于安全考虑，否决了巴政府试图与印度、伊朗加强贸易和经贸往来的企图，这一系列事件都表明了军方对国防和外交的牢固掌控。
那么，巴基斯坦军队为何会有如此强大的影响力?其政治角色的形成有什么特殊原因?这就要追溯到巴基斯坦建国与巴基斯坦军队创建的独特历史了。
巴基斯坦军队的创建及初步政治化
巴基斯坦军队的强势政治作用，可追溯到建军初期。巴基斯坦独立初期的十余年，军队处于逐步正规化、定型化过程中，也逐渐对自己在国家政治中的角色和定位有了清晰的认知。回顾这十年的历史条件、突发事件、决策、社会运动，对于理解军队干政的起源有着重要意义。某种程度上，巴基斯坦国家初建所面临的印度威胁以及国家构建过程中的失败，成为军队干政的重要原因。
(一)建国初期军队从属于政府。独立伊始的巴基斯坦军队脱胎自英属印度政府军队，兵少将寡，全军仅有一名少将，而印度也只有两名。因为军官人数不足，巴基斯坦政府暂时雇佣了大量英国军官出任高级军职。这种情况下诞生的军队没有经历过独立解放战争的洗礼，巴军可以说是一支“前殖民军队”，而不是一支“民族解放军”。
多数巴军官加入巴军之前都是英属印度军官，他们接受了传统的英国军事教育，即强调军事专业素养，培训军事知识与专业训练，但不参与政治讨论。在英印时代，印度总督兼任军队总司令，士兵被严禁参与政治活动。在这种背景下，建国后印巴两国军官仍信奉“文明的政治应当是文官统治与议会政治，而且在英属印度政府统治下，军官们普遍对政治观点非常谨慎”。独立后，巴军继承的军事院校依然在英国人监管下，实施军事专业训练。故建国初期的巴基斯坦军队继承了英属印度时代的军政关系，秉承“军事、行政完全隔离”原则，加入巴军的年轻军官们依旧秉承政治中立态度，并将这一传统传递给新一代军人。
巴基斯坦在建国之初建立了完整的行政机构，对国防事务进行监督和管理。1948年6月，作为国防决策的最高机关，内阁国防委员会(defense committee of the cabinet)成立。内阁国防委员会下设一个国防理事会(defense council)，由国防部长领导，成员由文职官员构成。军队事务都由该委员会管理和监督，因此建国之初的巴军完全在政府控制之下。
(二)克什米尔战争催化军队政治化。1948年爆发的克什米尔战争对巴军的政治化有着两方面重要影响，一是催生了巴军官对政府的不满情绪，为后来第一次军变埋下伏笔。二是确立了军队对国家大部分资源的超然垄断。对初生的巴基斯坦而言，只有大力加强军备才能保证国家安全，这是当时的选择。
第一次克什米尔战争，最终双方达成停火协议，但巴军方对此并不满意，将其视为政府向印度投降、将巴军潜在的胜利拱手相让。克什米尔战争结束6个月后，1949年7月，时任巴军总参谋长的阿克巴•汗就开始策划巴军历史上第一次军变，希望推翻民选政府。但政变计划被当时的西北边境省犯罪调查署检查员破获，1951年3月，以阿克巴•汗少将为首的一部分少壮派军官被捕，他们被指控阴谋推翻首任总理阿里•汗(liaquat ali khan)政府。所有涉案人员被捕入狱，后经特别法庭审判后，政变参与人员因煽动暴乱、危害国家而被开除军籍，阿克巴•汗被判入狱12年。
这次军变的主要原因是军队将领不满政府在克什米尔战争中的表现，不希望巴基斯坦加入美国为首的西方集团，希望在巴建立军政府领导下的社会主义国家。巴基斯坦伊斯兰共和国历史上首次军变虽然失败，但其重要性在于开启了军队政治化的大门。阿克巴·汗发动政变，更主要原因在于军队干政意识的强烈，军方对政府施政不满，认为政客腐败透顶，只有军方才能挽救国家。阿克巴·汗鉴于巴基斯坦平均教育水平很低，认为民众并不适应现代民主体系。在国家危急时刻，更需要政府快速决断。参与政变的军官认为掌握大权的政客们能力低下，贪腐成风，对于创建一支强大的国家军队并不热心，完全依赖英国军官，忽视巴爱国士兵的诉求。军官们还认为只有军队才是巴基斯坦唯一的靠山，认为当前情况下，只有立即军变才能改变国家落后面貌，这是1951年拉瓦尔品第军变企图的直接原因。
克什米尔战争后，巴军开始大力发展装备。1951年7月，为响应印控克什米尔地区举行制宪会议，印度在印巴旁遮普边境开始军事动员，巴军一片慌张，因为当时巴军仅有十几辆老旧坦克“仍旧能运转”，根本无力抵抗印度的新一轮打击。在严峻的军事形势下，1951年8月起，巴内阁更改规定，凡是处理有关国防的事务，军队领导人可正式参加。全国的资源也全面向军事倾斜，为了加强军事力量，建国最初三年政府支出的70%都被投入到军事领域，1947～1959年，巴基斯坦军事开支占政府预算比例平均达到59.5%。
(三)军队素质提高助推政治化。建国后，巴基斯坦军队从建立之初的英属印度军队残余起步，迅速成为装备精良、训练有素的职业军队，这极大助长了军官们的政治野心。
为了解决本土军官奇缺的问题，巴军方一方面留任500名英国军官暂时管理军队，另一方面大力提拔巴籍军官。为此，巴政府建立特别委员会，大力提拔军中的本土军官。经过几年的努力，到了1951年，除了一些关键的技术性岗位外，指挥与参谋层级基本都由巴基斯坦本国军官担任。1951年1月，阿尤布•汗也成为首任巴基斯坦籍总司令。
但当时巴军装备还不齐全，印巴分治时巴军几乎没有任何军工厂，所有英印军队拥有的7个军工厂都位于印度境内，而47个训练基地中，巴仅有9个。阿尤布•汗曾回忆说，“我们的军队装备极差，组织混乱，但还要护送上百万难民，在克什米尔进行战争……整个时期，我们没有恰当的军事组织，没有武器，也没有弹药”。但第一次印巴战争使得巴军迅速发展，1949年8月，巴军开始重组，训练、参谋、作战、后勤体系都进行了重新设计与建设。1954年，军队已经可以在旁遮普举行大规模、多地形的军事演习，参与人数达五千。军队迅速重建、重组、改革，涉及了“大量的技术和组织上的进步”，将一支前殖民军队成功变成了“一支全新巴基斯坦军队，拥有自己的鲜明特性”，“塑造了新的精神和自信”。
(四)军队干政意识萌生。虽然在英国军官留任的初期，在国父真纳和阿里•汗领导下，巴军方基本还能恪守不干政原则，但随着巴军专业素质的提高，以及真纳与阿里•汗的陆续去世，军队高层对政治现状越来越不满，越来越对巴基斯坦这样一个内忧外患的国家是否能实行议会体制感到忧虑。以阿尤布•汗为代表的高级军官们鄙视政府文官，认为政府里的政客只会夸夸其谈，争权夺利，缺乏奉献精神，认为建立强有力的中央政权方能保证内部团结与国防强大。一名高级军官坦承，“当时陆军司令部内，军官们花了大量时间讨论政治”，谴责政府低效、贪腐。1950年代初期的美国秘密档案也揭露，当时军方领导层已经决定“影响、控制国家政治事务的轨迹”。比如为了限制东巴的人数优势，理顺政府管理体系，阿尤布•汗领导下的军队曾积极支持西巴各省合并的“一个单元”(one unit)计划。
东巴、西巴之争弱化国家构建
巴基斯坦军队政治化与国家构建的迟滞不前密切相关。巴基斯坦是一个理论概念，即南亚次大陆所有穆斯林都归属同一民族，这是巴基斯坦赖以建国的理论基础，但其忽略了穆斯林各民族之间的文化、经济差异。随着中央集权的国家成立，原本隐藏在穆斯林内部的各种矛盾开始爆发，首先引爆的就是孟加拉民族意识的突显。
(一)孟加拉问题浮现。独立初期的巴基斯坦由东西两部分组成(东巴是今天的孟加拉国，西巴是今天的巴基斯坦)，西部有旁遮普省、俾路支省、西北边境省、信德省，东部有东孟加拉省。各省主体民族、语言、风俗都有所差异，将他们维系在一起的共同纽带就是伊斯兰。西部的四省中旁遮普省一支独大，占据了中央及军队中的多数职位，这引发其余各省的不满，孟加拉由于远离中央，各方面都受到西巴的不公对待，对巴基斯坦政治现状尤其不满。
最初，孟加拉就对建立巴基斯坦有不同意见。1940年3月23日，穆斯林联盟(简称“穆盟”)在拉合尔年会上通过决议，要求建立独立穆斯林国家，范围包括穆斯林占多数的次大陆西北部和东部，而其中各个地区拥有独立主权。来自孟加拉的穆斯林领导人认为这个决议表示未来将建立两个独立的主权国家。但真纳等核心领导层却决心建立一个统一主权国家。1946年4月，穆斯林联盟通过决议，要求穆斯林占多数的邦联合组建巴基斯坦。但孟加拉领导人认为这并不影响1940年决议。而且，孟加拉人还认为即使组建统一的巴基斯坦，也应实施联邦制，孟加拉的特性、语言与政治权利都应得到保护。
巴基斯坦建立后，孟加拉成为国家的东部，孟加拉人占全国人口半数以上，基本都集中在东巴，与西巴距离上千公里，两部分的交流异常不便。而且，在巴军队和行政官员中，孟加拉人基本被排除在外。分治时，选择加入巴基斯坦的133名穆斯林文官，仅有1名孟加拉人。而旁遮普人占巴基斯坦总人口比例为24.9%，但在军队中占77%，孟加拉人占巴总人口的55.4%，但在军队中仅占不到3%。1955年，军队中仅有一名准将来自东巴，来自西巴的则有34位。中下级军官中，来自东巴的仍然很少。来自东巴的军人偏少是英殖民当局政策歧视的结果。1857年印度大起义中，孟加拉人是起义部队的先锋，20世纪的20、30年代印度民族运动中，孟加拉人又成为运动的早期领导层，坚决反对英国殖民统治，因此英属印度殖民当局认为孟加拉人并不可靠，很少从孟加拉地区招募士兵。建国后，巴政府也曾努力增加孟加拉人在政府和军队中的比例，但因受到军队抵制，收效甚微。
新独立国家通常需要中央集权以利于国家建设，但多民族国家弥补民族分歧又需要地方自治与权力分享，这在巴基斯坦形成了尖锐矛盾。西巴人掌握了中央权力和大量资源，东巴被剥夺感日益加剧。巴中央政府加强中央集权，加强军事建设，地方自治权利被剥夺，占全国人口半数的孟加拉人被排斥在国家构建过程之外，新建的巴基斯坦埋下了冲突的种子。
(二)孟加拉语言运动掀起民族主义浪潮。新独立的巴基斯坦中，孟加拉民众希望能将孟加拉语定为官方语言，但巴基斯坦政府对其予以拒绝，主要是因为其与真纳提出的“两个民族”理论相抵触。真纳认为印度次大陆的印度教徒与穆斯林，因为分属不同宗教，而具有不同的民族属性。而如果承认穆斯林内部也有民族分别，则巴基斯坦就失去了赖以生存的理论根基。
穆斯林联盟宣称印度次大陆的穆斯林民族与印度民族的区别就是乌尔都语，这是伊斯兰文化的基础。1937年穆盟在全党勒可瑙大会上曾希望将乌尔都语定为党的官方语言，但遭孟加拉代表反对而作罢。建国后，巴基斯坦政府不顾全国只有4%的人母语是乌尔都语的事实，将乌尔都语定为全国唯一官方语言，此举极大激化了民族矛盾，巴国家认同开始陷入危机。
1948年2月23日，一名来自东巴的国会成员在制宪会议上提议将孟加拉语与英语、乌尔都语同样作为会议语言;但遭总理阿里•汗拒绝，认为这等同于分裂国家。此举迅速激化了东巴孟加拉人的民族情绪，东巴首府达卡学生举行抗议示威，3月演变成了东巴大罢工，最后许多学生领袖被捕。
巴基斯坦政府将孟加拉语言运动视为印度支持的分裂巴基斯坦的阴谋。1948年3月，真纳在独立后首次访问东巴时，警告说“巴基斯坦的敌人不能阻止巴基斯坦的建立，现在他们开始通过语言问题在穆斯林中间制造分裂”。真纳明确拒绝将孟加拉语定为官方语言，称“巴基斯坦的官方语言只能是乌尔都语，没有其他语言”。1948年12月，巴基斯坦教育部决定，为了突出国家的伊斯兰特征，未来各地区语言的书面文字也将换成阿拉伯字母或乌尔都字母。而孟加拉语本来是用梵文字母拼写的语言，于是巴基斯坦政府在东巴各地建立了成年人语言中心，教育孟加拉人用阿拉伯字母拼写孟加拉语，此举遭到孟加拉人激烈反对。
1950年10月，负责制订宪法基本原则的“基本原则委员会”发布临时报告，建议乌尔都语定为唯一官方语言，激起了制宪会议中孟加拉成员的不满，孟加拉民族主义情绪高涨。在“人民穆斯林联盟”(从穆斯林联盟中分裂而成)领导下，孟加拉共产主义者与民族主义者组成“民主联邦中央委员会”，反对该报告，争取民众支持，在达卡组建大国民会议，提议根据1940年拉合尔决议制订新宪法，并要求东巴、西巴组建联邦国家，中央政府只负责外交、防务，且东巴可以拥有自己的武装力量。
1950年11月，由于东巴的激烈反对，上述临时报告被正式取消。但东巴民族运动让巴基斯坦中央政府极为警惕，尤其是东巴要求组建独立的国防力量，这与巴军方建设强大中央、强大国防军的理念相背。1952年1月，巴基斯坦正式决定将乌尔都语定为唯一官方语言，东巴首府达卡随即掀起大规模学生抗议和罢工活动;2月21日，达卡警方开枪打死数十名学生和游行民众，激起孟加拉人更多反抗。1955年，中央政府同意将孟加拉语与乌尔都语共同作为官方语言，方才使语言之争暂告一段落。
东巴、西巴语言之争背后也隐藏着经济利益的争夺，承认孟加拉语为巴官方语言，将会增加孟加拉人在政府机构和经济资源中的人数和势力。否认孟加拉语的官方语言地位，受过教育的孟加拉人就很难进入政府公务员序列。但更重要的是，语言之争与孟加拉民族情绪诉求融合，团结了孟加拉各阶级民众，形成了本尼迪克特•安德森所说的“想象的共同体”，为后来的孟加拉分离打下了基础。
对当时的巴基斯坦国家建设而言，如何构建恰当的宪政框架将孟加拉纳入主流政治，是最大的挑战。但西巴控制的中央政府为了加强中央集权，因担心影响国家的凝聚力，不愿真正向各省让权。孟加拉精英认为自己被排除在国家权力之外，在军队中更是无足轻重;对中央政府怨气不断积聚。
1954～1955年，东巴、西巴围绕黄麻之争矛盾更加尖锐。黄麻主要在东巴生产，但收益多被中央政府收走，用于西巴的工业发展和军队装备上。独立最初的十年，巴基斯坦三分之二的政府资金用于西巴;自1947至1960年，62%的外来发展援助和贷款被投入西巴，只有17%给了东巴。东西两部分差距越来越大。
(三)代表权和选举制度之争。1947年巴基斯坦独立伊始就建立了制宪会议，负责制定宪法，并暂时行使议会职权。面对政治经济劣势，孟加拉希望尽快通过制定宪法而取得政治平衡。但如举行大选，之前未经选举而产生的西巴政客的政治和经济地位肯定会受到影响。故双方围绕政治代表权、选举制度不断争吵，宪法的制订一拖再拖，选举也无法举行。
孟加拉人口占全国半数以上，因此他们希望凭借选举取得相应政府份额。故东巴制宪会议代表主张实施多数民主制，议会席位将按人数分配。而西巴主张东、西巴平等代表权。此外，因为当时东巴境内有大量印度教徒，孟加拉代表主张实施联合选区制，但西巴主张分别选区制，希望借此削弱、分化孟加拉穆斯林和印度教徒。
(四)孟加拉政治势力崛起。穆斯林联盟是领导巴基斯坦独立运动的主要政党，在巴独立之初，穆斯林联盟在西巴、东巴都占统治地位。但随着东巴民众对中央的不满日益增长，穆斯林联盟失去执政地位。1954年3月，东巴举行省议会选举，穆斯林联盟被孟加拉几个民族主义政党组成的联合阵线(united front)击败。这次选举基本确定了之后巴基斯坦政党政治的轨迹，从此穆斯林联盟只局限在西巴之内，孟加拉政党也只能在东巴生存，在西巴没有支持基础。联合阵线上台后立即向中央提出分权诉求：除外交、国防外，其他事务都归省政府管理，海军司令部应从卡拉奇转到吉大港，并支持安萨尔(ansar，是一支民兵武装，成立于1948年，主要职能是协助警察维护治安)用于本地防务。
孟加拉地方政治势力的崛起，引发巴基斯坦总督与军方忧虑，他们将孟加拉自主意识萌生视为国家安全的威胁，并认为1955年孟加拉语成为官方语言更是开启了“巴基斯坦崩溃的第一步”，是那些“鼓吹东巴、西巴分离，将东巴带给印度的人的巨大胜利”。
军队逐步介入政治
(一)军队开始承担非军事任务。根据巴基斯坦法律规定，巴基斯坦军队可以通过“民事援助”(aid to the civil power)的名义介入非军事任务。这是南亚次大陆的政治传统，早在英属印度时代，当时的英印政府就规定军队可在政府请求下出动维持内部治安。即当殖民当局无法维持社会秩序时，可使用这一条款请求军队援助。但如何处理事情，就完全“由军队自己做主”。1951年起军队就开始参与国家建设活动，如救灾、公共基础设施建设等，对承担非军事任务有了一定经验。1952年起，巴基斯坦军队以“民事援助”名义，开始逐步参与各种非军事任务。
1953年3月，旁遮普拉合尔爆发反艾哈迈迪亚运动，后来形成骚乱，警方无力控制局势，旁遮普省政府寻求军队帮助，希望恢复社会秩序。在巴军最高指挥部领导下，当地部队对拉合尔实施军事管制，并大大拓展了军事管制的范围。军队在当地开展修路、铺设人行道、清理公园、清洁商铺、管制基本商品的价格等各项活动。军队还发起“健康拉合尔周”活动，并大力抨击“婚礼与庆典过分的奢侈”。但军队实施军事管制超过了中央政府设定的期限，拉合尔的秩序已经恢复正常，军方依旧实施管理，后来才退出。
军队代行政府职能的成功让高级军官们信心大增，认为军队完全可以代替政府，实施更有效的管理。在拉合尔军事管制后期，“军队能力强于政府已经在多数军官心中扎下了根”，也使得军官们“完全忽略了军队干政的风险”。同时，公众对军法管制表示拥护，使得军队内部对军队接管政权更加自信。
(二)政党失去对军队的控制。巴基斯坦是国父穆罕默德•阿里•真纳(1876～1948年)率领穆斯林联盟团结南亚次大陆多数穆斯林，坚持“两个民族”理论而成立的。真纳是印巴分治前印度穆斯林联盟主席、巴基斯坦立国运动领袖、巴基斯坦首任总督，在巴全国享有巨大威望，其亲密盟友利雅卡特•阿里•汗(liaquat ali khan)以穆斯林联盟为基础，成立了巴基斯坦政府，阿里•汗成为首任总理。但1948年，真纳不幸因病去世。真纳的去世深刻影响了巴基斯坦政治发展的格局。相较于印度的尼赫鲁，真纳还没有为巴基斯坦规划好发展路线就离世，使得无人能够统领巴基斯坦。真纳去世后，总理阿里•汗领导下的穆斯林联盟政府(1948～1951年)极力加强中央集权，阿里•汗本人对分散权力的议会体制甚为反感，甚至一度将其他政党的成立视为叛国。但1951年10月16日，阿里•汗在拉瓦尔品第的公共集会上被刺杀(凶手是一名流浪巴基斯坦的阿富汗人萨德(saad akbar babrak)，但随后不久此人被警察打死，其行刺动机至今不明)，原本就松散的穆斯林联盟顿时群龙无首，迅速分裂，已无法凝聚人心、支持现有宪政体系，政府对国内局势、对东巴越来越难以控制。
因为外部的印度威胁及内部不稳，建国伊始巴基斯坦政府就大力加强军事建设，总理阿里•汗虽亲自担任总理和国防部长，但实际上并无精力和时间来管理国防事务，这给了军队巨大的自主空间，军队将领可直接向总理汇报，在制度上绕开了国防部长这一层级。同时也让军方将领认为包括阿里•汗在内的政客都只关心自己的政治利益，对国家安全并不在乎。阿尤布•汗的参谋及传记作者艾哈迈德(mohammad ahmed)曾回忆说，“当时内阁没有全职的国防部长来处理困难重重的军事问题……总理兼任国防部长，但同时他又是党主席，整日忙于巩固自己党在政治上的位置……其继任者也从没有时间参与国防部的重要军事会议”。担任总司令的阿尤布•汗“出现在每个场合，参与所有重要的事情，任何政府重要决策之前都要咨询他的意见，不管是教育、金融、外交、工业甚至社会福利事务都不例外”，“所有决定都是陆军总部(ghq)作出的。中央政府和行政高层对军队没有任何控制”。
“从安全角度考虑，军方并不信任政府，特别是不信任官员们的保密能力”。故克什米尔战后，巴军方以外来干涉会削弱军方的战斗准备为由，拒绝任何政府审查。军队需要装备时，军方就利用战备作为借口绕开行政当局。1949年5月到1950年2月期间，时任财政部长曾多次警告总理阿里•汗，军队总司令及空军指挥官行动大大超过他们的权限，漠视法律，严重违反财政程序，“可能造成财政破产”。
(三)军队初步干政。阿里•汗遇刺后，巴基斯坦政治局势持续动荡。1953到1954年，巴总督、总理争执不休，军方公开放弃不干政原则，在政治危机加剧时实施干涉，成为实际上的政治集团。但最初军队介入政治，是在总督要求下，以军政联盟形式进行的。
1953年4月，总督古拉姆•穆罕默德以政府无能、无法维持秩序及保证粮食安全为由，解散总理克瓦贾•纳泽穆丁(nazimuddin)领导的穆斯林联盟政府，而当时穆盟在议会中占据多数，并受到多数议员支持，穆盟提交的政府预算也刚刚顺利通过。这次总督与总理之争受到军方大力支持，古拉姆后来坦承，“阿尤布•汗在解散政府这件事情上有很大关系”，解散政府之前，巴军曾在全国关键地点部署军队，威胁占领制宪会议。
军方支持总督解散政府，关键在于纳泽穆丁政府相关政策不利于军队利益，政府的指导思想也与军队的主流观点大相径庭。1952年12月，纳泽穆丁政府曾发布报告，许诺给孟加拉人保留更多的议会席位;纳泽穆丁政府还曾考虑积极回应印度提出的非战宣言，认为这将“轻松减少国防费用”，改善“极其困难的经济形势”，但后来因为印巴双方没有达成协议，两国没有缔结非战协定。但纳泽穆丁政府试图减少军费，1953年军费就比上年减少了三分之一，这让军方无法容忍，最终支持总督解散政府。
但总督解散政府引发制宪会议不满，为限制总督权力，1954年9月20日，制宪会议重新颁布1949年的“政府公职和议员(资格取消)法”，使制宪会议有权取消政府部长和其他公职人员的资格。9月21日，制宪会议又对1935年印度政府法的第10条作出修订，确保总督不能以任何方式解散现政府。10月，制宪会议最终提出宪法草案，规定未来的总统将只是虚位国家元首。宪法草案还规定，孟加拉语与乌尔都语都将成为官方语言，实行两院制，下院根据人口比例分配席位，上院则在各省之间平等分配席位。中央政府只负责国防、外交、金融、通讯等少数事务，其他都归各省自治。总督古拉姆不同意宪法草案，就在通过宪法之前的10月24日，以制宪会议“失去民众信任，不再运转”为由，解散制宪会议和内阁，并宣布巴基斯坦进入紧急状态。
军方在总督解散制宪会议行动上起到了主要作用。当时总理穆哈迈德•阿里•布格拉(mohammad ali bogra)被从美国紧急召回国内，随即被武装押送进入总督府，军方赤裸裸威胁总理必须合作，否则他就将面临军法审判甚至更严重的后果。在此情况下，布格拉被迫同意继续担任内阁改组后的总理。当地媒体对当时情况进行了生动描写：“在1954年10月那个夜晚，总理被左右两位将军所胁持，已经处于半疯癫状态的总督将解散制宪会议的决定强加给总理，实际上建立了半独裁的统治体制。”
军队干政从幕后走向台前
(一)军队成为政治监护人。1954年10月，巴基斯坦总督在军队支持下解散制宪会议，改组政府，总督得意地将新政府称为“天才内阁”，其最重要变化在于现役军人出任内阁部长：内政部长是少将米尔扎，国防部长是总司令阿尤布•汗。
军方进入内阁表明军队对政治的影响已经不再隐藏在幕后，军队开始大刀阔斧按照自己的设想建设国家。1954年10月，阿尤布•汗领导内阁制订了一部题为《对巴基斯坦现在、将来问题简短评估》的宪法草案，目标是将巴基斯坦民众团结在统一、稳定、发展的道路上。阿尤布•汗认为民主在巴基斯坦只有“适合当地民众的基因”时方能发挥作用。因此，他提出了一种“可控的、制衡与反制衡民主”模式，希望将这种模式推广。草案拥护强势总统制，总统控制内阁与省政府。中央与各省立法会选举将间接举行，避免未受教育的民众受到蒙蔽选举那些道德败坏的政客上台。为便于更好发展与防御，草案还提议将西巴各省组成一个省。为维护国内团结，草案也提议东、西巴均衡发展，防止政客煽动民族主义。在代表权问题上，草案提议东、西巴将在立法会中各拥有150个席位，立法会可任命内阁，内阁受总统控制，立法会有权解散省政府。为便于理顺国防事务架构，草案还提出行政与军事机构合并，提议任命军队总司令，总司令既领导三军联合参谋部，同时出任国防部长。
1954年11月，巴中央政府征求各省意见，希望各省议会批准西巴合并计划，但因为“其他各省普遍担心，统一意味着旁遮普人控制西巴”，实际都不赞同合并。但军方威胁各解散省政府，不同意合并就会军事接管或解散省政府。1955年，合并决议被通过。
但此宪法草案被联邦法庭否决，法庭裁决宪法只能由《1947年印度独立法》产生的制宪会议制订。1955年6月，由各省立法机构选举产生了第二个制宪会议。该制宪会议由东、西巴各选出40名代表组成。1956年3月，第二届制宪会议终于通过了巴基斯坦第一部宪法，该宪法规定实施一院制，由东、西巴各150名议员组成，总统权力受到限制，无权解散议会，也不能否决法案，但在特定情况下，可宣布紧急状态。同时，总统还有权在总理“失去议会信任”的时候，解除总理职务。这一条款含糊不清，为后来总统、总理之争埋下隐患。宪法还规定，孟加拉语、乌尔都语并列为官方语言。3月23日，宪法正式生效，但政治局面并没有企稳：西巴的穆斯林联盟进一步衰落，许多党员加入以沙布西为首的共和党;东巴人民联盟与联合阵线争权夺利;全国政局仍然动荡不安。
军方对这部宪法并不满意，阿尤布•汗认为这是“一份令人绝望的文献”，因为“权力在总统、总理、内阁、各省之间分配，实际上没有人真正控制权力”。两年后，军队发动政变，1956年宪法被彻底废除。
总体说来，在1954到1956年期间，军队实际上承担了政治监护人角色。在军队支持下，个别政治家执掌权力，然后军方与官僚合作，共同处理国家构建问题，应对印度威胁。而文官及党派之所以“仍然能掌权，是因为被动同意，甚至积极支持”军队。
(二)政治不稳导致军队直接上台。自1955年7月第二届制宪会议召开，到1958年10月军队发动政变为止，短短3年内巴基斯坦经历了4届政府。1955年10月，阿尤布•汗的密友米尔扎(iskander mirza)取代古拉姆出任巴总督，并依据宪法被选为总统。米尔扎是老牌官僚，在英属印度时代就担任政府官员，与阿尤布•汗同属英国桑德赫斯特皇家军事学院毕业生。1947至1954年，米尔扎担任国防秘书，是政府与军方的主要联络人;在此期间，米尔扎与阿尤布•汗往来密切，支持军方与美国结盟，米尔扎本人与美国关系紧密，其子娶美国驻巴基斯坦大使希尔德雷思的女儿为妻。米尔扎同样质疑现代民主体制，认为民众需要的是可控民主，“只要多数民众仍是文盲，他们就不适合真正的民主，政府首脑就应当控制一切”。
在军方支持下，总统与政府之间争斗不断。1955年8月，穆斯林联盟的乔杜里•穆罕默德•阿里(chaudhry muhammad ali)组阁，1956年9月即倒台。随后，东巴的侯赛因•沙希德•苏拉瓦底(huseyn shaheed suhrawardy)率领人民联盟组阁。苏拉瓦底政府与米尔扎、军方的斗争最为激烈。苏拉瓦底是一位政治老手，“努力使政治摆脱军政寡头控制”，阿尤布•汗不满其对军方的严苛态度，后来苏拉瓦底同意不干涉军队事务，军队方才同意他组阁。
苏拉瓦底试图解决东、西巴发展不平衡问题，1957年4月，明确提出“只有将东巴人民纳入军队序列，东巴才能满意”。为此，他建议招募士兵时，降低孟加拉士兵的体格条件。阿尤布•汗则认为东巴民众缺少参军的热情，降低体检要求不利于战斗。政府为此组成官方调查组，最终建议按照同等条件从东、西巴招募士兵。
1957年4月，东巴省议会要求实施联邦制，但没有通过。同年9月，西巴议会通过决议，取消西巴合并的“one unit”计划。军方对此极为不满，在军方压力下，总理苏拉瓦底与总统米尔扎发布联合声明，支持目前的联邦架构，直到下次大选举行再决定。随后不到一个月，因为共和党退出政府，苏拉瓦底政府面临倒台危机，当时苏拉瓦底试图在议会就政府信任案举行投票，以挽救自己的政府，但总统米尔扎威胁将其解职，最终迫使其辞职。
苏拉瓦底政府倒台后，没有政党能取得半数以上席位，也就无法组成稳定的政府，有效代议制体制基本搁浅。接下来的几届政府都被迫以联盟形式组成，接替苏拉瓦底的是由穆斯林联盟的易卜拉欣•伊斯迈尔•楚恩德里加(ibrahim ismail chundrigar)领衔的政府，因共和党不满几个选区的安排，撤回对政府的支持，政府就被迫倒台。1957年12月，共和党的首领费罗兹•汗•努恩(feroz khan noon)担任总理;1958年9月底，努恩扩大内阁，增加6名东巴人民联盟成员，但这几名成员拒绝上任，中央政府再次面临解散危险。总统米尔扎难以控制局势，在陆军总司令阿尤布•汗压力下，于1958年10月7日宣布实施军事管制，暂停宪法，禁止政党活动，阿尤布•汗出任军法管制首席执行官。10月27日，阿尤布•汗指责总统米尔扎对国家局势恶化负有责任，迫使其离职。巴基斯坦代议制政府正式失败。
(三)国家监护人的角色认同是军变主要原因。对巴基斯坦军方而言，尽管不同的政府决策可能会对军队利益造成一定侵害，但任何政党都不敢完全忽视军方利益，军事预算与军队福利也不会受到政府限制。军方之所以从幕后走向台前，不是因为政局动荡妨碍了军队利益，主要原因是军人自视为国家利益监护人，难以容忍各政党间的争斗，认为要出手维护国家完整与统一。阿尤布•汗就曾公开声称，“军队不可能不受周围条件的影响。军人对充斥于生活每个方面的政治阴谋、贪腐、无能不会无动于衷。军人也有亲属，军人也会读报”。阿尤布在政变后发布的第一次演说中，再次阐述了自己政变的原因：“这是一个极端的行动，我们万分不情愿这样做。但我们别无选择，否则就会是国家彻底分裂、毁灭。正如你们所知，这种混乱是那些自私的人带来的，他们就是攫取了国家领导权的政客们，这些人毁灭了国家……他们渴望权力，为此不顾原则，法律荡然无存。他们的卑鄙、欺骗、堕落没有底线，国家和民众却日益衰败……我们最终目标是重建民主……但是是民众能够理解和执行的民主。”这表明了军队对政府不称职的失望，对民主造成巴政治、经济困境的批评。
同时，军队凭借专业素质，在管理方面比政府有效。军法管制之前，军队就开始代替政府实施管理，1957年12月，巴军发起“关门行动”，封锁东巴与印度边境，严厉打击境内“不法分子”走私食品和商品到印度西孟加拉邦和阿萨姆邦，有效解决了东巴的税收流失问题。但此举打击了东巴境内印度教家庭跨境传递资金活动，他们通过省议会向当时的中央政府施压，总理努恩为维持联合政府，要取消军队反走私职责。军队对政府此举非常不满，阿尤布•汗迅速通过总统米尔扎警告总理努恩，停止干涉军队行动，让军队完成任务。军人对政府不满，“憎恨政客，军官们普遍厌恶政府”。政变前几个月，曾有记者就军队战备情况采访阿尤布•汗，阿尤布•汗却要求记者不要担心军事问题，要“注意那些正在破坏国家利益的领导人”。
1958年初，军方高层已经形成共识，只有除掉瘫痪的民主政府，建立军政权，才能将巴基斯坦从那些争权夺利、贪腐、不爱国的政客手中拯救出来。“那些腐败政客除了权力，对国家统一、安全丝毫不关心”。1958年10月军变之前，军方也曾努力去各党派协商，试图找到符合军方标准的可以组阁的执政人选。但没有党派符合军方标准，军方最终决定彻底改造巴基斯坦的政治生态，这是巴军变的动因。
阿尤布•汗是巴基斯坦第一位军变上台的总统，其军变是国内诸多社会矛盾综合发酵的后果。当时巴基斯坦独立已逾十年，但党派、民族、宗教、官僚及地主等各种势力争权夺利，正常的政治秩序迟迟难以确立。阿尤布•汗率领军队政变上台，建立第一个军政府，迅速稳定了秩序。阿尤布•汗执政期间，军政府颁布了许多法令，促进了经济与社会发展，其对军队的精神塑造更是影响至今。巴基斯坦军人干政的行为模式，在阿尤布•汗时代得以确立和发展，军队逐步形成自我意识，认定只有军队才是巴国家、社会的最终保护者，这种监管者意识被历届军政府所继承，并在巴政治发展中起到重要作用。笔者接下来将详细阐述历届军政府时期军队对政治的改造，分析巴军与巴政治发展之间的关系。
阿尤布·汗时期(1958～1969年)
为建立新的政治制度、促进巴经济发展、实现现代化、维护国家统一，1958年阿尤布•汗领导军方政变上台后立即实施了重大政治变革。
(一)依靠职业文官管理日常事务，军方只负责决策。政变后，军方解散中央和省立法机构，解散中央与各省政府，废除宪法，实行军法管制，禁止政党活动，暂停基本权利，审查媒体。军政府还禁止包括前总理苏拉瓦底在内的数百名政客担任公职(军政府通过颁布《1959年取消任职法令》，取消了大约500～600名政治家的任职资格)。
政变初期，军方最高将领负责最终政府决策，阿尤布•汗同时兼任总司令及军法管制首席执行官、总统;海军、空军司令担任军法管制副执行官。1959年，阿尤布晋升为陆军元帅，任命亲信穆萨(mohammad musa)将军为总司令。
而日常行政事务方面，军政府主要依靠殖民政府遗留下的职业文官来进行管理，军队并不干涉。1962年解除军法管制后，军队更是远离行政事务。政变后，职业官僚积极拥护，一些高级文官在军政府内扮演了重要角色。1958年10月，阿齐兹(aziz ahmed)被任命为军法管制副执行官。同时，中央与省政府的民事仍由职业官僚负责，公共事业单位如水电发展局(water and power development authority)、工业发展公司(industrial development corporation)仍由专业人员负责。对此，有学者分析认为，“巴基斯坦出现的不太像一个军政府，更像一个军队支持的管理型政府。这个系统中的政治角色被消除了，或至少被极大缩小了，或被管理型的人员取代了。决策权集中在阿尤布•汗为首的军方与职业官僚手中”。
因为军队没有过多干涉行政，所以这次政变非但没有“打断军队自己的指挥体系，反而大大简化了决策程序”。军队只是“执行、贯彻、宣扬阿尤布•汗的政策”，行政官僚则在军方指导下行事。为防止官员贪腐及控制官员，军方颁布《1959年取消公职法令》，任何不合军方心意的官员都会被以贪腐、渎职等罪名去职。
(二)引入基本民主制，解决合法性。1959年，阿尤布•汗为解决统治的合法性，推出基本民主制(basic democracies)，赋予民众一定的选举权利。阿尤布•汗认为，巴基斯坦文盲众多，不可能在全国层面选出真正符合自己利益的代表，所以选举应当是间接的。具体方式为：基层选民可“在当地委员会层面为自己认识的人投票，也可为事关自己具体利益、自己也能明白的事情投票”。在基本民主制下，全国划为8万个选区(每个选区包括1000到1500人)，每个选区可选举一名基本民主代表，东巴、西巴的代表名额相等。基本民主制委员会的基本功能是促进农村地区的发展，如供水、下水道、公共卫生等，同时促进工农业发展与培养公民意识。1960年2月，通过8万名基本民主制代表组成的选举人团，阿尤布•汗当选为总统。
阿尤布•汗的政治改革受到好评，美国学者萨缪尔•亨廷顿认为，“在一个正在实现现代化的国家，保持政治稳定的先决条件是实现政府与乡村之间的制度性联系，基本民主制在这方面是一个完美的例子”。在军队内部，基本民主制也受到广泛支持，巴军军官多来自中下层，对巴社会情况比较了解，他们一般认为巴多数民众缺乏教育，难以明了民主在国家层面的涵义，也不会使用自己的选举权，在此情况下，实施基本民主制是必要的。究其根本，基本民主制试图通过培育基层的政治根基来增强政权稳固性;削弱政党的基础，将政府管理去政治化;将对公共资源和权力的竞争控制在个人意志之下。由于军方高层集中了军权，真正的政治权力仍在地方官僚手中，按照规定，地区专员、副专员可通过省长直接向军政府负责。这些官僚代表军方控制地方委员会，“指导政府管理，解决发展问题”。
(三)颁布宪法，巩固可控民主。为巩固统治，阿尤布•汗当选总统后，挑选各方面代表，以前首席法官沙赫布丁(muhammad shahabuddin)为首组成制宪委员会，开始制宪工作。1962年3月，阿尤布•汗颁布了南亚次大陆第一部总统制宪法。宪法规定实施联邦制，基本民主制代表组成立法机关，并可作为选举人团选举总统。行政权力集中在总统手中，总统任期5年。1962年宪法设立一院制国民议会，东巴、西巴也分别有自己的省议会，但只有非常有限的立法权(国民议会只能通过条例，而且即使三分之二多数通过，总统也可否决)。非常明显，1962年宪法的主要目的就是为了确认当时的政体，根绝政党竞争。为确保军人专政，防止民选政府控制军队，这部宪法还规定，未来20年内，只有现役部队中的中将(海军、空军也包括在内)才能担任国防部长。宪法颁布后，1962年4月，阿尤布•汗取消军法管制，举行间接议会选举，两个月后又开放党禁，允许政党活动。
(四)难以满足反对派需求。基本民主制并不能让被排挤在外的政治人物满意。东巴孟加拉人尤其不满阿尤布•汗忽视东巴利益，他们强烈要求议会民主制、去中央化的联邦制以及直接选举。被解散的东巴联合阵线、人民民族党以及部分反阿尤布•汗的穆斯林联盟政治人物组成“国民民主阵线”，以前总理苏拉瓦底为首，积极反对军政府统治，要求制定新的民主宪法。东巴、西巴都出现了街头冲突。为了平息反对派的不满情绪，军政府恢复了法院，保证公民基本人权，并许诺政治自由化。
1962年8月，政府建立公民委员会，负责调查实施普选权的情况，并就总统、中央、省议会直选的情况进行咨询。事后，该委员会发布报告建议实施成人普选权，国民议会实施直选，对总统是否直选没有定论。阿尤布•汗不满报告内容，下令司法部重新审查，司法部最终认定实施普选必须考虑特定的条件，因为普通民众很容易被宗族、教派、地区等因素影响，如果没有普及教育，过早赋予民众普选权毫无意义。司法部还建议由选举人团选举议会和总统，“现在民众受教育不足、生活水平较低、对政治理解能力不够”，所以“稳定的政府应当是重中之重”;认为在民众能力不足的情况下，实行直选只会让敌对分子上台，破坏国家的发展，制造混乱。
1965年，阿尤布•汗第一届任期行将结束，他寻求连任，并得到了穆斯林联盟(传统派)的支持。而反对党利用开放党禁，联合组成“联合反对党”(combined opposition parties)，推举真纳的妹妹法蒂玛•真纳(fatima jinnah)作为总统候选人。阿尤布•汗一方面指挥本党开展竞选，另一方面利用情报机构打压反对派。在阿尤布•汗指导下，原本负责国外情报搜集的三军情报局(inter services intelligence directorate，isi)将工作拓展到国内情报搜集，对反对派领导人、工会、媒体、学生组织等开展监视与镇压。1965年1月，阿尤布•汗成功连任，但法蒂玛也赢得了36%的选票，而在东巴更是高达47%，突显了孟加拉人对军政府政策的不满。
(五)军政府执政成绩明显，但贫富不均破坏社会公平。由于政策得当，管理高效，在阿尤布•汗军政府统治期间，巴基斯坦工农业都得到了极大发展，国民生产总值连续十年增长达6%以上。而且与印度相比，在各方面巴基斯坦并不落后，巴国内安全也逐步好转。但阿尤布•汗政府没有重视经济增长的公平性，社会贫富差距拉大，财富主要集中在西巴少数工业集团，特别是俗称的“22个家族”手中。这些大家族控制了工业资产的三分之二，80%的银行业、79%的保险业都在他们手中。到了1960年代中期，社会经济不平等使政治形势开始恶化。
首先，东巴疏离感加剧。阿尤布•汗政府时期，东巴、西巴差距没有缩小，反而愈发拉大。军政府坚持间接选举，坚持东巴、西巴议员等额，这泯灭了孟加拉人梦想依靠人数优势、民主选举上台的愿望。而且在强势总统制下，国民议会作用有限，人均收入提高、政府发展资金分配、外来援助、工业补贴等实际利益仍然向西巴倾斜。最终东巴、西巴之间的差距越来越大，孟加拉人产生被内部殖民的感觉。
在军政府内部，孟加拉人更加边缘化。实行军政府统治，但军队上层却几乎没有孟加拉人。建国后十几年，巴军努力增加军中孟加拉军官数量，但成效不大。1963年时，孟加拉人口占全国总人口的54.5%，但军中孟加拉军官数量却不到5%。
1965年8月到9月，印巴之间围绕克什米尔问题爆发第二次战争。短短几周内，双方派遣大军，展开激战，最终战争陷入僵局。在联合国的调停下，印巴于1965年9月23日全线停火。1966年1月4日至9日，在苏联政府的斡旋下，印巴两国同意撤退到1965年8月5日前所在地区。第二次印巴战争就此结束。但这场战争对阿尤布•汗的军政权及巴基斯坦产生了深远影响。
因为巴基斯坦政府一直将西巴视为巴基斯坦核心，故巴多数军力都部署在西巴。战争期间，印度曾一度封锁东巴，但巴军方没有对东巴进行增援，因为巴军方认为，保卫东巴的关键在于西巴，“即使战斗在东巴打响，但因为战略目标都在西巴，所以主要战斗也会在西巴发生”。因此，东巴在印度武力面前毫无还手之力。巴中央政府不在乎东部孟加拉的国防需求，让孟加拉人民的疏离感更加强烈。1966年3月，东巴人民联盟领导人谢赫•穆吉布•拉赫曼(sheikh mujibur rahman)提出著名的“六点方案”，包括：1.在普选基础上实施联邦制、议会民主制;2.中央联邦政府仅对外交、国防负责;3.东巴、西巴分别流通不同货币，或采用其他方法阻止资源从东巴流向西巴;4.组成联邦的每个邦都有征税权;5.每邦可自由控制外汇储备，有权与外国政府商谈外来援助与对外贸易;6.每邦可组建地方辅助武装。人民联盟企图以此谋求东巴最大程度自治，但被军政府否决。
随后，军政府逮捕拉赫曼与部分孟加拉官员、军官，指控他们与印度勾结，企图将东巴分裂出去(巴基斯坦军政府称，存在“阿加尔塔拉”阴谋，即拉赫曼等人在印度阿加尔塔拉(agartala)策划了东巴自治的计划)，但此举反而让“六点要求”更加深入人心。
其次，西巴贫富差距引发民众抗议。第二次印巴战争后，西巴情况也不乐观。政治参与渠道不畅、经济发展不平等加剧、政府强制镇压反对派、不断否决其他小省的自治要求，军政府政策失当，将多数人推向了对立面。境内普什图人、信德人、俾路支人等各少数民族，城市中产阶级、学生、工会等各种族、各阶级都对政府不满。而阿尤布•汗重点照顾军队利益，“给军官土地、提高工资和退休金、为军人退役之后提供高薪职位”，而同期西巴的产业工人因为通胀，真实工资实际下降了三分之一;军政府的种种举措进一步刺激了社会的反政府情绪。
1966年1月印巴双方签署《塔什干宣言》，巴方承诺在克什米尔问题上“不使用武力而采用和平手段解决争端”和“互不干涉内政”，这打破了巴基斯坦军队远胜印度军队的神话，让巴民众颇为震惊。军事不力连同社会不平等，导致社会动荡不安，各政党活动空间大增。西巴以佐勒菲卡尔•阿里•布托(zulfiqar ali bhutto)为首的左倾政党“巴基斯坦人民党”获得大量支持，成为主要反对党。
阿里•布托出身信德传统上层家庭，在英国获律师资格，原本与阿尤布•汗关系密切，1963年出任军政府外交部长，但1965年第二次印巴战争后，布托不满军政府放弃战场获得的胜利、盲目签署和约，与阿尤布•汗反目。1967年布托一手创建巴基斯坦人民党(pakistan people’s party，ppp)，宣称要在巴基斯坦建立社会主义。其党的基本原则如下：“伊斯兰是我们的信仰，民主是我们的政治，社会主义是我们的经济，所有权力归于人民。”布托也因突出表现成为反军政权的代表人物。
1969年初，全国矛盾加剧，学生与工会成为反阿尤布•汗运动的核心力量，遍布全国的抗议与罢工让政府难以为继。1969年3月，全国最大港口卡拉奇因为罢工陷入停顿，市民要求政治代表权与言论自由，工人要求拥有罢工、最低工资、社会保障等基本权利，政治秩序面临失控。在东巴，“随着政府失去控制，罢工瘫痪了经济……到处有人纵火，食品价格飙升，政府实际上已经不再运转”，整个东巴陷入“无政府社会的边缘”。
面对重重危机，军方高层认为“必须采取行动，以避免东巴分裂”，且只有与政府切断关系，方能不被牵连。失去军方支持，阿尤布•汗被迫公开承认“局势失去控制”。根据1962年宪法，阿尤布•汗本应该将权力移交给国民议会议长，但因“没有其他的宪法上的、有效的方式能应对目前局势”，1969年3月25日，阿尤布•汗将权力交给军方，阿尤布•汗时代正式结束。
叶海亚·汗时期(1969～1971年)
叶海亚•汗一代军人是在阿尤布•汗政治思想影响下成长起来的巴基斯坦新生代，其意识形态、政府运作方式与阿尤布•汗政权没有本质区别，短短两年多执政时间只是上届政权的延续。尽管叶海亚•汗政权努力维持，但阿尤布•汗时代深埋的种种社会矛盾继续发酵，最终第三次印巴战争后，军方黯然下台，巴基斯坦进入民主化时代。
(一)努力缓和矛盾。阿迦•穆罕默德•叶海亚•汗(agha muhammad yahya khan)出身职业军人，毕业于旁遮普大学和印度军事学院，后被选入英国士官学校就读。曾在英国军队服役。1947年印巴分治后，负责组建巴基斯坦第一参谋学院，同年晋升中校。历任营长、师参谋长、步兵旅长和军参谋长。1957年晋升少将，任陆军总参谋长兼联邦迁都委员会主席和首都发展局局长。1962年任巴基斯坦军区司令。印巴战争时期任步兵师师长。1966年任陆军副总司令，晋升中将;后又任陆军总司令，晋升上将。
阿尤布•汗被迫下台后，叶海亚•汗作为军方代表，继承阿尤布•汗政权，3月25日出任军法管制首席执行官，3月31日就任总统。叶海亚•汗上台后，面对社会动荡不安的局面，采取种种措施，缓和社会矛盾，但军方执政雄心没有发生根本改变。
首先，公开回应社会矛盾，恢复社会秩序。面对社会动荡的现实，巴军方不再公开否认东巴、西巴的民主诉求。1969年3月26日，叶海亚•汗在其首次全国讲话中宣布将归权于民，承诺举行大选，“国家必须回到正常，正常的状态必须毫不迟缓地恢复。在国家面临混乱的时候，军队不能是无所事事的旁观者，他们必须尽职，使国家免于灾难，因此，我采取了军管的步骤……我实行军法管制的唯一目的是保障人民的生命、自由和财产并把政府引向正轨……我希望向你们清楚地表明，除为宪政体制创造条件外，我再无其他使命。我坚信，正常、廉洁政府是健全的和有建设意义的政治生活的先决条件，是顺利将政权转给在成人普选基础上自由、公正地选出的人民代表的先决条件。为国家制定一部切实可行的宪法和寻找解决使人心不安的其他政治、经济和社会问题的办法，是被选出的人民代表的任务”。但舆论对军方许诺并不满意，称“谈话没有提到东巴的不满，对未来宪政崩溃后可能的后果也没有提到”，“只有军方才是唯一的法官，可以决定什么是正常，什么不是，因此重建秩序也只能依靠他们”。
为恢复社会秩序，叶海亚•汗惩治官员贪腐，抓捕犯罪分子，尽管学校停课，但政府依然给教师发放工资，学生也不必缴纳学费。在政府整顿下，社会经济秩序稳定下来。
其次，组建军法管制团队，启用军人行政。作为阿尤布•汗培养出来的军队高层，叶海亚•汗政府的最初架构与阿尤布•汗政府非常相似。叶海亚•汗担任军法管制首席执行官，后来又担任总统，陆军总参谋长哈米德中将、空军司令努尔元帅、海军司令阿赫桑中将成为军法管制副执行官。但叶海亚•汗汲取前任被军队抛弃的教训，在担任总统的同时，还继续担任军队总司令，以有效控制军队。
4月3日，叶海亚•汗与上述3名高级将领组成管理委员会，负责处理政府事务，叶海亚•汗亲自负责国防、外交、经济和战略等事务，其余事务由另外三人负责。4月4日，叶海亚•汗颁布临时宪法法令，恢复和执行1962年宪法中的一些规定。为缓和东巴不满情绪，叶海亚•汗还增加了东巴在中央的代表。为进一步加强中央集权，提高行政效率，叶海亚•汗设立首席军法管制司令部，由其主要助手皮札达(peerzada)中将领导，直接将叶海亚•汗的命令传达到各个部门。在各省，当地驻军指挥官同时兼任地区军法管制执行官，但在所有军法事务上需向首席军法管制司令部汇报。
不同于阿尤布•汗政府大量使用职业官僚，叶海亚•汗政府更相信军人素质远胜官员，其助手皮札达将军认为，“阿尤布•汗时期所有事情都由文官处理，这是我们军队的耻辱。这次我们要亲自做所有事情，展现我们的能力”，故军政府将“越来越多的军官投入行政管理部门与政治活动中”，而军人管理民事也非常用心，空军元帅努尔曾发起社会教育改革，但外界褒贬不一。不久，因叶海亚•汗与努尔就军政府管辖范围产生争议，叶海亚•汗解散军方内阁，1969年8月4日任命了新的文官内阁。努尔与海军司令阿赫桑将军退役，然后分别出任西巴、东巴省长。至此，叶海亚•汗政权完成了军法管制向文官政府的转化，但军队仍控制行政大权。
第三，废除西巴合并政策。1955年，西巴旁遮普省、信德省、俾路支省、西北边境省合并成西巴省，但该项政策不得人心，除核心旁遮普省因获益而支持外，信德人、普什图人、俾路支人都不满，希望恢复原先四省建制。而东巴孟加拉人也认为西巴合并的目的就是对付东巴可能在国民议会中占据的多数席位，故东巴也反对西巴合并。为舒缓各省不满，1970年3月30日，叶海亚•汗下令废除“一个单元”计划，将西巴重新分为4个省(旁遮普省、西北边境省、信德省与俾路支省)。
第四，立法巩固军队政治理念。尽管阿尤布•汗政府被迫下台，但军队仍然对国家政权建设有着独到的看法，对军队在政治中的作用深信不疑，并希望利用制宪将军方对政治的理念固定下来。1970年3月30日，叶海亚•汗公布了向民主政治转变的政治改革蓝图《法律框架令》(legal framework order，1970)，其内容主要包括规定实施一院制、按人口比例分配席位、实施成人普选、新选出议会应在120天内制定宪法、宪法应体现伊斯兰思想等，但其核心还是确保军方对宪法、政府架构及议会权力的控制，特别是框架令对国民议会的权力做了较大限制，比如新选出的议会不仅要在4个月内制订出宪法草案，还要得到总统批准或被驳回，而总统也有权修改、解读宪法，其决定不能被法庭改变。
(二)1970年大选及东巴分离。社会秩序稳定后，叶海亚•汗于1970年7月13日颁布选举法令，确定同年10月5日举行大选，后因东巴遭受严重洪灾，大选推迟于12月7日举行。围绕巴历史上首次大选，各派势力展开激烈斗争。
首先，军方精心准备，确保选举不损害国家利益。鉴于东巴、西巴的疏离状态，为确保选举不致引发国家分裂，军方采取分而治之的策略，确保无人能执掌大权。为此，叶海亚·汗创建国家安全委员会，由曾任军方情报局局长的少将古拉姆领导，国家安全委员会地位高于三军情报局与其他情报机构，主要目的是搜集相关国内情况，防止任何政党赢得选举半数以上选票。叶海亚•汗政府“在1970年大选期间，为了能得到一个理想的结果，就威胁、引诱、贿赂各政党”。同时，国家安全委员会积极赞助参与选举的伊斯兰政党，以及穆斯林联盟中分裂出来的各个小党派，希望借此分散选票，从而制造悬浮议会，防止孟加拉人凭借人数优势执掌大权。
其次，选举引发东巴、西巴分裂。1970年12月，选举结果揭晓，与军方预计相反，东巴的人民联盟赢得了国会313个席位中的167席，正好过了半数，且席位全部来自东巴;阿里•布托的人民党赢得了81席，且全部来自西巴的旁遮普与信德省。东巴、西巴的选举结果预示着“巴基斯坦国家统一的失败”。
凭借大选的成功，以拉赫曼为首的人民联盟要求实施多数民主制，未来宪法在其《六点方案》基础上拟定，希望去中央化，加强省级自治。而布托的人民党则要求修改《六点方案》，认为这是在宪法上分裂巴基斯坦，人民党还凭借自己在西巴的胜利要求与人民联盟分享权力(布托希望建立一个人民联盟-人民党联合政府，因为“议会多数党却没有来自西巴的代表……联合政府则会避免目前东、西巴的分离趋势。在这样的环境下，组建联合政府将符合民主原则，政府包括东、西巴的代表，双方观点都会得到反映”。)。
人民联盟与人民党在召开国民议会、制订新宪法等问题上争执不下，军政府左右为难。但军方对人民联盟并不放心，怀疑该党一直计划将东巴从巴基斯坦分裂出去，“军队中许多人难以接受拉赫曼的胜利……军方担心人民联盟上台后会向印度妥协，将克什米尔问题搁置，而且还会将国防费用转到东巴的经济发展上”。
面对政治困境，叶海亚•汗身边的军队高层如中将哈米德、总参谋长皮札达、中将哈桑等一致决定不能匆忙将权力移交给民选政府，希望巴军模仿土耳其模式，保留军队对政府监管的权力。时任军方公共关系部门领导的西迪奇(a. r. siddiqi)准将回忆当时军方陷入困境，“军方突然失去了行动能力……就像格利佛被一群孟加拉小人包围了……在一个接一个危机面前，军方只能随波逐流，暗暗希望保留权力，但表面上却不能作出渴望权力的样子”。
叶海亚•汗承认大选结果，宣布将在1971年3月3日召开新一届国会，但后来因人民党扬言除非拉赫曼同意未来宪法的基本原则，否则拒绝出席国会，军方无奈推迟了国会开幕时间。这引发东巴孟加拉人抗议，3月3日东巴出现大范围罢工，叶海亚•汗政府为加强控制，任命巴军东部司令、现役中将雅各布(sahabzada yaqub khan)出任东巴省长，宣布宵禁，东巴民众与军警发生流血冲突。3月6日，叶海亚•汗宣布国会将在3月25日开幕;同日，驻东巴首府达卡的巴军指挥官警告拉赫曼，如果他破坏国家统一，军队将集中“所有人员、火炮、机关枪，杀死所有叛徒，如果必要的话，军队将把达卡夷为平地，这里将不再有人需要管理、不再有任何东西需要管理”。3月7日，拉赫曼公开宣布其出席国会就职仪式的四项先决条件：军方立即废除军法管制;从东巴撤出军队;调查3月初的惨案;立即将权力移交给人民选出的代表。但人民联盟内部激进分子坚持独立，东巴罢工范围进一步扩大，东巴局势崩溃。
面对紧张局势，巴基斯坦军方一方面做好应急准备(1971年2月中旬起，军方就以印度威胁为借口，开始增强部署在东巴的武装力量，3月1日后更是大幅度增加驻东巴部队)，另一方面试图努力挽回局面。3月16日到23日，叶海亚汗与拉赫曼展开谈判，但最终没有达成协议。3月22日，叶海亚•汗宣布再次推迟召开国民议会。在军方及人民党压力下，3月25日叶海亚•汗宣布东巴秩序失控，下令军队“根据计划”粉碎孟加拉抵抗运动。人民联盟被宣布为非法组织，拉赫曼被指控为国家叛徒而遭监禁。
(三)战争失败下台。尽管军方对于军事行动早就有心理准备，但轻敌使其低估了东巴分裂的严重性。时任总参谋长哈桑将军称，“东巴民众对西巴有许多不满”，但这些都是“当地印度教徒和印度政府加大宣传、给东巴人民洗脑的结果”，是不真实的，否则民众怎么会支持一个“不可靠、危险的叛徒”。巴军计划逮捕人民联盟领导人后，重建东巴政府，消灭东巴激进分子，解除参与叛乱的东巴部队与警察的武装。巴军认为孟加拉人性格柔弱、怯战，相信巴军将轻松荡平当地反抗势力，“军事行动后孟加拉蓬勃的民族主义及要求会很快冷静下来……迅速、有力的军事行动将很快控制局势，政客们会被吓坏。为了保证国家完整，杀几千人不算什么高昂代价”。
这次东巴平叛行动代号为“探照灯行动”，军方希望以此挽救巴基斯坦，在整个行动中，巴军与当地反对孟加拉独立的伊斯兰武装分子联手杀死了大量孟加拉平民。巴军的行动引发内战，由孟加拉军官、东孟加拉军团士兵、东巴准军事部队等组成的解放军(mukti bahini)积极反击巴军。战争导致大量难民涌入印度西孟加拉邦。1971年4月10日，孟加拉人在印度加尔各答成立“孟加拉国临时政府”，印度开始公开干涉，向临时政府提供资金和武器装备。苏联也与印度签署“和平友好条约”，支持印度入侵东巴。11月，印度出兵干涉;12月16日，印军攻占达卡。1972年1月，孟加拉国成立。
东巴独立、与印度作战失败使得巴军方颜面无存。特别是巴军10万大军在达卡向印度投降，极大摧毁了巴军的军事自信，让其国家首要保卫者的形象崩塌。对印作战的失败使军队内部矛盾激化，激进中下级军官认为掌权的高层将领腐败无能，应为战败负责。1971年12月19日，巴军司令部召开会议，参谋长哈米德中将建议巩固军队团结，继续执掌权力，但遭到中下级军官激烈质疑。几名少壮派军官要求叶海亚•汗等将领辞职，并威胁发动军变。同日，特种部队军官宣布不再向叶海亚•汗提供安全保护。在紧急情况下，叶海亚•汗被迫辞职，1971年12月20日，军方向人民党阿里•布托移交权力，军队正式撤出政治。
齐亚·哈克时期(1977～1988年)
齐亚•哈克时期是巴基斯坦政治发展史上相当重要的一环，1970年代末，巴基斯坦已经建国30年，既经历过阿尤布•汗与叶海亚•汗的军政府时代，也见证了阿里•布托的民选政府;既体验了军政权带给国家的稳定、繁荣与政治压制，也品味了民主化带来的自由与混乱。短短30年中，印巴之间爆发三次战争、东巴独立导致巴基斯坦失去半数领土、俾路支民族叛乱此起彼伏，巴基斯坦国家建构的种种不足暴露无遗，齐亚•哈克总结历史经验，针对巴社会现实，推出大量改革措施，很大程度上重塑了巴基斯坦的国家面貌，为之后30余年发展奠定了基调。
(一)全面深化军队对政治的控制。穆罕默德•齐亚•哈克(muhammad zia-ul-haq)1924年生于英属印度的北方邦，后随家庭迁往印度旁遮普省的贾朗达尔市。1945年毕业于印度皇家军事学院，二战末期在英国部队中服役。印巴分治后，齐亚•哈克在巴基斯坦奎达任指挥官和军校教官。1955年毕业于巴基斯坦指挥和参谋学院。1959年、1963年两度赴美国装甲兵军官进修学校和参谋军官进修学校进修。1965年、1971年参加印巴战争。1972年升为巴基斯坦第三军军长，升少将军衔。1975年晋升中将，1976年年3月1日越级出任巴基斯坦陆军参谋长，晋升上将。1977年7月5日发动军事政变上台，1978年9月出任巴基斯坦总统。以齐亚•哈克为代表的军队高层，传承阿尤布•汗、叶海亚•汗等军中前辈的政治理念，厌恶政治失控，崇尚稳定、有序的政治局面。为掌控局势，齐亚•哈克大刀阔斧对政治体系进行了全面重构。
1.重组国家管理机构。1977年7月政变后，齐亚•哈克原本宣布军队只是暂时接管3个月，许诺10月将举行大选。为此，齐亚•哈克做了大量准备工作，但他担心选举难以改变国家混乱局面，认为“为了选举而选举不是答案”，“选举结果必须带来积极的变化，必须产生稳定的政府”。齐亚•哈克对布托的超高人气极为担心，不断推迟选举日期，并接连发布4份白皮书，指责布托政府选举舞弊、滥用职权、财政措施失当。1977年9月，军政府组织了地方委员会选举，人民党推选的代表选举成绩遥遥领先，军政府为此再一次推迟全国大选。到了1977年10月，齐亚•哈克鉴于当时国内外形势，宣布取消大选，实施军法管制，禁止一切政党活动。
齐亚•哈克首先成立军事委员会负责政府管理，成员包括齐亚•哈克本人、巴军参联会主席、空军及海军参谋长。但大权集中于齐亚·哈克及手下几名亲信手中，其主要助手包括拉瓦尔品第第10军团指挥官法伊兹中将、拉合尔第9军团的伊克巴尔将军、白沙瓦第11军团的沙瓦将军等人。法伊兹同时兼任政府顾问及内阁建设、克什米尔事务、联邦检查部部长职务，同时地方各军团指挥官还兼任地方军法管制执行官及省长(直到1980年)。(最初，齐亚•哈克任命4位高等法院首席法官为各省省督，后来由各指挥官兼任。)司法方面，军方建立军事化的简易法庭与常规法庭，负责审理有关社会秩序及军法管制的案件，齐亚•哈克可做最终判决。
地方上，齐亚·哈克设立非党派的基层政府，为增强中央与地方联系，加强中央集权，齐亚·哈克还成立了军法管制执行官会议组织，专门处理有关军法管制的事务。该组织成员包括齐亚•哈克、参联会主席、副总参谋长及各省军法管制执行官，其目的还是上通下达，确保军方对地方的控制。
齐亚•哈克把军队指挥官体系完整纳入政府管理机构，使得政府结构相当稳定。齐亚·哈克统治团队的几位将领，在齐亚·哈克时代历经各个政府职位，直到退休。
2.军人全面介入政治、经济领域。齐亚•哈克政府为回报军队对其夺权的支持，并且认为军人素质远超文职人员，大量启用军官出任政府官员，如大使、副部长、公用事业单位经理等职务。1980年，军队甚至规定，地方行政、警察、外交三部门必须为军队保留10%的名额。1980年，军队指挥官不再兼任各省省长，但齐亚·哈克仍然规定，省长必须由军中素质过硬的资深军官担任。从此，巴政府行政机构开始军事化，军人大量出任政府官员，影响深远。
在经济领域，军队的渗透也达到了极为广泛、深入的程度。齐亚·哈克将以前的军人福利措施制度化，将军队的触角伸向经济各个方面。一是正式规定现役军官可免费获得大小不等的城市居所及农业、商业用地;二是利用行政手段垄断了全国物流行业，军队的三产企业国民物流公司(national logistics cell)迅速将其他所有民营物流企业挤垮;三是军队直接参与商业经营，军队的福利企业福记基金会在军队支持下，从一个小小的福利企业成长为工业集团，经营范围包括房地产、化肥、油气、水泥等行业。在军队支持下，师、团级指挥官纷纷投资商业，许多军官大发横财。巴军方认为军队企业为军官及家属提供福利，也有利于整个经济的健康发展。因为军队企业的成功与低效、腐败的国营公共事业单位形成鲜明对比，故军方认为这是军队管理严格、高效、自律的结果，是军人素质的体现。
同时，军队为了更好地管理国家，高度重视增强军官的管理能力。军官们被大量送入各类大学，学习政治、经济、历史、战略等知识，许多人获得研究生学位。还有许多军官被送到国外，学习非军事科目。类似教育更加增强了军官对自身素质的自信，认为自己在知识、素质方面都远胜那些陈腐、没有文化的地主政客，坚信在国家建设方面，军队比传统政客更有作为。
经过一系列改革，军队在政府管理、社会、经济方面的渗透达到一个全新的深度，远远超过以前的阿尤布•汗和叶海亚•汗政府时期。军队与政府深深融合在一起，而齐亚·哈克作为总参谋长及首席军法管制执行官居于权力结构的核心。
(二)强化军事管制、推行伊斯兰化。为解决军政府合法性问题，进一步巩固军队的执政权力，在军政府彻底控制局势后，齐亚·哈克开始着手修改宪法，大力推行伊斯兰化。
1.加强军事法庭的权力。1980年5月23日，齐亚·哈克修宪加强军事法庭权力。齐亚·哈克规定，军事法庭有权对被指控为叛国罪的人、贿赂和诱使政府和军队官员渎职的人进行审判，无需审讯即可拘留。军事法庭做出的任何判决，各省高等法院及联邦最高法院不得复议重审。
2.强化权力，增强军法管制。1981年3月24日，齐亚·哈克颁布临时宪法令(provisional constitutional order, 1981)，主要内容包括：总统可宣布国家紧急状态;限制政党活动，1979年9月30日前未登记政党全部解散，新党成立需选举委员会首席专员批准;缩小法院权限，最高法院、高等法院、联邦伊斯兰法庭法官必须根据法令重新宣誓就职，且任何法院不得对军法管制提出诉讼，法院无权审判军人，法院法令对军人无效;强调伊斯兰教作用。
3.全面伊斯兰化。针对巴基斯坦国家建设出现的问题，齐亚•哈克认为原因在于巴基斯坦社会缺乏凝聚力，建国30多年来国家单纯遵循世俗政治发展体制，而不是遵循伊斯兰的基本原则，致使全国一盘散沙;因此，他上台伊始，就发誓改变巴基斯坦“微观经济、政治结构，使之更符合伊斯兰基本价值”。他主张只有将巴基斯坦彻底伊斯兰化，才能真正维护国家统一。
1977年9月，齐亚•哈克扩大伊斯兰意识形态委员会权力，后者有权制定实施伊斯兰化的计划，提出使现存法律与《古兰经》、圣行保持一致的建议，成为推动巴基斯坦伊斯兰化运动的主体。1978年12月，齐亚•哈克宣布在伊斯兰基础上建立司法制度。1979年12月，齐亚•哈克建立沙里亚法庭和宗教法庭，以作为现有法院的补充，沙里亚法庭可审理任何案件，也可废除与伊斯兰教不一致的法律。1988年6月，齐亚•哈克将沙里亚法作为巴基斯坦最高法律，巴基斯坦法律体系实现全面伊斯兰化。
社会经济方面，齐亚•哈克规定可根据《古兰经》和圣行对一些特殊罪行如偷窃、饮酒、通奸进行处罚，实施天课及十一税等。
齐亚•哈克还在军队中推崇伊斯兰价值观。巴军作为穆斯林军队，向来就有利用宗教激励士气的传统，军方出版物在回顾巴基斯坦历史时，总是追溯到“穆斯林统治南亚”时代。长期的精神塑造使得巴军对自身军事素质相当自信，同时蔑视由“非战斗民族统治的印度军队”。最初巴军不愿招募孟加拉人入伍，也是因为孟加拉人传统上被认为懦弱，不具备军人素质。
齐亚•哈克时期，巴军的伊斯兰特征日益明显，美国南亚问题专家科恩认为，巴军教育与社会生活的伊斯兰化是军官社会态度和外在行为的重要根源。在巴军中广泛传播的伊斯兰战争理论专著《古兰经中的战争理念》就强调以安拉之名而进行的战争才是正义的，“与那些暴君与压迫者作战”。齐亚•哈克为其撰写的序言中也规定了穆斯林士兵与民众的责任，“穆斯林军队中的职业士兵为穆斯林国家的雄心而战，但如果他的所有活动不是以安拉名义进行，那他就不是一个专业人员。而穆斯林国家中的非军事人员也必须同样像战士一样，对国家唯一的战争模式非常清楚”。在齐亚•哈克时期，军队风气日益保守，军中不再饮酒，注重礼拜，留胡子的官兵越来越多，军中宣教团也发展迅速。
4.支持伊斯兰武装圣战。除将伊斯兰引入军队外，齐亚•哈克还利用伊斯兰武装分子作为国家安全政策工具。因为阿富汗圣战运动取得成功，三军情报局开始在克什米尔地区利用圣战武装打击印度，这给未来巴国家安全带来深远影响。到了1990年代，军方还曾利用武装团伙打击民选政府。
全面伊斯兰化是齐亚•哈克尝试改变巴基斯坦政治生态的手段，其核心在于利用传统宗教手段，规避现代民主价值观影响，重构巴国家面貌，某种程度上与阿尤布•汗的基本民主制精神相似。
(三)军人领导下的民选政府。尽管齐亚•哈克采取种种手段，实施军人专政，但各民主党派也并非坐以待毙，他们组织的重建民主运动(movement for the restoration of democracy，mrd)对军政府构成了很大挑战。
1981年，人民党联合其他七个被取缔的政党组成重建民主运动，要求取消军法管制，依据1973年宪法举行大选，重建民主体系。而军政府绞死阿里•布托，打压人民党，致使人民党老家信德省出现了分离主义思潮。1983年8月12日，齐亚•哈克政府宣布地方立法会选举按照伊斯兰方式举行，禁止一切政党参加，各党派成员以个人身份参加竞选。这在信德省激起轩然大波，从8月到10月，重建民主运动进入高潮，信德省街头抗议游行不断，同时全国范围内各党派都因被排除在选举之外而发起抗议，引发许多暴力活动。齐亚•哈克政府出动军警镇压重建民主运动，造成重大伤亡。
重建民主运动的激烈反抗，让军政府合法性问题再次浮上水面。为安抚人心，齐亚•哈克政府宣布1985年举行大选，以保证国家政治平稳发展。为确保万无一失，齐亚•哈克首先在1984年举行公民投票，选举自己为总统，他获得选票总数的97.7%(选票上只有一个问题，是否支持齐亚·哈克的伊斯兰化政策，回答支持就等同于支持他当选总统)。然后，齐亚•哈克利用穆哈吉尔人(是印巴分治期间，从印度迁移到巴境内的穆斯林，通用乌尔都语，主要集中在信德省的卡拉奇等大城市，与当地的信德人争夺各种资源，矛盾逐步激化)与信德人的民族矛盾，制衡人民党。军方大力扶植穆哈吉尔人政党“统一民族运动党”(mqm)，使其控制了信德省卡拉奇、海德拉巴等大城市，对之后信德省地方政治生态造成深远影响。然后，齐亚•哈克大幅修改1973年宪法，从法律上牢牢巩固了自己的权力：一是改总理制为总统制，在齐亚•哈克看来，布托主持制订的1973年宪法没有制衡总理权力，最终酿成1977年政治危机。因此，他将原本属于总理的各项权力，如任命关键政府官员、省长、军队指挥官、选举委员会主席等都收归总统，最高法院法官也必须由总统任命;二是总统拥有解散国民议会的特权(根据1985年宪法第8修正案，在形势危急，政府无法根据宪法运转，有必要重新选举时，总统可自由解散议会);三是重设国家安全委员会，负责就巴基斯坦的安全以及其他重要的国家事务提供建议。国家安全委员会由总统、总理、参议院主席、参联会主席、三军参谋长、各省首席部长组成，其成立为总统与军方“参与国家安全决策，监督政府运行提供了宪法保障”。同时，齐亚•哈克牢牢控制军权，在其掌权的11年期间，他曾任命几位代理或副参谋长，但自己始终担任军队一把手，从没有脱下军装。
在做好充分准备后，1985年2月25日，巴基斯坦举行建国后的第三次大选，这次大选还是按照伊斯兰方式，在无党派基础上进行的，选举产生的209名议员中仅有47人参加政党组织。新当选议会批准了军法管制期间的各项政策，通过了齐亚•哈克主导的宪法修正案。3月24日，齐亚•哈克总统提名的前铁道部长穆罕默德•汗•居内久(mohammad khan junejo)当选总理;居内久出身信德省，是穆斯林联盟的老牌政客。
4月10日，居内久文官政府宣誓就职。这是巴历史上第一次军政府向文官政府和平移交权力。当年12月，巴基斯坦正式取消军法管制，恢复实施1973年宪法，恢复公民基本权利，政党开始活动。
1985年到1988年，是齐亚•哈克领导的民选政府阶段，表面上巴基斯坦恢复文官政府，但齐亚•哈克代表军方实际掌握国家。国防、外交仍在军方掌控之下，财政与国家建设事务由政府与军方共同管理，其他事务才由政府掌管。
起初，居内久内阁与齐亚•哈克合作顺利，但随着时间发展，围绕权力争夺，军政矛盾逐步尖锐。总统齐亚•哈克不断批评政府，并鼓励其伊斯兰盟友“就民主和选举过程进行辩论”。居内久总理也开始批评总统及军方特权，并扬言要严格管理军队。特别是居内久开始参与外交事务，将齐亚•哈克排除在具体事务之外，他邀请各政党开会，就苏联撤出阿富汗的时间表达成共识。这些事件让齐亚•哈克逐渐对居内久产生不满。1988年4月10日，拉瓦尔品第发生一起军火库爆炸案，上百人死伤。居内久下令调查，就在调查结果即将公布之前的5月29日，齐亚•哈克动用总统权力解散议会，解除居内久总理职务，此时距离居内久政府上任还不满三年。随后齐亚·哈克宣布将在1988年11月举行大选，但当年8月，齐亚·哈克乘坐的飞机神秘失事。(这是巴基斯坦历史上著名悬案之一。当时他正在巴哈瓦普尔参加一款新型坦克的测试，结束后乘c-130大力神号回拉瓦尔品第，但飞机起飞不久就失事坠毁。飞机上还有美国驻巴大使、巴参联会主席以及其他军官。关于失事原因众说纷纭，苏联克格勃、印度调查分析局、美国中情局都成为怀疑对象。美巴组成联合调查组也没有得出一致结论，巴方认为是有人破坏，美方认为是机械故障。)11月16日，大选如期举行，人民党获胜，12月2日，贝•布托正式宣誓就任巴基斯坦总理，巴基斯坦政局进入新阶段。
虽然齐亚•哈克实行铁腕治国，但在其统治下，巴基斯坦经济发展进入快车道。齐亚•哈克上台之初，巴经济濒临崩溃;齐亚•哈克政府积极调整经济结构，推行非国有化政策，鼓励私人投资，扩大出口，收到良好效果。1978～1988年，巴基斯坦年均经济增长率高达6%以上;1986～1987年，巴基斯坦人均收入达到390美元，居南亚之首，而同期印度为290美元。
穆沙拉夫时期(1999～2008年)
1988年齐亚•哈克突然去世，外界环境不利于军队继续执政，故军队自动退出政治舞台，但军队没有受到制约，仍实际掌控政局发展方向。在齐亚•哈克统治时期，军队与政治结合更加紧密，军人对政治的理解也越发深入，对政客的不信任进一步加剧。在齐亚•哈克政府之后的贝•布托、谢里夫政府时期，军队对文官政府的权威施加各种限制，军政矛盾成为1990年代巴基斯坦政治的突出特征，军队对政府管理的干涉也更加深入。加上其间巴基斯坦经济发展不力，社会大众对民选政府失望，军队声誉逐步恢复。1999年，军方与谢里夫政府矛盾激化，军方再次直接上台执政。巴基斯坦的军事政变与当时世界民主化浪潮相背，以至于曾有学者对穆沙拉夫军变惊叹：巴基斯坦是否在扭转民主化第三波浪潮。
(一)推行现代化。佩尔韦兹•穆沙拉夫(pervez musharraf)1943年8月11日出生于印度新德里，1947年移民到巴基斯坦的卡拉奇，因此他属于来自印度的穆哈吉尔人。1961年穆沙拉夫入伍，进入巴基斯坦陆军军校学习。1965年和1971年，参与两次印巴战争，表现突出，曾先后在自行火炮团、特种作战营、装甲师属炮兵部队、步兵师和野战军中任职，后赴英国学习并在奎达指挥参谋学院和巴基斯坦国防学院任教，历任陆军司令部作战局副局长、副军事秘书、作战局局长等职。1991年穆沙拉夫晋升少将，1995年晋升中将，1998年10月出任陆军参谋长，晋升上将军衔。1999年10月发动军变任首席执行官。2001年6月20日，穆沙拉夫宣誓就任巴基斯坦总统。面对当时国家政党相争、经济崩溃的局面，穆沙拉夫推行改革，力图将国家带入现代化轨道。
1.打造政治合法性。1999年10月12日，穆沙拉夫发动兵变上台，首先宣布全国进入紧急状态，自任首席执行官，暂停宪法，暂停国民议会及各省议会运转;解除总理职务，解散内阁，各省政府也全部解散。随着民主观念深入人心，且冷战结束，现代民主正处于兴盛期，巴军方意识到国际社会难以接受军变作为政权更迭形式，所以穆沙拉夫没有采取军法管制，而是由自己担任首席执行官。他在演讲中解释说，“宪法只暂停实施，这不是军法管制，只是民主的另一条道路。军队不会掌权太久，一旦巴民主体制完善，军队马上就会退出”。
2000年5月，巴基斯坦最高法院裁定这起“军事接管”是“必要的行动”，从而承认穆沙拉夫政府的合法性，但要求穆沙拉夫在3年内举行大选。最高法院的裁决让巴基斯坦军队拥有了自由行动的大权，只要军方维持宪政体制、联邦制、议会体制、司法独立，军方完全可以凭借修宪实现政治蓝图。2002年4月，通过全民公决，穆沙拉夫以97.5%的选票当选总统，为期5年。为鼓励公民支持穆沙拉夫继续改革，选票上刊登了穆沙拉夫的改革目标，“重建国家机构，建立真正、可持续民主，确立地方管理体系，保证地方政治良治，确保民众福利，打击恐怖主义、教派冲突”。
2.调整政治架构，推行开明专制。人民党与穆斯林联盟执政时期，政治不稳、官员腐败、经济表现不佳，卡拉奇等城市冲突不断，民众生活水平下降，怨声载道，认为民主已经脱轨，巴缺少坚强、统一的领导体系。穆沙拉夫政府上台后，决定重整政治体系。
1999年10月17日，穆沙拉夫颁布了其执政理念的七点计划，这份计划是军方政治思想的体现，是军方深思熟虑与汲取外界经验的结果，具有现代化特征：1.重建国家信誉与士气;2.增强中央政府权威，减少各省纷争，增强国家凝聚力;3.复兴经济，重建投资者信心;4.确保法治，实施快速审判;5.政府机构非政治化;6.向草根阶层放权;7.确保快速、全面问责制。
1999年10月30日，穆沙拉夫创建军人主导的国家安全委员会(national security council)，由其本人领导，成员包括海军、空军参谋长以及法律、财政、外交专业人员等共6人。国安委主要职责是向首席执行官提供各方面建议，范围包括“国家安全、外交、法治、腐败、问责、银行及公共债务、财政、经济、社会福利、健康、教育、伊斯兰、人权、少数民族权益保护、妇女”。穆沙拉夫创建国家安全委员会，也是出于为军方执政提供合法渠道的目的。在穆沙拉夫看来，国家安全委员会可以对总理权力进行制衡，也可以防止军方进一步干政，因为军方可凭此“向总理提出自己关注的问题”。对此，穆沙拉夫总结说，“如果你想让他们(军方)不干政，那就拉他们进来”。军队内部对国家安全委员会高度认可，认为可凭此为军方参与决策提供法律保障，也利于更好进行国家构建，并利于在各省公平分配资源。而穆沙拉夫甚至在下台后，仍坚持“如巴基斯坦的民主结构要稳定、制衡，军方就应该在政治上发挥作用”。
2004年，国家安全委员会成为法定机构，成员包括总统、总理、参议院主席、国民议会主席、国民议会反对派领袖、各省首席部长、参联会主席及陆海空三军参谋长，其职责是“作为咨询机构，就事关主权、国家领土、安全、民主、政府管理、各省关系等问题提供建议及协调”。
1999年底，穆沙拉夫创建国家问责局(national reconstruction bureau)，由退役中将坦维尔(tanvir naqvi)任局长，负责追查贪腐政客案件，并负责政治改革计划。2000年8月，谢里夫因“劫机”被判终身监禁。2000年12月，在沙特斡旋下，穆沙拉夫同意谢里夫连同家人流亡沙特，但10年内不得回国。(2007年谢里夫回到巴基斯坦，就其案件向最高法院提起上诉。2009年7月，最高法院推翻其所有罪名。)2002年7月，国家问责局提出一系列修宪主张，希望重构议会体制。2002年8月21日穆沙拉夫颁布《法律框架令》(legal framework order)，正式拉开改革序幕。《法律框架令》首先确认穆沙拉夫所有行动、举措、军政府颁布的法令有效，并确认穆沙拉夫连任总统，为期5年，同时兼任陆军参谋长。《法律框架令》还授权总统可解散议会、任命军队首脑、省长，首席大法官任命需得到总统批准。《法律框架令》还裁定国家安全委员有效，为军方参政提供法律基础。穆沙拉夫希望这些举措可以“将真正的民主引入巴基斯坦，将巴基斯坦从民主化的独裁中推进到以选举为本质的民主当中”。对于外界质疑其身穿军装，却能解散议会，这违反了议会民主的本质，穆沙拉夫回应说，“除非有统一指挥，有一个人总领全局，否则议会体制根本不能发挥作用”。
军方只是负责重大决策，在国家安全委员会之外，穆沙拉夫任命专业人才组成文官内阁，推行改革，穆沙拉夫还承诺尊重媒体自由，废除媒体审查，放开私人电视台与电台频道，推动了巴基斯坦社会自由的发展。
(二)解决执政合法性问题，改造政治基层结构。要解决军人政权的合法性问题，打造宽松政治环境，选举就成为军方无法回避的问题。为此，穆沙拉夫做了精心准备。
一方面推动政治自由化，开放私人媒体，允许有限的政治多元主义;另一方面，军方支持成立各种政党作为执政根基。为分化、瓦解穆斯林联盟(谢里夫派)(pml-n)，三军情报局在幕后策划成立了穆斯林联盟(领袖派)(pml-q)，作为军政府执政伙伴，领袖派成员主要来自谢里夫派内部对谢里夫不满的部分政客。为拉拢宗教势力，穆沙拉夫大力支持由6个宗教政党组成“联合行动同盟”(mma)，进一步分化谢里夫派所处的右翼阵营(联合行动同盟前身是阿富汗防务委员会(afghan defense council)，于2001年10月成立，由20多个宗教政党和教派组织组成，主要是反对美国的阿富汗战争，反对巴基斯坦支持美国的反恐战争)。
因传统政客多出身地主家族，文化水平不高，穆沙拉夫下令竞选议员至少需要本科学历，这就将大批人民党及穆盟(谢里夫派)成员排除在外;同时政府认可宗教学校学历等同于本科，联合行动同盟成员就可凭此竞选议员和公职。另外，穆沙拉夫修改选举法，规定一人只能最多担任两届总理，这就从法律上使已两次出任总理的贝•布托和谢里夫丧失就任总理资格。
在准备妥当之后，2002年10月巴基斯坦举行大选，穆盟(领袖派)大胜，在中央及旁遮普省组阁，巴基斯坦在形式上实现了军政府向民选政府的转变。联合行动同盟在西北边境省获胜组阁，在俾路支省则是联合行动同盟与穆盟(领袖派)联合组阁。宗教政党联合行动同盟的快速崛起让美欧深为忧虑，担心巴基斯坦落入宗教极端势力之手，穆沙拉夫也凭此成为美欧心中唯一可以抵抗伊斯兰极端主义的政治强人。而联合行动同盟则对穆沙拉夫投桃报李，2003年12月在议会支持通过宪法第17修正案，批准《法律框架令》，为穆沙拉夫政府增强合法性。
在确保军方执政合法性的同时，穆沙拉夫还推动基层政权改革。巴军将领对议会民主制抱有疑问，认为文化水平低下的大众难以真正理解和行使民主权利，认为教育水平低下是巴缺乏民主文化的主要原因。而创建地方行政体系、制约地方权贵，是军政府考虑的优先事项;在1959年与1979年，军政府就曾两次作出努力。穆沙拉夫上台后，其重构民主着重从基层入手，希望将权力直接从最高层下放到基层，精心推出“权力下放计划”(devolution plan)。穆沙拉夫认为，“权力下放是一场建设性、民主的、生机勃勃的革命开端，其唯一目标是将权力交给人民，让人民掌握自己的命运。一场史无前例的从精英向大众让权的转移即将发生”。
军方设计的地方政治体制包括三层：社区、分区、地区。三层分别选举产生委员会，每一层级都有选举产生的行政长官、委员会、政府，而分区、地区层次的政府拥有实际管理权，国家提供相应预算支持，地区副专员及警方向地区行政长官负责。权力下放计划的精髓在于“通过授权、参与和代表，将民众置于政府和发展的中心地位”。在巴基斯坦历史上，这是第一次由选举产生的官员执掌地区政府，负责行政及法治，形成了一个有凝聚力的政治结构。因为不信任政党，穆沙拉夫规定地方选举在非党派基础上举行，以避免地方“琐碎的政治斗争”。
权力下放计划虽然遭到反对派抨击，但其架空了省级政府，军方绕过联邦、省议会，直接创建地方机关，打击了以联邦、省议员为代表的地方权贵利益。这与以前的阿尤布•汗、齐亚•哈克政策一脉相承，军方控制的政府将资源和权威下放给非党派地方精英，切断其与政党的联系，为军方巩固执政根基。军中官兵对此颇为认同，认为基层民主实践可让真正的民主和公民意识在巴繁荣发展。“尽管低效、无能的政客仍可能追求权力”，但民众“将更好理解民主价值”，一旦有权在地方上自己选择领导人，民众会抛弃那些传统政客。军方对这个计划很有信心，但也有部分将领担心地方政府被地方豪强绑架，成为他们的工具。
(三)职业文官成为军方附属。军队与职业官僚的关系是巴基斯坦政治的重要内容。1947年独立伊始，巴基斯坦在印度文官制度基础上建立行政体系(pakistan administrative services)，1950年改名为公务员制(civil service of pakistan)。1973年巴基斯坦拆分原先的公务员体系，建立地区管理集团(district management group)制度，即地区、省、中央层级的行政官员制度，负责国家建构及行政决策，2012年更名为巴基斯坦行政服务部门(pakistan administrative service)。
阿尤布•汗政府时期，虽然他大权独揽，但在具体行政上主要依靠职业文官，一些重要的决策职位也仍由文官担任。因为法律保障文官的任期不受干涉，文官的入职、培训、职位安排基本上都是自行决定，在体制上维持了一定的自主权。进入齐亚•哈克时期，当时的行政官僚(地区管理集团)成为军政府的小伙伴，只有少数高级文官能担任次长等职务。
穆沙拉夫上台后，进一步降低职业官僚的地位。因为军队对文官评价很低，穆沙拉夫认为依靠素质低下的官僚难以真正执行改革措施，外国援助机构与国内的非政府组织也经常谴责巴官僚贪腐，效率低下，穆沙拉夫对此也有清醒认知：“整个的管理体系被扭曲了，中央政府干涉地方政务达到惊人程度。”
为确保官僚机构正常运转，军方首先派遣大批低、中级军官进驻各部门，监督官员办公，确保行政效率。军官督导团主要由现役军官组成，包括军情局和三军情报局人员都被部署到省级和地区政府，以监督、鉴定那些“需要军队出面重组的所有机构”，评估“公众对政府管理的感受及影响”，并向“首席执行官和国家安全委员会汇报政府机构重组及政策演变的情况”。简而言之，这些军官主要有两项工作：监督官僚与搜集情报。
派遣军官督导团只是军方大规模重组国家机关的序幕。为减少改革阻力，军政府有意利用地区管理集团与警方、税务部门的矛盾，分而治之。2000年，国家问责局发布题为《国家重建的框架分析》报告，严厉批评地区管理集团。报告指出：“地区管理集团完全控制行政管理，而这个集团与外国赞助者有密切联系，其他管理部门受其控制，深为不满，积极支持对管理机构进行民主化改革。结束该集团对地方行政事务的垄断是军队获取管理权的前提，也是国家重建的重要条件。”
随后，军官开始大规模进入行政机关。穆沙拉夫政府对地方行政机关的渗透远远超过齐亚•哈克时期。除了各机关给军方保留10%的法定名额外，约有1000余名现役或退役军官被派遣到各个部门参与管理，其中包括大学、外交使团、反腐机构，甚至一些运动管理部门如板球、曲棍球协会也有军官入驻。把军官派遣到行政部门，一方面可以带给军人直接的经济利益，确保军队对穆沙拉夫的忠诚;另一方面也是军方防止政府腐败的重要手段。
为树立公正廉洁、尽责、良好治理等社会风气，军方还严把公务员入口关，将重建政府机构的行动扩大到招募、培训层面，最后军方几乎完全垄断公务员的招收、培训和职业发展。2005年，负责招收公务员的联邦公共服务委员会主席及3名成员都是前军官，其主席还是中央选拔委员会主席，负责公务员19、20及以上级别的晋升。负责进行公务员初任培训的政府行政学院院长是一名两星少将，而负责高级公务员培训的巴基斯坦管理干部学院则是由一名退役的中将任院长。此外，4所负责中层官员培训的国家公共管理研究所中的3所是由军官做领导，这些学院中还有许多军官充当教官。
(四)合法性危机。尽管穆沙拉夫带领军队大刀阔斧推进政治改革，但军人干政毕竟难以解决自身合法性问题。后来穆沙拉夫又与最高法院发生冲突，他将首席大法官解职，最终激起律师、政党等联手反对，社会舆论愈演愈烈，军方撤回对穆沙拉夫的支持，穆沙拉夫黯然下台。
1.司法危机。军队掌权不能无限制控制社会，掌权两年后，穆沙拉夫逐步启动政治自由化进程，放松对公民自由的管控，开放媒体，允许有限的政治多元化。但政治宽松与军队专政是一种矛盾，一旦专制政权开放有限竞选，就意味着集体行动代价不再高昂。巴基斯坦最高法院首席大法官伊夫蒂哈尔•乔杜里(muhammad iftikhar chaudhry)成为穆沙拉夫下台的主要推手。
在巴基斯坦历史上，司法与军方的关系非常密切，通常最高法院会在事后认可批准军事政变，赋予其政治合法性。乔杜里本人也曾是穆沙拉夫的坚定盟友，1999年12月，乔杜里作为最高法院的一名法官，曾同意认可穆沙拉夫军变。在几个重大事件如2002年全民公决、2003年宪法修正案以及穆沙拉夫在首届总统任期内兼任陆军参谋长之事上，乔杜里也坚定支持穆沙拉夫。但2005年乔杜里出任首席大法官后，两人矛盾逐步激化。在乔杜里引导下，最高法院连续提起公共利益诉讼来对抗政府，如在管制基本商品价格、取消公共事业私有化合同、追溯几百名失踪人员(这些失踪人员多数是巴基斯坦加入美国领导的反恐同盟后情报机构抓获的犯罪嫌疑人，没有经过正规司法程序就被收押)等案件上，政府与司法对抗愈演愈烈。
2007年10月，穆沙拉夫首届总统任期行将结束(根据1973年宪法，总统是由国民议会(下院)、参议院以及四省省议会议员组成的选举人团选出)，他欲谋求连任，但因其同时兼任陆军参谋长，违反法律规定，因此穆沙拉夫担心最高法院不支持(1973年宪法第41条第1款禁止一人担任总统职务的同时兼任其他公职，而2002年最高法院曾认可穆沙拉夫担任总统的同时兼任陆军参谋长)，就于2007年3月7日以滥用职权为由将乔杜里解职，并将其软禁在家。此举激起全国律师抗议，而媒体随之跟进，密切跟踪乔杜里在全国的讲话，零星抗议终于汇成律师运动，全国上下要求乔杜里复职的呼声不断高涨，并逐步演变成反政府的民主运动。最终，最高法院裁决政府对乔杜里的指控不成立，乔杜里于2007年7月复职。
面对汹涌的反对浪潮，穆沙拉夫开始秘密与人民党接触，希望两者合作维持统治，而美国居中协调，希望增强穆沙拉夫政权根基。贝•布托则希望结束10年放逐生涯，重回权力核心，她提出几项合作前提条件：穆沙拉夫必须辞去陆军参谋长职务;举行公正、自由大选;解除贝•布托、谢里夫等人第三次竞选总理的限制;撤销贝•布托夫妇身上的贪腐指控。经过双方谈判，2007年8月，两人达成协议，人民党同意穆沙拉夫连任总统，而穆沙拉夫撤销贝•布托夫妇贪腐指控及连任总理的限制。10月5日，穆沙拉夫颁布《全国和解令》(national reconciliation ordinance)，解除贝•布托夫妇身上的贪腐指控，为贝•布托回归铺平道路，随后再次当选总统。但最高法院质疑《全国和解令》的法律效力，并宣布因为穆沙拉夫参选资格问题(2002年穆沙拉夫就经过当时的国会、各省议会当选为总统，但2007年穆沙拉夫仍想在这届国会中竞选连任。此举遭到反对派抨击，反对派议员全体从国民议会(下院)、各省议会中辞职，人民党因为与穆沙拉夫有约定，没有退出国会，但也没有支持穆。)，总统选举结果要等到最高法院裁决方能公布。最高法院的步步紧逼让穆沙拉夫忍无可忍，2007年11月3日，穆沙拉夫暂停宪法，宣布紧急状态，此举得到军方高层大力支持。穆沙拉夫颁布临时宪法令，规定所有最高法院法官必须重新宣誓服从政府，否则就被解职，并将60名不愿重新起誓的法官逮捕。随后，穆沙拉夫任命忠于自己的法官出任最高法院法官，这些法官确认穆沙拉夫第二次当选总统。
2.众叛亲离，黯然下台。穆沙拉夫一系列举动激起社会更大反弹，以律师、民主党派、记者等为主的反对派激烈反对穆沙拉夫实施紧急状态，穆沙拉夫政府逮捕数千名抗议者，对媒体进行审查、打压。这种情况下，贝•布托也难以继续公开与他合作，开始要求穆沙拉夫辞职，人民党与穆斯林联盟(谢里夫派)开始合作，要求军方下台。
军方支持穆沙拉夫实施紧急状态，但对其连任总统并不赞同，而且军中部分官兵对于穆沙拉夫参与美国主导的反恐战争并不认同。在穆沙拉夫明显失去民心的情况下，军队担心自己与他联系在一起会使军队利益受损，最终，军团司令们“不再支持穆沙拉夫，希望他脱下军装”。美国小布什政府也坚持穆沙拉夫应脱下军装，举行大选。
2007年11月28日，在内外压力之下，穆沙拉夫辞去军职，成为文职总统，并许诺在2008年1月之前举行大选。贝•布托在竞选期间遇刺身亡。2008年2月，全国议会选举中人民党在贝•布托丈夫扎尔达里领导下获胜，并与穆斯林联盟(谢里夫派)、普什图人政党人民民族党(anp)等党派在中央及各省联合执政(根据各省选票情况，人民党在信德省、穆盟(谢里夫派)在旁遮普省、人民民族党在西北边境省组阁)。2008年6月，穆盟(谢里夫派)与人民党因对待法官复职一事有分歧而退出中央政府;8月7日，人民党与穆盟(谢里夫派)达成协议，联合弹劾总统穆沙拉夫，支持法官复职。随后，全国四省议会通过决议，要求穆沙拉夫接受在议会对其进行信任投票表决或辞职，否则就要对其发起弹劾。随着政治形势越来越紧张，据传穆沙拉夫有意根据宪法第58条第2款，解散议会及政府，但军方高层召开会议商讨后，决定撤回对穆沙拉夫的支持。同时，军队为维护军方尊严，决定保护穆沙拉夫不受弹劾之辱。最终，穆沙拉夫被迫辞职，而政府也没有追究他的责任，并让其安然出国。除了军方保护穆沙拉夫之外，英美也为其获得安全通道发挥了一定作用。
穆沙拉夫带领军队实行改革，推动社会自由化，一定程度上促进了巴基斯坦经济发展与社会进步，但他倡导的“启蒙现代化”运动不仅受到保守派敌视(认为其背离了伊斯兰国家的本质)，而且国内自由派也并不满意(认为穆沙拉夫政府只是借助启蒙口号来赢得国际社会的关注和支持，增加自身统治合法性而已，并没有真正去推行相关政策)。
九•一一后，在美国压力下，穆沙拉夫被迫放弃以往支持塔利班的政策，转而打击伊斯兰武装团伙，被巴基斯坦国内保守势力视为对穆斯林世界的背叛。巴军内部也对他参与国际反恐行动不满，2003年他的两次遇刺与军中的某些激进分子不无关系。而巴军在部落区的军事行动，进一步激化了国内的反军政府情绪，认为巴军成为美国工具。另外，贫富差距拉大、俾路支局势动荡逐步侵蚀着军政府的执政基础。电力短缺、物价高涨也让政府不得人心，种种危机借助司法危机涌现出来，司法危机成为压垮穆沙拉夫政府的最后一根稻草。
结论
巴基斯坦军队几次上台执政，其特定历史背景都不相同，但每次军变背后，都能看到巴政治的涣散无力、军队现代化、国家面临内外两方面威胁等因素的影子。军队上台后，往往针对政治弊病推行大规模改革，军人深度介入政府、社会管理，一定程度上提高了行政效率，促进了经济与社会发展，增强了巴基斯坦国家实力。但军队执政往往无法克服自身的天然弱点，如合法性、传承、既得利益集团等，最终激起社会激烈反对被迫下台。
建国伊始，巴基斯坦面临内外两方面威胁，国家资源大半投入军事，军队迅速实现专业化、制度化，与发展缓慢的政治体系形成鲜明对比，军队开始滋生政治意识，自视为国家利益最终保护人。1958年军队政变上台，直到1971年末下台，长达13年由军方直接执政，其间政治稳定、经济繁荣，与1950年代的政治混乱、经济落后形成对比，让军人更加相信军人的管理能力超过世俗政党，军队是国家利益监护人意识得到确立、发展。特别是阿尤布•汗长期担任军队总司令(1951～1959年)、总统、陆军元帅(1959～1969年)，其政治理念灌输全军，对巴历代军官都产生了影响，成为组织化的意识形态及传统。
军队对政治的认识随着时代也在不断发展，叶海亚•汗上台后，开始正视国内民众的民主诉求，组织大选，但东巴分离，军方也黯然下台。“军事投降损毁了军队形象，让叶海亚•汗名誉扫地，被迫辞职。凭借巧妙手段，阿里•布托一石二鸟，牺牲巴基斯坦，成就了个人雄心，成为国家的第一人”。
经历了阿里•布托的人民党统治导致的社会动荡，1977年军队再次出面整顿秩序，齐亚•哈克领导军队再次改造社会，将军队指挥体系纳入政府管理，全面推行伊斯兰化，修改宪法，军队对政治的控制进一步深化。之后又还权于民。而到了1999年，军队无法容忍国家日益溃烂的状况，再次政变上台，穆沙拉夫大力推行启蒙现代化，军官大规模进入政府，改造地方行政体系，力图建立真正的基层民主，将巴建成现代化国家。但穆沙拉夫仍难以摆脱合法性问题，最终无奈下台。
巴基斯坦军队与政治的深层次联系，一方面源于军队自主干政意识，另一方面也与巴国内民主体系发展不健全有关，政党与社会经济问题也助推了军人干政意识的强化。主观、客观条件相配合，造成了巴军不断干政的现实。
(相关简介：杜冰，中国现代国际关系研究院副研究员。限于篇幅，未保留文章注释。)
2016年11月26日，巴基斯坦政府正式宣布，提升卡马尔•贾韦德•巴杰瓦(qamar javed bajwa)为四星上将，并接替拉希勒•谢里夫(raheel sharif)为巴基斯坦下一任陆军参谋长。随后，不仅巴基斯坦媒体、印度媒体，甚至西方媒体也对此进行了重点报道。比如11月27日，巴基斯坦英文大报《论坛快报》就刊发其总编一封致巴杰瓦的公开信，全面而简要地阐述了巴基斯坦内外形势和面临的任务，文中的殷切希望溢于言表。印度媒体也立刻跟进，对巴杰瓦进行了全面的介绍和剖析，并对未来的印巴关系进行了展望。西方智库、媒体也接连发文，分析巴杰瓦继任后对巴基斯坦未来政治走向以及对南亚地区形势的影响等。甚至有文章称，通常意义上是国家拥有军队，而巴基斯坦军队则是拥有一个国家。
巴基斯坦宪法规定国家实行议会民主制，由议会多数党组阁，总理是国家掌舵人，为何军队参谋长的更替引发了巴国内外众多注意呢?这要从巴基斯坦军队在国家中的特殊地位谈起。
军队的重要政治作用
巴基斯坦是中国重要的邻国与友邦，其建国以来的政治发展却与同生共源的印度大相径庭，其政治进程就是军政矛盾不断演化的历史。自1947年8月14日独立至今，巴基斯坦军队直接政变就有三次，组建了四届军政府，持续时间占据该国迄今历史近半。而就算在民选政府时代，军队对政治的影响也一直存在，国防与外交领域基本等同于军队自留地，民选政府很难发挥自己的决策者作用。文官政府、军人政权几乎每10年就轮流更替;政党之间也是相互争斗，很少有政府能完成任期，除上届人民党政府外，只有穆沙拉夫时代的阿齐兹政府(2002～2008年)顺利完成任期，但也被外界视为军政权。宪法屡屡修订，国家构建一直处于变化过程中。
2008年，执政9年的穆沙拉夫政府被迫下台。2013年，人民党政府、穆斯林联盟(谢里夫派)顺利实现巴基斯坦历史上首次民选政府的和平交接。总体上，2008年以来巴基斯坦政治发展基本遵循了民主框架，军方基本恪守不干政原则，没有明显的干政行为。但军队在巴基斯坦政治生活中长期扮演重要角色，每当国家遭遇政治危机时，军方密谋政变的传言就不胫而走。
2011年11月10日，美籍巴基斯坦裔商人曼苏尔·里亚兹在英国《金融时报》撰文称，2011年5月9日曾代表巴基斯坦政府向时任美军参谋长联席会议主席的马伦递交秘密备忘录。备忘录中请美方向巴军方施压不要借本•拉登之死而政变，同时还希望美方能协助政府更换巴军方领导人，以加强巴政府对军队的控制力。作为回报，巴总统扎尔达里将就拉登藏身巴境展开独立调查，人员可由美国指定，全面清查巴境内的“基地”组织成员和向其提供庇护支持的内部势力，巴政府还将向美国移交所有恐怖分子，或为美在其境内开展军事清剿开“绿灯”。这就是巴基斯坦政治上著名的“备忘录门”。此事后来得到马伦确认，迅速在巴引发轩然大波。反对党及民众纷纷指责人民党政府为一己私利而出卖国家利益。据传，时任巴基斯坦驻美大使哈卡尼是此事件直接策划者，而总统扎尔达里则是“后台大老板”。为此，哈卡尼被迫辞去大使职务，回国说明情况，但人民党政府完全否认指控，声称扎尔达里对此毫不知情，并保证将“依照宪法保护巴基斯坦的情报部门和军队”。此举关系到巴军方的颜面，陆军参谋长基亚尼坚持要求最高法院就此展开调查。2011年12月30日，巴基斯坦最高法院设立专门司法委员会调查备忘录事件，并在巴国内外采集相关证据;最高法院还威胁如证实此事，有可能根据法律宣布总统和总理违宪从而丧失任职资格。这一决定得到巴基斯坦军方支持，但巴政府反对进行司法调查，坚称议会已在着手调查此事。2012年1月，双方矛盾进一步激化。1月9日，总理吉拉尼公开表示“军队高级将领到最高法院就‘备忘录门’做证违宪”，11日以“行为不当”为由将军方代表、国防秘书洛迪解职，12日在议会演讲时称“现有试图推翻政府的阴谋，军队必须服从议会”。军方则立即反驳，陆军参谋长基亚尼称总理吉拉尼言论将“导致严重后果”，并对守卫首都的主要作战力量111旅做出调整，任命了新旅长，12日还召开紧急高级军官会议商量对策。一时间，巴政治危机一触即发，随后政府表示退步，愿意接受司法调查，但因当事人不愿出庭作证，事情至今还没有结论。
而2013年初，宗教组织“正义道路运动”(pakistan awami tehrik，pat)在首都伊斯兰堡组织游行示威，公开要求政府辞职，其首领卡德里公开赞扬军队在国家中的作用，外界纷纷传言其是军方代言人，军队政变的传言再次盛行。而纳瓦兹·谢里夫2013年5月大选获胜上台后，军政关系依然是制约其施政的关键因素。
2013年谢里夫政府执政以来，因为在审判前总统穆沙拉夫、开启与巴基斯坦塔利班的和谈两大议题上与军方意见相左，“军政矛盾依旧突出，严重制约了政府的决策及管理，决策层的无所作为，恶化了国内的安全与经济挑战”。特别是2014年8月起，以正义运动党为首的反对党宣称穆斯林联盟(谢里夫派)大选舞弊，要求谢里夫辞职，重新大选，巴政治局势一度岌岌可危，军方最终介入调停，危机持续数月方才平息。自此，谢里夫政府谨小慎微，避免触犯军队利益，双方维持了相对稳定的合作状态。但巴基斯坦国内政治、外交、国防仍然离不开军方发挥作用，军队也时常就某些问题公开发表意见。
2015年11月10日，巴陆军参谋长拉希勒就指责政府行政不力，军队的反恐行动没有得到良好支持，而2015年1月通过的国家行动法案也没有被政府有效执行。2014年6月，军方开展“利剑行动”，打击境内部落区的恐怖团伙，同时还在国内最大城市卡拉奇开展打击黑社会的治安运动，两年来巴国内恐怖活动次数、伤亡人数均大幅下降。巴军方还设立军事法庭，公开审判涉嫌参与恐怖活动的嫌疑人，在卡拉奇的武装军警甚至还将打击对象拓展到贪腐政客和政府官员。外交和国防方面，2014、2015年，军队参谋长拉希勒出访美国、阿富汗，与两国政府商讨反恐合作以及阿富汗和谈问题，据称巴军方还出于安全考虑，否决了巴政府试图与印度、伊朗加强贸易和经贸往来的企图，这一系列事件都表明了军方对国防和外交的牢固掌控。
那么，巴基斯坦军队为何会有如此强大的影响力?其政治角色的形成有什么特殊原因?这就要追溯到巴基斯坦建国与巴基斯坦军队创建的独特历史了。
巴基斯坦军队的创建及初步政治化
巴基斯坦军队的强势政治作用，可追溯到建军初期。巴基斯坦独立初期的十余年，军队处于逐步正规化、定型化过程中，也逐渐对自己在国家政治中的角色和定位有了清晰的认知。回顾这十年的历史条件、突发事件、决策、社会运动，对于理解军队干政的起源有着重要意义。某种程度上，巴基斯坦国家初建所面临的印度威胁以及国家构建过程中的失败，成为军队干政的重要原因。
(一)建国初期军队从属于政府。独立伊始的巴基斯坦军队脱胎自英属印度政府军队，兵少将寡，全军仅有一名少将，而印度也只有两名。因为军官人数不足，巴基斯坦政府暂时雇佣了大量英国军官出任高级军职。这种情况下诞生的军队没有经历过独立解放战争的洗礼，巴军可以说是一支“前殖民军队”，而不是一支“民族解放军”。
多数巴军官加入巴军之前都是英属印度军官，他们接受了传统的英国军事教育，即强调军事专业素养，培训军事知识与专业训练，但不参与政治讨论。在英印时代，印度总督兼任军队总司令，士兵被严禁参与政治活动。在这种背景下，建国后印巴两国军官仍信奉“文明的政治应当是文官统治与议会政治，而且在英属印度政府统治下，军官们普遍对政治观点非常谨慎”。独立后，巴军继承的军事院校依然在英国人监管下，实施军事专业训练。故建国初期的巴基斯坦军队继承了英属印度时代的军政关系，秉承“军事、行政完全隔离”原则，加入巴军的年轻军官们依旧秉承政治中立态度，并将这一传统传递给新一代军人。
巴基斯坦在建国之初建立了完整的行政机构，对国防事务进行监督和管理。1948年6月，作为国防决策的最高机关，内阁国防委员会(defense committee of the cabinet)成立。内阁国防委员会下设一个国防理事会(defense council)，由国防部长领导，成员由文职官员构成。军队事务都由该委员会管理和监督，因此建国之初的巴军完全在政府控制之下。
(二)克什米尔战争催化军队政治化。1948年爆发的克什米尔战争对巴军的政治化有着两方面重要影响，一是催生了巴军官对政府的不满情绪，为后来第一次军变埋下伏笔。二是确立了军队对国家大部分资源的超然垄断。对初生的巴基斯坦而言，只有大力加强军备才能保证国家安全，这是当时的选择。
第一次克什米尔战争，最终双方达成停火协议，但巴军方对此并不满意，将其视为政府向印度投降、将巴军潜在的胜利拱手相让。克什米尔战争结束6个月后，1949年7月，时任巴军总参谋长的阿克巴•汗就开始策划巴军历史上第一次军变，希望推翻民选政府。但政变计划被当时的西北边境省犯罪调查署检查员破获，1951年3月，以阿克巴•汗少将为首的一部分少壮派军官被捕，他们被指控阴谋推翻首任总理阿里•汗(liaquat ali khan)政府。所有涉案人员被捕入狱，后经特别法庭审判后，政变参与人员因煽动暴乱、危害国家而被开除军籍，阿克巴•汗被判入狱12年。
这次军变的主要原因是军队将领不满政府在克什米尔战争中的表现，不希望巴基斯坦加入美国为首的西方集团，希望在巴建立军政府领导下的社会主义国家。巴基斯坦伊斯兰共和国历史上首次军变虽然失败，但其重要性在于开启了军队政治化的大门。阿克巴·汗发动政变，更主要原因在于军队干政意识的强烈，军方对政府施政不满，认为政客腐败透顶，只有军方才能挽救国家。阿克巴·汗鉴于巴基斯坦平均教育水平很低，认为民众并不适应现代民主体系。在国家危急时刻，更需要政府快速决断。参与政变的军官认为掌握大权的政客们能力低下，贪腐成风，对于创建一支强大的国家军队并不热心，完全依赖英国军官，忽视巴爱国士兵的诉求。军官们还认为只有军队才是巴基斯坦唯一的靠山，认为当前情况下，只有立即军变才能改变国家落后面貌，这是1951年拉瓦尔品第军变企图的直接原因。
克什米尔战争后，巴军开始大力发展装备。1951年7月，为响应印控克什米尔地区举行制宪会议，印度在印巴旁遮普边境开始军事动员，巴军一片慌张，因为当时巴军仅有十几辆老旧坦克“仍旧能运转”，根本无力抵抗印度的新一轮打击。在严峻的军事形势下，1951年8月起，巴内阁更改规定，凡是处理有关国防的事务，军队领导人可正式参加。全国的资源也全面向军事倾斜，为了加强军事力量，建国最初三年政府支出的70%都被投入到军事领域，1947～1959年，巴基斯坦军事开支占政府预算比例平均达到59.5%。
(三)军队素质提高助推政治化。建国后，巴基斯坦军队从建立之初的英属印度军队残余起步，迅速成为装备精良、训练有素的职业军队，这极大助长了军官们的政治野心。
为了解决本土军官奇缺的问题，巴军方一方面留任500名英国军官暂时管理军队，另一方面大力提拔巴籍军官。为此，巴政府建立特别委员会，大力提拔军中的本土军官。经过几年的努力，到了1951年，除了一些关键的技术性岗位外，指挥与参谋层级基本都由巴基斯坦本国军官担任。1951年1月，阿尤布•汗也成为首任巴基斯坦籍总司令。
但当时巴军装备还不齐全，印巴分治时巴军几乎没有任何军工厂，所有英印军队拥有的7个军工厂都位于印度境内，而47个训练基地中，巴仅有9个。阿尤布•汗曾回忆说，“我们的军队装备极差，组织混乱，但还要护送上百万难民，在克什米尔进行战争……整个时期，我们没有恰当的军事组织，没有武器，也没有弹药”。但第一次印巴战争使得巴军迅速发展，1949年8月，巴军开始重组，训练、参谋、作战、后勤体系都进行了重新设计与建设。1954年，军队已经可以在旁遮普举行大规模、多地形的军事演习，参与人数达五千。军队迅速重建、重组、改革，涉及了“大量的技术和组织上的进步”，将一支前殖民军队成功变成了“一支全新巴基斯坦军队，拥有自己的鲜明特性”，“塑造了新的精神和自信”。
(四)军队干政意识萌生。虽然在英国军官留任的初期，在国父真纳和阿里•汗领导下，巴军方基本还能恪守不干政原则，但随着巴军专业素质的提高，以及真纳与阿里•汗的陆续去世，军队高层对政治现状越来越不满，越来越对巴基斯坦这样一个内忧外患的国家是否能实行议会体制感到忧虑。以阿尤布•汗为代表的高级军官们鄙视政府文官，认为政府里的政客只会夸夸其谈，争权夺利，缺乏奉献精神，认为建立强有力的中央政权方能保证内部团结与国防强大。一名高级军官坦承，“当时陆军司令部内，军官们花了大量时间讨论政治”，谴责政府低效、贪腐。1950年代初期的美国秘密档案也揭露，当时军方领导层已经决定“影响、控制国家政治事务的轨迹”。比如为了限制东巴的人数优势，理顺政府管理体系，阿尤布•汗领导下的军队曾积极支持西巴各省合并的“一个单元”(one unit)计划。
东巴、西巴之争弱化国家构建
巴基斯坦军队政治化与国家构建的迟滞不前密切相关。巴基斯坦是一个理论概念，即南亚次大陆所有穆斯林都归属同一民族，这是巴基斯坦赖以建国的理论基础，但其忽略了穆斯林各民族之间的文化、经济差异。随着中央集权的国家成立，原本隐藏在穆斯林内部的各种矛盾开始爆发，首先引爆的就是孟加拉民族意识的突显。
(一)孟加拉问题浮现。独立初期的巴基斯坦由东西两部分组成(东巴是今天的孟加拉国，西巴是今天的巴基斯坦)，西部有旁遮普省、俾路支省、西北边境省、信德省，东部有东孟加拉省。各省主体民族、语言、风俗都有所差异，将他们维系在一起的共同纽带就是伊斯兰。西部的四省中旁遮普省一支独大，占据了中央及军队中的多数职位，这引发其余各省的不满，孟加拉由于远离中央，各方面都受到西巴的不公对待，对巴基斯坦政治现状尤其不满。
最初，孟加拉就对建立巴基斯坦有不同意见。1940年3月23日，穆斯林联盟(简称“穆盟”)在拉合尔年会上通过决议，要求建立独立穆斯林国家，范围包括穆斯林占多数的次大陆西北部和东部，而其中各个地区拥有独立主权。来自孟加拉的穆斯林领导人认为这个决议表示未来将建立两个独立的主权国家。但真纳等核心领导层却决心建立一个统一主权国家。1946年4月，穆斯林联盟通过决议，要求穆斯林占多数的邦联合组建巴基斯坦。但孟加拉领导人认为这并不影响1940年决议。而且，孟加拉人还认为即使组建统一的巴基斯坦，也应实施联邦制，孟加拉的特性、语言与政治权利都应得到保护。
巴基斯坦建立后，孟加拉成为国家的东部，孟加拉人占全国人口半数以上，基本都集中在东巴，与西巴距离上千公里，两部分的交流异常不便。而且，在巴军队和行政官员中，孟加拉人基本被排除在外。分治时，选择加入巴基斯坦的133名穆斯林文官，仅有1名孟加拉人。而旁遮普人占巴基斯坦总人口比例为24.9%，但在军队中占77%，孟加拉人占巴总人口的55.4%，但在军队中仅占不到3%。1955年，军队中仅有一名准将来自东巴，来自西巴的则有34位。中下级军官中，来自东巴的仍然很少。来自东巴的军人偏少是英殖民当局政策歧视的结果。1857年印度大起义中，孟加拉人是起义部队的先锋，20世纪的20、30年代印度民族运动中，孟加拉人又成为运动的早期领导层，坚决反对英国殖民统治，因此英属印度殖民当局认为孟加拉人并不可靠，很少从孟加拉地区招募士兵。建国后，巴政府也曾努力增加孟加拉人在政府和军队中的比例，但因受到军队抵制，收效甚微。
新独立国家通常需要中央集权以利于国家建设，但多民族国家弥补民族分歧又需要地方自治与权力分享，这在巴基斯坦形成了尖锐矛盾。西巴人掌握了中央权力和大量资源，东巴被剥夺感日益加剧。巴中央政府加强中央集权，加强军事建设，地方自治权利被剥夺，占全国人口半数的孟加拉人被排斥在国家构建过程之外，新建的巴基斯坦埋下了冲突的种子。
(二)孟加拉语言运动掀起民族主义浪潮。新独立的巴基斯坦中，孟加拉民众希望能将孟加拉语定为官方语言，但巴基斯坦政府对其予以拒绝，主要是因为其与真纳提出的“两个民族”理论相抵触。真纳认为印度次大陆的印度教徒与穆斯林，因为分属不同宗教，而具有不同的民族属性。而如果承认穆斯林内部也有民族分别，则巴基斯坦就失去了赖以生存的理论根基。
穆斯林联盟宣称印度次大陆的穆斯林民族与印度民族的区别就是乌尔都语，这是伊斯兰文化的基础。1937年穆盟在全党勒可瑙大会上曾希望将乌尔都语定为党的官方语言，但遭孟加拉代表反对而作罢。建国后，巴基斯坦政府不顾全国只有4%的人母语是乌尔都语的事实，将乌尔都语定为全国唯一官方语言，此举极大激化了民族矛盾，巴国家认同开始陷入危机。
1948年2月23日，一名来自东巴的国会成员在制宪会议上提议将孟加拉语与英语、乌尔都语同样作为会议语言;但遭总理阿里•汗拒绝，认为这等同于分裂国家。此举迅速激化了东巴孟加拉人的民族情绪，东巴首府达卡学生举行抗议示威，3月演变成了东巴大罢工，最后许多学生领袖被捕。
巴基斯坦政府将孟加拉语言运动视为印度支持的分裂巴基斯坦的阴谋。1948年3月，真纳在独立后首次访问东巴时，警告说“巴基斯坦的敌人不能阻止巴基斯坦的建立，现在他们开始通过语言问题在穆斯林中间制造分裂”。真纳明确拒绝将孟加拉语定为官方语言，称“巴基斯坦的官方语言只能是乌尔都语，没有其他语言”。1948年12月，巴基斯坦教育部决定，为了突出国家的伊斯兰特征，未来各地区语言的书面文字也将换成阿拉伯字母或乌尔都字母。而孟加拉语本来是用梵文字母拼写的语言，于是巴基斯坦政府在东巴各地建立了成年人语言中心，教育孟加拉人用阿拉伯字母拼写孟加拉语，此举遭到孟加拉人激烈反对。
1950年10月，负责制订宪法基本原则的“基本原则委员会”发布临时报告，建议乌尔都语定为唯一官方语言，激起了制宪会议中孟加拉成员的不满，孟加拉民族主义情绪高涨。在“人民穆斯林联盟”(从穆斯林联盟中分裂而成)领导下，孟加拉共产主义者与民族主义者组成“民主联邦中央委员会”，反对该报告，争取民众支持，在达卡组建大国民会议，提议根据1940年拉合尔决议制订新宪法，并要求东巴、西巴组建联邦国家，中央政府只负责外交、防务，且东巴可以拥有自己的武装力量。
1950年11月，由于东巴的激烈反对，上述临时报告被正式取消。但东巴民族运动让巴基斯坦中央政府极为警惕，尤其是东巴要求组建独立的国防力量，这与巴军方建设强大中央、强大国防军的理念相背。1952年1月，巴基斯坦正式决定将乌尔都语定为唯一官方语言，东巴首府达卡随即掀起大规模学生抗议和罢工活动;2月21日，达卡警方开枪打死数十名学生和游行民众，激起孟加拉人更多反抗。1955年，中央政府同意将孟加拉语与乌尔都语共同作为官方语言，方才使语言之争暂告一段落。
东巴、西巴语言之争背后也隐藏着经济利益的争夺，承认孟加拉语为巴官方语言，将会增加孟加拉人在政府机构和经济资源中的人数和势力。否认孟加拉语的官方语言地位，受过教育的孟加拉人就很难进入政府公务员序列。但更重要的是，语言之争与孟加拉民族情绪诉求融合，团结了孟加拉各阶级民众，形成了本尼迪克特•安德森所说的“想象的共同体”，为后来的孟加拉分离打下了基础。
对当时的巴基斯坦国家建设而言，如何构建恰当的宪政框架将孟加拉纳入主流政治，是最大的挑战。但西巴控制的中央政府为了加强中央集权，因担心影响国家的凝聚力，不愿真正向各省让权。孟加拉精英认为自己被排除在国家权力之外，在军队中更是无足轻重;对中央政府怨气不断积聚。
1954～1955年，东巴、西巴围绕黄麻之争矛盾更加尖锐。黄麻主要在东巴生产，但收益多被中央政府收走，用于西巴的工业发展和军队装备上。独立最初的十年，巴基斯坦三分之二的政府资金用于西巴;自1947至1960年，62%的外来发展援助和贷款被投入西巴，只有17%给了东巴。东西两部分差距越来越大。
(三)代表权和选举制度之争。1947年巴基斯坦独立伊始就建立了制宪会议，负责制定宪法，并暂时行使议会职权。面对政治经济劣势，孟加拉希望尽快通过制定宪法而取得政治平衡。但如举行大选，之前未经选举而产生的西巴政客的政治和经济地位肯定会受到影响。故双方围绕政治代表权、选举制度不断争吵，宪法的制订一拖再拖，选举也无法举行。
孟加拉人口占全国半数以上，因此他们希望凭借选举取得相应政府份额。故东巴制宪会议代表主张实施多数民主制，议会席位将按人数分配。而西巴主张东、西巴平等代表权。此外，因为当时东巴境内有大量印度教徒，孟加拉代表主张实施联合选区制，但西巴主张分别选区制，希望借此削弱、分化孟加拉穆斯林和印度教徒。
(四)孟加拉政治势力崛起。穆斯林联盟是领导巴基斯坦独立运动的主要政党，在巴独立之初，穆斯林联盟在西巴、东巴都占统治地位。但随着东巴民众对中央的不满日益增长，穆斯林联盟失去执政地位。1954年3月，东巴举行省议会选举，穆斯林联盟被孟加拉几个民族主义政党组成的联合阵线(united front)击败。这次选举基本确定了之后巴基斯坦政党政治的轨迹，从此穆斯林联盟只局限在西巴之内，孟加拉政党也只能在东巴生存，在西巴没有支持基础。联合阵线上台后立即向中央提出分权诉求：除外交、国防外，其他事务都归省政府管理，海军司令部应从卡拉奇转到吉大港，并支持安萨尔(ansar，是一支民兵武装，成立于1948年，主要职能是协助警察维护治安)用于本地防务。
孟加拉地方政治势力的崛起，引发巴基斯坦总督与军方忧虑，他们将孟加拉自主意识萌生视为国家安全的威胁，并认为1955年孟加拉语成为官方语言更是开启了“巴基斯坦崩溃的第一步”，是那些“鼓吹东巴、西巴分离，将东巴带给印度的人的巨大胜利”。
军队逐步介入政治
(一)军队开始承担非军事任务。根据巴基斯坦法律规定，巴基斯坦军队可以通过“民事援助”(aid to the civil power)的名义介入非军事任务。这是南亚次大陆的政治传统，早在英属印度时代，当时的英印政府就规定军队可在政府请求下出动维持内部治安。即当殖民当局无法维持社会秩序时，可使用这一条款请求军队援助。但如何处理事情，就完全“由军队自己做主”。1951年起军队就开始参与国家建设活动，如救灾、公共基础设施建设等，对承担非军事任务有了一定经验。1952年起，巴基斯坦军队以“民事援助”名义，开始逐步参与各种非军事任务。
1953年3月，旁遮普拉合尔爆发反艾哈迈迪亚运动，后来形成骚乱，警方无力控制局势，旁遮普省政府寻求军队帮助，希望恢复社会秩序。在巴军最高指挥部领导下，当地部队对拉合尔实施军事管制，并大大拓展了军事管制的范围。军队在当地开展修路、铺设人行道、清理公园、清洁商铺、管制基本商品的价格等各项活动。军队还发起“健康拉合尔周”活动，并大力抨击“婚礼与庆典过分的奢侈”。但军队实施军事管制超过了中央政府设定的期限，拉合尔的秩序已经恢复正常，军方依旧实施管理，后来才退出。
军队代行政府职能的成功让高级军官们信心大增，认为军队完全可以代替政府，实施更有效的管理。在拉合尔军事管制后期，“军队能力强于政府已经在多数军官心中扎下了根”，也使得军官们“完全忽略了军队干政的风险”。同时，公众对军法管制表示拥护，使得军队内部对军队接管政权更加自信。
(二)政党失去对军队的控制。巴基斯坦是国父穆罕默德•阿里•真纳(1876～1948年)率领穆斯林联盟团结南亚次大陆多数穆斯林，坚持“两个民族”理论而成立的。真纳是印巴分治前印度穆斯林联盟主席、巴基斯坦立国运动领袖、巴基斯坦首任总督，在巴全国享有巨大威望，其亲密盟友利雅卡特•阿里•汗(liaquat ali khan)以穆斯林联盟为基础，成立了巴基斯坦政府，阿里•汗成为首任总理。但1948年，真纳不幸因病去世。真纳的去世深刻影响了巴基斯坦政治发展的格局。相较于印度的尼赫鲁，真纳还没有为巴基斯坦规划好发展路线就离世，使得无人能够统领巴基斯坦。真纳去世后，总理阿里•汗领导下的穆斯林联盟政府(1948～1951年)极力加强中央集权，阿里•汗本人对分散权力的议会体制甚为反感，甚至一度将其他政党的成立视为叛国。但1951年10月16日，阿里•汗在拉瓦尔品第的公共集会上被刺杀(凶手是一名流浪巴基斯坦的阿富汗人萨德(saad akbar babrak)，但随后不久此人被警察打死，其行刺动机至今不明)，原本就松散的穆斯林联盟顿时群龙无首，迅速分裂，已无法凝聚人心、支持现有宪政体系，政府对国内局势、对东巴越来越难以控制。
因为外部的印度威胁及内部不稳，建国伊始巴基斯坦政府就大力加强军事建设，总理阿里•汗虽亲自担任总理和国防部长，但实际上并无精力和时间来管理国防事务，这给了军队巨大的自主空间，军队将领可直接向总理汇报，在制度上绕开了国防部长这一层级。同时也让军方将领认为包括阿里•汗在内的政客都只关心自己的政治利益，对国家安全并不在乎。阿尤布•汗的参谋及传记作者艾哈迈德(mohammad ahmed)曾回忆说，“当时内阁没有全职的国防部长来处理困难重重的军事问题……总理兼任国防部长，但同时他又是党主席，整日忙于巩固自己党在政治上的位置……其继任者也从没有时间参与国防部的重要军事会议”。担任总司令的阿尤布•汗“出现在每个场合，参与所有重要的事情，任何政府重要决策之前都要咨询他的意见，不管是教育、金融、外交、工业甚至社会福利事务都不例外”，“所有决定都是陆军总部(ghq)作出的。中央政府和行政高层对军队没有任何控制”。
“从安全角度考虑，军方并不信任政府，特别是不信任官员们的保密能力”。故克什米尔战后，巴军方以外来干涉会削弱军方的战斗准备为由，拒绝任何政府审查。军队需要装备时，军方就利用战备作为借口绕开行政当局。1949年5月到1950年2月期间，时任财政部长曾多次警告总理阿里•汗，军队总司令及空军指挥官行动大大超过他们的权限，漠视法律，严重违反财政程序，“可能造成财政破产”。
(三)军队初步干政。阿里•汗遇刺后，巴基斯坦政治局势持续动荡。1953到1954年，巴总督、总理争执不休，军方公开放弃不干政原则，在政治危机加剧时实施干涉，成为实际上的政治集团。但最初军队介入政治，是在总督要求下，以军政联盟形式进行的。
1953年4月，总督古拉姆•穆罕默德以政府无能、无法维持秩序及保证粮食安全为由，解散总理克瓦贾•纳泽穆丁(nazimuddin)领导的穆斯林联盟政府，而当时穆盟在议会中占据多数，并受到多数议员支持，穆盟提交的政府预算也刚刚顺利通过。这次总督与总理之争受到军方大力支持，古拉姆后来坦承，“阿尤布•汗在解散政府这件事情上有很大关系”，解散政府之前，巴军曾在全国关键地点部署军队，威胁占领制宪会议。
军方支持总督解散政府，关键在于纳泽穆丁政府相关政策不利于军队利益，政府的指导思想也与军队的主流观点大相径庭。1952年12月，纳泽穆丁政府曾发布报告，许诺给孟加拉人保留更多的议会席位;纳泽穆丁政府还曾考虑积极回应印度提出的非战宣言，认为这将“轻松减少国防费用”，改善“极其困难的经济形势”，但后来因为印巴双方没有达成协议，两国没有缔结非战协定。但纳泽穆丁政府试图减少军费，1953年军费就比上年减少了三分之一，这让军方无法容忍，最终支持总督解散政府。
但总督解散政府引发制宪会议不满，为限制总督权力，1954年9月20日，制宪会议重新颁布1949年的“政府公职和议员(资格取消)法”，使制宪会议有权取消政府部长和其他公职人员的资格。9月21日，制宪会议又对1935年印度政府法的第10条作出修订，确保总督不能以任何方式解散现政府。10月，制宪会议最终提出宪法草案，规定未来的总统将只是虚位国家元首。宪法草案还规定，孟加拉语与乌尔都语都将成为官方语言，实行两院制，下院根据人口比例分配席位，上院则在各省之间平等分配席位。中央政府只负责国防、外交、金融、通讯等少数事务，其他都归各省自治。总督古拉姆不同意宪法草案，就在通过宪法之前的10月24日，以制宪会议“失去民众信任，不再运转”为由，解散制宪会议和内阁，并宣布巴基斯坦进入紧急状态。
军方在总督解散制宪会议行动上起到了主要作用。当时总理穆哈迈德•阿里•布格拉(mohammad ali bogra)被从美国紧急召回国内，随即被武装押送进入总督府，军方赤裸裸威胁总理必须合作，否则他就将面临军法审判甚至更严重的后果。在此情况下，布格拉被迫同意继续担任内阁改组后的总理。当地媒体对当时情况进行了生动描写：“在1954年10月那个夜晚，总理被左右两位将军所胁持，已经处于半疯癫状态的总督将解散制宪会议的决定强加给总理，实际上建立了半独裁的统治体制。”
军队干政从幕后走向台前
(一)军队成为政治监护人。1954年10月，巴基斯坦总督在军队支持下解散制宪会议，改组政府，总督得意地将新政府称为“天才内阁”，其最重要变化在于现役军人出任内阁部长：内政部长是少将米尔扎，国防部长是总司令阿尤布•汗。
军方进入内阁表明军队对政治的影响已经不再隐藏在幕后，军队开始大刀阔斧按照自己的设想建设国家。1954年10月，阿尤布•汗领导内阁制订了一部题为《对巴基斯坦现在、将来问题简短评估》的宪法草案，目标是将巴基斯坦民众团结在统一、稳定、发展的道路上。阿尤布•汗认为民主在巴基斯坦只有“适合当地民众的基因”时方能发挥作用。因此，他提出了一种“可控的、制衡与反制衡民主”模式，希望将这种模式推广。草案拥护强势总统制，总统控制内阁与省政府。中央与各省立法会选举将间接举行，避免未受教育的民众受到蒙蔽选举那些道德败坏的政客上台。为便于更好发展与防御，草案还提议将西巴各省组成一个省。为维护国内团结，草案也提议东、西巴均衡发展，防止政客煽动民族主义。在代表权问题上，草案提议东、西巴将在立法会中各拥有150个席位，立法会可任命内阁，内阁受总统控制，立法会有权解散省政府。为便于理顺国防事务架构，草案还提出行政与军事机构合并，提议任命军队总司令，总司令既领导三军联合参谋部，同时出任国防部长。
1954年11月，巴中央政府征求各省意见，希望各省议会批准西巴合并计划，但因为“其他各省普遍担心，统一意味着旁遮普人控制西巴”，实际都不赞同合并。但军方威胁各解散省政府，不同意合并就会军事接管或解散省政府。1955年，合并决议被通过。
但此宪法草案被联邦法庭否决，法庭裁决宪法只能由《1947年印度独立法》产生的制宪会议制订。1955年6月，由各省立法机构选举产生了第二个制宪会议。该制宪会议由东、西巴各选出40名代表组成。1956年3月，第二届制宪会议终于通过了巴基斯坦第一部宪法，该宪法规定实施一院制，由东、西巴各150名议员组成，总统权力受到限制，无权解散议会，也不能否决法案，但在特定情况下，可宣布紧急状态。同时，总统还有权在总理“失去议会信任”的时候，解除总理职务。这一条款含糊不清，为后来总统、总理之争埋下隐患。宪法还规定，孟加拉语、乌尔都语并列为官方语言。3月23日，宪法正式生效，但政治局面并没有企稳：西巴的穆斯林联盟进一步衰落，许多党员加入以沙布西为首的共和党;东巴人民联盟与联合阵线争权夺利;全国政局仍然动荡不安。
军方对这部宪法并不满意，阿尤布•汗认为这是“一份令人绝望的文献”，因为“权力在总统、总理、内阁、各省之间分配，实际上没有人真正控制权力”。两年后，军队发动政变，1956年宪法被彻底废除。
总体说来，在1954到1956年期间，军队实际上承担了政治监护人角色。在军队支持下，个别政治家执掌权力，然后军方与官僚合作，共同处理国家构建问题，应对印度威胁。而文官及党派之所以“仍然能掌权，是因为被动同意，甚至积极支持”军队。
(二)政治不稳导致军队直接上台。自1955年7月第二届制宪会议召开，到1958年10月军队发动政变为止，短短3年内巴基斯坦经历了4届政府。1955年10月，阿尤布•汗的密友米尔扎(iskander mirza)取代古拉姆出任巴总督，并依据宪法被选为总统。米尔扎是老牌官僚，在英属印度时代就担任政府官员，与阿尤布•汗同属英国桑德赫斯特皇家军事学院毕业生。1947至1954年，米尔扎担任国防秘书，是政府与军方的主要联络人;在此期间，米尔扎与阿尤布•汗往来密切，支持军方与美国结盟，米尔扎本人与美国关系紧密，其子娶美国驻巴基斯坦大使希尔德雷思的女儿为妻。米尔扎同样质疑现代民主体制，认为民众需要的是可控民主，“只要多数民众仍是文盲，他们就不适合真正的民主，政府首脑就应当控制一切”。
在军方支持下，总统与政府之间争斗不断。1955年8月，穆斯林联盟的乔杜里•穆罕默德•阿里(chaudhry muhammad ali)组阁，1956年9月即倒台。随后，东巴的侯赛因•沙希德•苏拉瓦底(huseyn shaheed suhrawardy)率领人民联盟组阁。苏拉瓦底政府与米尔扎、军方的斗争最为激烈。苏拉瓦底是一位政治老手，“努力使政治摆脱军政寡头控制”，阿尤布•汗不满其对军方的严苛态度，后来苏拉瓦底同意不干涉军队事务，军队方才同意他组阁。
苏拉瓦底试图解决东、西巴发展不平衡问题，1957年4月，明确提出“只有将东巴人民纳入军队序列，东巴才能满意”。为此，他建议招募士兵时，降低孟加拉士兵的体格条件。阿尤布•汗则认为东巴民众缺少参军的热情，降低体检要求不利于战斗。政府为此组成官方调查组，最终建议按照同等条件从东、西巴招募士兵。
1957年4月，东巴省议会要求实施联邦制，但没有通过。同年9月，西巴议会通过决议，取消西巴合并的“one unit”计划。军方对此极为不满，在军方压力下，总理苏拉瓦底与总统米尔扎发布联合声明，支持目前的联邦架构，直到下次大选举行再决定。随后不到一个月，因为共和党退出政府，苏拉瓦底政府面临倒台危机，当时苏拉瓦底试图在议会就政府信任案举行投票，以挽救自己的政府，但总统米尔扎威胁将其解职，最终迫使其辞职。
苏拉瓦底政府倒台后，没有政党能取得半数以上席位，也就无法组成稳定的政府，有效代议制体制基本搁浅。接下来的几届政府都被迫以联盟形式组成，接替苏拉瓦底的是由穆斯林联盟的易卜拉欣•伊斯迈尔•楚恩德里加(ibrahim ismail chundrigar)领衔的政府，因共和党不满几个选区的安排，撤回对政府的支持，政府就被迫倒台。1957年12月，共和党的首领费罗兹•汗•努恩(feroz khan noon)担任总理;1958年9月底，努恩扩大内阁，增加6名东巴人民联盟成员，但这几名成员拒绝上任，中央政府再次面临解散危险。总统米尔扎难以控制局势，在陆军总司令阿尤布•汗压力下，于1958年10月7日宣布实施军事管制，暂停宪法，禁止政党活动，阿尤布•汗出任军法管制首席执行官。10月27日，阿尤布•汗指责总统米尔扎对国家局势恶化负有责任，迫使其离职。巴基斯坦代议制政府正式失败。
(三)国家监护人的角色认同是军变主要原因。对巴基斯坦军方而言，尽管不同的政府决策可能会对军队利益造成一定侵害，但任何政党都不敢完全忽视军方利益，军事预算与军队福利也不会受到政府限制。军方之所以从幕后走向台前，不是因为政局动荡妨碍了军队利益，主要原因是军人自视为国家利益监护人，难以容忍各政党间的争斗，认为要出手维护国家完整与统一。阿尤布•汗就曾公开声称，“军队不可能不受周围条件的影响。军人对充斥于生活每个方面的政治阴谋、贪腐、无能不会无动于衷。军人也有亲属，军人也会读报”。阿尤布在政变后发布的第一次演说中，再次阐述了自己政变的原因：“这是一个极端的行动，我们万分不情愿这样做。但我们别无选择，否则就会是国家彻底分裂、毁灭。正如你们所知，这种混乱是那些自私的人带来的，他们就是攫取了国家领导权的政客们，这些人毁灭了国家……他们渴望权力，为此不顾原则，法律荡然无存。他们的卑鄙、欺骗、堕落没有底线，国家和民众却日益衰败……我们最终目标是重建民主……但是是民众能够理解和执行的民主。”这表明了军队对政府不称职的失望，对民主造成巴政治、经济困境的批评。
同时，军队凭借专业素质，在管理方面比政府有效。军法管制之前，军队就开始代替政府实施管理，1957年12月，巴军发起“关门行动”，封锁东巴与印度边境，严厉打击境内“不法分子”走私食品和商品到印度西孟加拉邦和阿萨姆邦，有效解决了东巴的税收流失问题。但此举打击了东巴境内印度教家庭跨境传递资金活动，他们通过省议会向当时的中央政府施压，总理努恩为维持联合政府，要取消军队反走私职责。军队对政府此举非常不满，阿尤布•汗迅速通过总统米尔扎警告总理努恩，停止干涉军队行动，让军队完成任务。军人对政府不满，“憎恨政客，军官们普遍厌恶政府”。政变前几个月，曾有记者就军队战备情况采访阿尤布•汗，阿尤布•汗却要求记者不要担心军事问题，要“注意那些正在破坏国家利益的领导人”。
1958年初，军方高层已经形成共识，只有除掉瘫痪的民主政府，建立军政权，才能将巴基斯坦从那些争权夺利、贪腐、不爱国的政客手中拯救出来。“那些腐败政客除了权力，对国家统一、安全丝毫不关心”。1958年10月军变之前，军方也曾努力去各党派协商，试图找到符合军方标准的可以组阁的执政人选。但没有党派符合军方标准，军方最终决定彻底改造巴基斯坦的政治生态，这是巴军变的动因。
阿尤布•汗是巴基斯坦第一位军变上台的总统，其军变是国内诸多社会矛盾综合发酵的后果。当时巴基斯坦独立已逾十年，但党派、民族、宗教、官僚及地主等各种势力争权夺利，正常的政治秩序迟迟难以确立。阿尤布•汗率领军队政变上台，建立第一个军政府，迅速稳定了秩序。阿尤布•汗执政期间，军政府颁布了许多法令，促进了经济与社会发展，其对军队的精神塑造更是影响至今。巴基斯坦军人干政的行为模式，在阿尤布•汗时代得以确立和发展，军队逐步形成自我意识，认定只有军队才是巴国家、社会的最终保护者，这种监管者意识被历届军政府所继承，并在巴政治发展中起到重要作用。笔者接下来将详细阐述历届军政府时期军队对政治的改造，分析巴军与巴政治发展之间的关系。
阿尤布·汗时期(1958～1969年)
为建立新的政治制度、促进巴经济发展、实现现代化、维护国家统一，1958年阿尤布•汗领导军方政变上台后立即实施了重大政治变革。
(一)依靠职业文官管理日常事务，军方只负责决策。政变后，军方解散中央和省立法机构，解散中央与各省政府，废除宪法，实行军法管制，禁止政党活动，暂停基本权利，审查媒体。军政府还禁止包括前总理苏拉瓦底在内的数百名政客担任公职(军政府通过颁布《1959年取消任职法令》，取消了大约500～600名政治家的任职资格)。
政变初期，军方最高将领负责最终政府决策，阿尤布•汗同时兼任总司令及军法管制首席执行官、总统;海军、空军司令担任军法管制副执行官。1959年，阿尤布晋升为陆军元帅，任命亲信穆萨(mohammad musa)将军为总司令。
而日常行政事务方面，军政府主要依靠殖民政府遗留下的职业文官来进行管理，军队并不干涉。1962年解除军法管制后，军队更是远离行政事务。政变后，职业官僚积极拥护，一些高级文官在军政府内扮演了重要角色。1958年10月，阿齐兹(aziz ahmed)被任命为军法管制副执行官。同时，中央与省政府的民事仍由职业官僚负责，公共事业单位如水电发展局(water and power development authority)、工业发展公司(industrial development corporation)仍由专业人员负责。对此，有学者分析认为，“巴基斯坦出现的不太像一个军政府，更像一个军队支持的管理型政府。这个系统中的政治角色被消除了，或至少被极大缩小了，或被管理型的人员取代了。决策权集中在阿尤布•汗为首的军方与职业官僚手中”。
因为军队没有过多干涉行政，所以这次政变非但没有“打断军队自己的指挥体系，反而大大简化了决策程序”。军队只是“执行、贯彻、宣扬阿尤布•汗的政策”，行政官僚则在军方指导下行事。为防止官员贪腐及控制官员，军方颁布《1959年取消公职法令》，任何不合军方心意的官员都会被以贪腐、渎职等罪名去职。
(二)引入基本民主制，解决合法性。1959年，阿尤布•汗为解决统治的合法性，推出基本民主制(basic democracies)，赋予民众一定的选举权利。阿尤布•汗认为，巴基斯坦文盲众多，不可能在全国层面选出真正符合自己利益的代表，所以选举应当是间接的。具体方式为：基层选民可“在当地委员会层面为自己认识的人投票，也可为事关自己具体利益、自己也能明白的事情投票”。在基本民主制下，全国划为8万个选区(每个选区包括1000到1500人)，每个选区可选举一名基本民主代表，东巴、西巴的代表名额相等。基本民主制委员会的基本功能是促进农村地区的发展，如供水、下水道、公共卫生等，同时促进工农业发展与培养公民意识。1960年2月，通过8万名基本民主制代表组成的选举人团，阿尤布•汗当选为总统。
阿尤布•汗的政治改革受到好评，美国学者萨缪尔•亨廷顿认为，“在一个正在实现现代化的国家，保持政治稳定的先决条件是实现政府与乡村之间的制度性联系，基本民主制在这方面是一个完美的例子”。在军队内部，基本民主制也受到广泛支持，巴军军官多来自中下层，对巴社会情况比较了解，他们一般认为巴多数民众缺乏教育，难以明了民主在国家层面的涵义，也不会使用自己的选举权，在此情况下，实施基本民主制是必要的。究其根本，基本民主制试图通过培育基层的政治根基来增强政权稳固性;削弱政党的基础，将政府管理去政治化;将对公共资源和权力的竞争控制在个人意志之下。由于军方高层集中了军权，真正的政治权力仍在地方官僚手中，按照规定，地区专员、副专员可通过省长直接向军政府负责。这些官僚代表军方控制地方委员会，“指导政府管理，解决发展问题”。
(三)颁布宪法，巩固可控民主。为巩固统治，阿尤布•汗当选总统后，挑选各方面代表，以前首席法官沙赫布丁(muhammad shahabuddin)为首组成制宪委员会，开始制宪工作。1962年3月，阿尤布•汗颁布了南亚次大陆第一部总统制宪法。宪法规定实施联邦制，基本民主制代表组成立法机关，并可作为选举人团选举总统。行政权力集中在总统手中，总统任期5年。1962年宪法设立一院制国民议会，东巴、西巴也分别有自己的省议会，但只有非常有限的立法权(国民议会只能通过条例，而且即使三分之二多数通过，总统也可否决)。非常明显，1962年宪法的主要目的就是为了确认当时的政体，根绝政党竞争。为确保军人专政，防止民选政府控制军队，这部宪法还规定，未来20年内，只有现役部队中的中将(海军、空军也包括在内)才能担任国防部长。宪法颁布后，1962年4月，阿尤布•汗取消军法管制，举行间接议会选举，两个月后又开放党禁，允许政党活动。
(四)难以满足反对派需求。基本民主制并不能让被排挤在外的政治人物满意。东巴孟加拉人尤其不满阿尤布•汗忽视东巴利益，他们强烈要求议会民主制、去中央化的联邦制以及直接选举。被解散的东巴联合阵线、人民民族党以及部分反阿尤布•汗的穆斯林联盟政治人物组成“国民民主阵线”，以前总理苏拉瓦底为首，积极反对军政府统治，要求制定新的民主宪法。东巴、西巴都出现了街头冲突。为了平息反对派的不满情绪，军政府恢复了法院，保证公民基本人权，并许诺政治自由化。
1962年8月，政府建立公民委员会，负责调查实施普选权的情况，并就总统、中央、省议会直选的情况进行咨询。事后，该委员会发布报告建议实施成人普选权，国民议会实施直选，对总统是否直选没有定论。阿尤布•汗不满报告内容，下令司法部重新审查，司法部最终认定实施普选必须考虑特定的条件，因为普通民众很容易被宗族、教派、地区等因素影响，如果没有普及教育，过早赋予民众普选权毫无意义。司法部还建议由选举人团选举议会和总统，“现在民众受教育不足、生活水平较低、对政治理解能力不够”，所以“稳定的政府应当是重中之重”;认为在民众能力不足的情况下，实行直选只会让敌对分子上台，破坏国家的发展，制造混乱。
1965年，阿尤布•汗第一届任期行将结束，他寻求连任，并得到了穆斯林联盟(传统派)的支持。而反对党利用开放党禁，联合组成“联合反对党”(combined opposition parties)，推举真纳的妹妹法蒂玛•真纳(fatima jinnah)作为总统候选人。阿尤布•汗一方面指挥本党开展竞选，另一方面利用情报机构打压反对派。在阿尤布•汗指导下，原本负责国外情报搜集的三军情报局(inter services intelligence directorate，isi)将工作拓展到国内情报搜集，对反对派领导人、工会、媒体、学生组织等开展监视与镇压。1965年1月，阿尤布•汗成功连任，但法蒂玛也赢得了36%的选票，而在东巴更是高达47%，突显了孟加拉人对军政府政策的不满。
(五)军政府执政成绩明显，但贫富不均破坏社会公平。由于政策得当，管理高效，在阿尤布•汗军政府统治期间，巴基斯坦工农业都得到了极大发展，国民生产总值连续十年增长达6%以上。而且与印度相比，在各方面巴基斯坦并不落后，巴国内安全也逐步好转。但阿尤布•汗政府没有重视经济增长的公平性，社会贫富差距拉大，财富主要集中在西巴少数工业集团，特别是俗称的“22个家族”手中。这些大家族控制了工业资产的三分之二，80%的银行业、79%的保险业都在他们手中。到了1960年代中期，社会经济不平等使政治形势开始恶化。
首先，东巴疏离感加剧。阿尤布•汗政府时期，东巴、西巴差距没有缩小，反而愈发拉大。军政府坚持间接选举，坚持东巴、西巴议员等额，这泯灭了孟加拉人梦想依靠人数优势、民主选举上台的愿望。而且在强势总统制下，国民议会作用有限，人均收入提高、政府发展资金分配、外来援助、工业补贴等实际利益仍然向西巴倾斜。最终东巴、西巴之间的差距越来越大，孟加拉人产生被内部殖民的感觉。
在军政府内部，孟加拉人更加边缘化。实行军政府统治，但军队上层却几乎没有孟加拉人。建国后十几年，巴军努力增加军中孟加拉军官数量，但成效不大。1963年时，孟加拉人口占全国总人口的54.5%，但军中孟加拉军官数量却不到5%。
1965年8月到9月，印巴之间围绕克什米尔问题爆发第二次战争。短短几周内，双方派遣大军，展开激战，最终战争陷入僵局。在联合国的调停下，印巴于1965年9月23日全线停火。1966年1月4日至9日，在苏联政府的斡旋下，印巴两国同意撤退到1965年8月5日前所在地区。第二次印巴战争就此结束。但这场战争对阿尤布•汗的军政权及巴基斯坦产生了深远影响。
因为巴基斯坦政府一直将西巴视为巴基斯坦核心，故巴多数军力都部署在西巴。战争期间，印度曾一度封锁东巴，但巴军方没有对东巴进行增援，因为巴军方认为，保卫东巴的关键在于西巴，“即使战斗在东巴打响，但因为战略目标都在西巴，所以主要战斗也会在西巴发生”。因此，东巴在印度武力面前毫无还手之力。巴中央政府不在乎东部孟加拉的国防需求，让孟加拉人民的疏离感更加强烈。1966年3月，东巴人民联盟领导人谢赫•穆吉布•拉赫曼(sheikh mujibur rahman)提出著名的“六点方案”，包括：1.在普选基础上实施联邦制、议会民主制;2.中央联邦政府仅对外交、国防负责;3.东巴、西巴分别流通不同货币，或采用其他方法阻止资源从东巴流向西巴;4.组成联邦的每个邦都有征税权;5.每邦可自由控制外汇储备，有权与外国政府商谈外来援助与对外贸易;6.每邦可组建地方辅助武装。人民联盟企图以此谋求东巴最大程度自治，但被军政府否决。
随后，军政府逮捕拉赫曼与部分孟加拉官员、军官，指控他们与印度勾结，企图将东巴分裂出去(巴基斯坦军政府称，存在“阿加尔塔拉”阴谋，即拉赫曼等人在印度阿加尔塔拉(agartala)策划了东巴自治的计划)，但此举反而让“六点要求”更加深入人心。
其次，西巴贫富差距引发民众抗议。第二次印巴战争后，西巴情况也不乐观。政治参与渠道不畅、经济发展不平等加剧、政府强制镇压反对派、不断否决其他小省的自治要求，军政府政策失当，将多数人推向了对立面。境内普什图人、信德人、俾路支人等各少数民族，城市中产阶级、学生、工会等各种族、各阶级都对政府不满。而阿尤布•汗重点照顾军队利益，“给军官土地、提高工资和退休金、为军人退役之后提供高薪职位”，而同期西巴的产业工人因为通胀，真实工资实际下降了三分之一;军政府的种种举措进一步刺激了社会的反政府情绪。
1966年1月印巴双方签署《塔什干宣言》，巴方承诺在克什米尔问题上“不使用武力而采用和平手段解决争端”和“互不干涉内政”，这打破了巴基斯坦军队远胜印度军队的神话，让巴民众颇为震惊。军事不力连同社会不平等，导致社会动荡不安，各政党活动空间大增。西巴以佐勒菲卡尔•阿里•布托(zulfiqar ali bhutto)为首的左倾政党“巴基斯坦人民党”获得大量支持，成为主要反对党。
阿里•布托出身信德传统上层家庭，在英国获律师资格，原本与阿尤布•汗关系密切，1963年出任军政府外交部长，但1965年第二次印巴战争后，布托不满军政府放弃战场获得的胜利、盲目签署和约，与阿尤布•汗反目。1967年布托一手创建巴基斯坦人民党(pakistan people’s party，ppp)，宣称要在巴基斯坦建立社会主义。其党的基本原则如下：“伊斯兰是我们的信仰，民主是我们的政治，社会主义是我们的经济，所有权力归于人民。”布托也因突出表现成为反军政权的代表人物。
1969年初，全国矛盾加剧，学生与工会成为反阿尤布•汗运动的核心力量，遍布全国的抗议与罢工让政府难以为继。1969年3月，全国最大港口卡拉奇因为罢工陷入停顿，市民要求政治代表权与言论自由，工人要求拥有罢工、最低工资、社会保障等基本权利，政治秩序面临失控。在东巴，“随着政府失去控制，罢工瘫痪了经济……到处有人纵火，食品价格飙升，政府实际上已经不再运转”，整个东巴陷入“无政府社会的边缘”。
面对重重危机，军方高层认为“必须采取行动，以避免东巴分裂”，且只有与政府切断关系，方能不被牵连。失去军方支持，阿尤布•汗被迫公开承认“局势失去控制”。根据1962年宪法，阿尤布•汗本应该将权力移交给国民议会议长，但因“没有其他的宪法上的、有效的方式能应对目前局势”，1969年3月25日，阿尤布•汗将权力交给军方，阿尤布•汗时代正式结束。
叶海亚·汗时期(1969～1971年)
叶海亚•汗一代军人是在阿尤布•汗政治思想影响下成长起来的巴基斯坦新生代，其意识形态、政府运作方式与阿尤布•汗政权没有本质区别，短短两年多执政时间只是上届政权的延续。尽管叶海亚•汗政权努力维持，但阿尤布•汗时代深埋的种种社会矛盾继续发酵，最终第三次印巴战争后，军方黯然下台，巴基斯坦进入民主化时代。
(一)努力缓和矛盾。阿迦•穆罕默德•叶海亚•汗(agha muhammad yahya khan)出身职业军人，毕业于旁遮普大学和印度军事学院，后被选入英国士官学校就读。曾在英国军队服役。1947年印巴分治后，负责组建巴基斯坦第一参谋学院，同年晋升中校。历任营长、师参谋长、步兵旅长和军参谋长。1957年晋升少将，任陆军总参谋长兼联邦迁都委员会主席和首都发展局局长。1962年任巴基斯坦军区司令。印巴战争时期任步兵师师长。1966年任陆军副总司令，晋升中将;后又任陆军总司令，晋升上将。
阿尤布•汗被迫下台后，叶海亚•汗作为军方代表，继承阿尤布•汗政权，3月25日出任军法管制首席执行官，3月31日就任总统。叶海亚•汗上台后，面对社会动荡不安的局面，采取种种措施，缓和社会矛盾，但军方执政雄心没有发生根本改变。
首先，公开回应社会矛盾，恢复社会秩序。面对社会动荡的现实，巴军方不再公开否认东巴、西巴的民主诉求。1969年3月26日，叶海亚•汗在其首次全国讲话中宣布将归权于民，承诺举行大选，“国家必须回到正常，正常的状态必须毫不迟缓地恢复。在国家面临混乱的时候，军队不能是无所事事的旁观者，他们必须尽职，使国家免于灾难，因此，我采取了军管的步骤……我实行军法管制的唯一目的是保障人民的生命、自由和财产并把政府引向正轨……我希望向你们清楚地表明，除为宪政体制创造条件外，我再无其他使命。我坚信，正常、廉洁政府是健全的和有建设意义的政治生活的先决条件，是顺利将政权转给在成人普选基础上自由、公正地选出的人民代表的先决条件。为国家制定一部切实可行的宪法和寻找解决使人心不安的其他政治、经济和社会问题的办法，是被选出的人民代表的任务”。但舆论对军方许诺并不满意，称“谈话没有提到东巴的不满，对未来宪政崩溃后可能的后果也没有提到”，“只有军方才是唯一的法官，可以决定什么是正常，什么不是，因此重建秩序也只能依靠他们”。
为恢复社会秩序，叶海亚•汗惩治官员贪腐，抓捕犯罪分子，尽管学校停课，但政府依然给教师发放工资，学生也不必缴纳学费。在政府整顿下，社会经济秩序稳定下来。
其次，组建军法管制团队，启用军人行政。作为阿尤布•汗培养出来的军队高层，叶海亚•汗政府的最初架构与阿尤布•汗政府非常相似。叶海亚•汗担任军法管制首席执行官，后来又担任总统，陆军总参谋长哈米德中将、空军司令努尔元帅、海军司令阿赫桑中将成为军法管制副执行官。但叶海亚•汗汲取前任被军队抛弃的教训，在担任总统的同时，还继续担任军队总司令，以有效控制军队。
4月3日，叶海亚•汗与上述3名高级将领组成管理委员会，负责处理政府事务，叶海亚•汗亲自负责国防、外交、经济和战略等事务，其余事务由另外三人负责。4月4日，叶海亚•汗颁布临时宪法法令，恢复和执行1962年宪法中的一些规定。为缓和东巴不满情绪，叶海亚•汗还增加了东巴在中央的代表。为进一步加强中央集权，提高行政效率，叶海亚•汗设立首席军法管制司令部，由其主要助手皮札达(peerzada)中将领导，直接将叶海亚•汗的命令传达到各个部门。在各省，当地驻军指挥官同时兼任地区军法管制执行官，但在所有军法事务上需向首席军法管制司令部汇报。
不同于阿尤布•汗政府大量使用职业官僚，叶海亚•汗政府更相信军人素质远胜官员，其助手皮札达将军认为，“阿尤布•汗时期所有事情都由文官处理，这是我们军队的耻辱。这次我们要亲自做所有事情，展现我们的能力”，故军政府将“越来越多的军官投入行政管理部门与政治活动中”，而军人管理民事也非常用心，空军元帅努尔曾发起社会教育改革，但外界褒贬不一。不久，因叶海亚•汗与努尔就军政府管辖范围产生争议，叶海亚•汗解散军方内阁，1969年8月4日任命了新的文官内阁。努尔与海军司令阿赫桑将军退役，然后分别出任西巴、东巴省长。至此，叶海亚•汗政权完成了军法管制向文官政府的转化，但军队仍控制行政大权。
第三，废除西巴合并政策。1955年，西巴旁遮普省、信德省、俾路支省、西北边境省合并成西巴省，但该项政策不得人心，除核心旁遮普省因获益而支持外，信德人、普什图人、俾路支人都不满，希望恢复原先四省建制。而东巴孟加拉人也认为西巴合并的目的就是对付东巴可能在国民议会中占据的多数席位，故东巴也反对西巴合并。为舒缓各省不满，1970年3月30日，叶海亚•汗下令废除“一个单元”计划，将西巴重新分为4个省(旁遮普省、西北边境省、信德省与俾路支省)。
第四，立法巩固军队政治理念。尽管阿尤布•汗政府被迫下台，但军队仍然对国家政权建设有着独到的看法，对军队在政治中的作用深信不疑，并希望利用制宪将军方对政治的理念固定下来。1970年3月30日，叶海亚•汗公布了向民主政治转变的政治改革蓝图《法律框架令》(legal framework order，1970)，其内容主要包括规定实施一院制、按人口比例分配席位、实施成人普选、新选出议会应在120天内制定宪法、宪法应体现伊斯兰思想等，但其核心还是确保军方对宪法、政府架构及议会权力的控制，特别是框架令对国民议会的权力做了较大限制，比如新选出的议会不仅要在4个月内制订出宪法草案，还要得到总统批准或被驳回，而总统也有权修改、解读宪法，其决定不能被法庭改变。
(二)1970年大选及东巴分离。社会秩序稳定后，叶海亚•汗于1970年7月13日颁布选举法令，确定同年10月5日举行大选，后因东巴遭受严重洪灾，大选推迟于12月7日举行。围绕巴历史上首次大选，各派势力展开激烈斗争。
首先，军方精心准备，确保选举不损害国家利益。鉴于东巴、西巴的疏离状态，为确保选举不致引发国家分裂，军方采取分而治之的策略，确保无人能执掌大权。为此，叶海亚·汗创建国家安全委员会，由曾任军方情报局局长的少将古拉姆领导，国家安全委员会地位高于三军情报局与其他情报机构，主要目的是搜集相关国内情况，防止任何政党赢得选举半数以上选票。叶海亚•汗政府“在1970年大选期间，为了能得到一个理想的结果，就威胁、引诱、贿赂各政党”。同时，国家安全委员会积极赞助参与选举的伊斯兰政党，以及穆斯林联盟中分裂出来的各个小党派，希望借此分散选票，从而制造悬浮议会，防止孟加拉人凭借人数优势执掌大权。
其次，选举引发东巴、西巴分裂。1970年12月，选举结果揭晓，与军方预计相反，东巴的人民联盟赢得了国会313个席位中的167席，正好过了半数，且席位全部来自东巴;阿里•布托的人民党赢得了81席，且全部来自西巴的旁遮普与信德省。东巴、西巴的选举结果预示着“巴基斯坦国家统一的失败”。
凭借大选的成功，以拉赫曼为首的人民联盟要求实施多数民主制，未来宪法在其《六点方案》基础上拟定，希望去中央化，加强省级自治。而布托的人民党则要求修改《六点方案》，认为这是在宪法上分裂巴基斯坦，人民党还凭借自己在西巴的胜利要求与人民联盟分享权力(布托希望建立一个人民联盟-人民党联合政府，因为“议会多数党却没有来自西巴的代表……联合政府则会避免目前东、西巴的分离趋势。在这样的环境下，组建联合政府将符合民主原则，政府包括东、西巴的代表，双方观点都会得到反映”。)。
人民联盟与人民党在召开国民议会、制订新宪法等问题上争执不下，军政府左右为难。但军方对人民联盟并不放心，怀疑该党一直计划将东巴从巴基斯坦分裂出去，“军队中许多人难以接受拉赫曼的胜利……军方担心人民联盟上台后会向印度妥协，将克什米尔问题搁置，而且还会将国防费用转到东巴的经济发展上”。
面对政治困境，叶海亚•汗身边的军队高层如中将哈米德、总参谋长皮札达、中将哈桑等一致决定不能匆忙将权力移交给民选政府，希望巴军模仿土耳其模式，保留军队对政府监管的权力。时任军方公共关系部门领导的西迪奇(a. r. siddiqi)准将回忆当时军方陷入困境，“军方突然失去了行动能力……就像格利佛被一群孟加拉小人包围了……在一个接一个危机面前，军方只能随波逐流，暗暗希望保留权力，但表面上却不能作出渴望权力的样子”。
叶海亚•汗承认大选结果，宣布将在1971年3月3日召开新一届国会，但后来因人民党扬言除非拉赫曼同意未来宪法的基本原则，否则拒绝出席国会，军方无奈推迟了国会开幕时间。这引发东巴孟加拉人抗议，3月3日东巴出现大范围罢工，叶海亚•汗政府为加强控制，任命巴军东部司令、现役中将雅各布(sahabzada yaqub khan)出任东巴省长，宣布宵禁，东巴民众与军警发生流血冲突。3月6日，叶海亚•汗宣布国会将在3月25日开幕;同日，驻东巴首府达卡的巴军指挥官警告拉赫曼，如果他破坏国家统一，军队将集中“所有人员、火炮、机关枪，杀死所有叛徒，如果必要的话，军队将把达卡夷为平地，这里将不再有人需要管理、不再有任何东西需要管理”。3月7日，拉赫曼公开宣布其出席国会就职仪式的四项先决条件：军方立即废除军法管制;从东巴撤出军队;调查3月初的惨案;立即将权力移交给人民选出的代表。但人民联盟内部激进分子坚持独立，东巴罢工范围进一步扩大，东巴局势崩溃。
面对紧张局势，巴基斯坦军方一方面做好应急准备(1971年2月中旬起，军方就以印度威胁为借口，开始增强部署在东巴的武装力量，3月1日后更是大幅度增加驻东巴部队)，另一方面试图努力挽回局面。3月16日到23日，叶海亚汗与拉赫曼展开谈判，但最终没有达成协议。3月22日，叶海亚•汗宣布再次推迟召开国民议会。在军方及人民党压力下，3月25日叶海亚•汗宣布东巴秩序失控，下令军队“根据计划”粉碎孟加拉抵抗运动。人民联盟被宣布为非法组织，拉赫曼被指控为国家叛徒而遭监禁。
(三)战争失败下台。尽管军方对于军事行动早就有心理准备，但轻敌使其低估了东巴分裂的严重性。时任总参谋长哈桑将军称，“东巴民众对西巴有许多不满”，但这些都是“当地印度教徒和印度政府加大宣传、给东巴人民洗脑的结果”，是不真实的，否则民众怎么会支持一个“不可靠、危险的叛徒”。巴军计划逮捕人民联盟领导人后，重建东巴政府，消灭东巴激进分子，解除参与叛乱的东巴部队与警察的武装。巴军认为孟加拉人性格柔弱、怯战，相信巴军将轻松荡平当地反抗势力，“军事行动后孟加拉蓬勃的民族主义及要求会很快冷静下来……迅速、有力的军事行动将很快控制局势，政客们会被吓坏。为了保证国家完整，杀几千人不算什么高昂代价”。
这次东巴平叛行动代号为“探照灯行动”，军方希望以此挽救巴基斯坦，在整个行动中，巴军与当地反对孟加拉独立的伊斯兰武装分子联手杀死了大量孟加拉平民。巴军的行动引发内战，由孟加拉军官、东孟加拉军团士兵、东巴准军事部队等组成的解放军(mukti bahini)积极反击巴军。战争导致大量难民涌入印度西孟加拉邦。1971年4月10日，孟加拉人在印度加尔各答成立“孟加拉国临时政府”，印度开始公开干涉，向临时政府提供资金和武器装备。苏联也与印度签署“和平友好条约”，支持印度入侵东巴。11月，印度出兵干涉;12月16日，印军攻占达卡。1972年1月，孟加拉国成立。
东巴独立、与印度作战失败使得巴军方颜面无存。特别是巴军10万大军在达卡向印度投降，极大摧毁了巴军的军事自信，让其国家首要保卫者的形象崩塌。对印作战的失败使军队内部矛盾激化，激进中下级军官认为掌权的高层将领腐败无能，应为战败负责。1971年12月19日，巴军司令部召开会议，参谋长哈米德中将建议巩固军队团结，继续执掌权力，但遭到中下级军官激烈质疑。几名少壮派军官要求叶海亚•汗等将领辞职，并威胁发动军变。同日，特种部队军官宣布不再向叶海亚•汗提供安全保护。在紧急情况下，叶海亚•汗被迫辞职，1971年12月20日，军方向人民党阿里•布托移交权力，军队正式撤出政治。
齐亚·哈克时期(1977～1988年)
齐亚•哈克时期是巴基斯坦政治发展史上相当重要的一环，1970年代末，巴基斯坦已经建国30年，既经历过阿尤布•汗与叶海亚•汗的军政府时代，也见证了阿里•布托的民选政府;既体验了军政权带给国家的稳定、繁荣与政治压制，也品味了民主化带来的自由与混乱。短短30年中，印巴之间爆发三次战争、东巴独立导致巴基斯坦失去半数领土、俾路支民族叛乱此起彼伏，巴基斯坦国家建构的种种不足暴露无遗，齐亚•哈克总结历史经验，针对巴社会现实，推出大量改革措施，很大程度上重塑了巴基斯坦的国家面貌，为之后30余年发展奠定了基调。
(一)全面深化军队对政治的控制。穆罕默德•齐亚•哈克(muhammad zia-ul-haq)1924年生于英属印度的北方邦，后随家庭迁往印度旁遮普省的贾朗达尔市。1945年毕业于印度皇家军事学院，二战末期在英国部队中服役。印巴分治后，齐亚•哈克在巴基斯坦奎达任指挥官和军校教官。1955年毕业于巴基斯坦指挥和参谋学院。1959年、1963年两度赴美国装甲兵军官进修学校和参谋军官进修学校进修。1965年、1971年参加印巴战争。1972年升为巴基斯坦第三军军长，升少将军衔。1975年晋升中将，1976年年3月1日越级出任巴基斯坦陆军参谋长，晋升上将。1977年7月5日发动军事政变上台，1978年9月出任巴基斯坦总统。以齐亚•哈克为代表的军队高层，传承阿尤布•汗、叶海亚•汗等军中前辈的政治理念，厌恶政治失控，崇尚稳定、有序的政治局面。为掌控局势，齐亚•哈克大刀阔斧对政治体系进行了全面重构。
1.重组国家管理机构。1977年7月政变后，齐亚•哈克原本宣布军队只是暂时接管3个月，许诺10月将举行大选。为此，齐亚•哈克做了大量准备工作，但他担心选举难以改变国家混乱局面，认为“为了选举而选举不是答案”，“选举结果必须带来积极的变化，必须产生稳定的政府”。齐亚•哈克对布托的超高人气极为担心，不断推迟选举日期，并接连发布4份白皮书，指责布托政府选举舞弊、滥用职权、财政措施失当。1977年9月，军政府组织了地方委员会选举，人民党推选的代表选举成绩遥遥领先，军政府为此再一次推迟全国大选。到了1977年10月，齐亚•哈克鉴于当时国内外形势，宣布取消大选，实施军法管制，禁止一切政党活动。
齐亚•哈克首先成立军事委员会负责政府管理，成员包括齐亚•哈克本人、巴军参联会主席、空军及海军参谋长。但大权集中于齐亚·哈克及手下几名亲信手中，其主要助手包括拉瓦尔品第第10军团指挥官法伊兹中将、拉合尔第9军团的伊克巴尔将军、白沙瓦第11军团的沙瓦将军等人。法伊兹同时兼任政府顾问及内阁建设、克什米尔事务、联邦检查部部长职务，同时地方各军团指挥官还兼任地方军法管制执行官及省长(直到1980年)。(最初，齐亚•哈克任命4位高等法院首席法官为各省省督，后来由各指挥官兼任。)司法方面，军方建立军事化的简易法庭与常规法庭，负责审理有关社会秩序及军法管制的案件，齐亚•哈克可做最终判决。
地方上，齐亚·哈克设立非党派的基层政府，为增强中央与地方联系，加强中央集权，齐亚·哈克还成立了军法管制执行官会议组织，专门处理有关军法管制的事务。该组织成员包括齐亚•哈克、参联会主席、副总参谋长及各省军法管制执行官，其目的还是上通下达，确保军方对地方的控制。
齐亚•哈克把军队指挥官体系完整纳入政府管理机构，使得政府结构相当稳定。齐亚·哈克统治团队的几位将领，在齐亚·哈克时代历经各个政府职位，直到退休。
2.军人全面介入政治、经济领域。齐亚•哈克政府为回报军队对其夺权的支持，并且认为军人素质远超文职人员，大量启用军官出任政府官员，如大使、副部长、公用事业单位经理等职务。1980年，军队甚至规定，地方行政、警察、外交三部门必须为军队保留10%的名额。1980年，军队指挥官不再兼任各省省长，但齐亚·哈克仍然规定，省长必须由军中素质过硬的资深军官担任。从此，巴政府行政机构开始军事化，军人大量出任政府官员，影响深远。
在经济领域，军队的渗透也达到了极为广泛、深入的程度。齐亚·哈克将以前的军人福利措施制度化，将军队的触角伸向经济各个方面。一是正式规定现役军官可免费获得大小不等的城市居所及农业、商业用地;二是利用行政手段垄断了全国物流行业，军队的三产企业国民物流公司(national logistics cell)迅速将其他所有民营物流企业挤垮;三是军队直接参与商业经营，军队的福利企业福记基金会在军队支持下，从一个小小的福利企业成长为工业集团，经营范围包括房地产、化肥、油气、水泥等行业。在军队支持下，师、团级指挥官纷纷投资商业，许多军官大发横财。巴军方认为军队企业为军官及家属提供福利，也有利于整个经济的健康发展。因为军队企业的成功与低效、腐败的国营公共事业单位形成鲜明对比，故军方认为这是军队管理严格、高效、自律的结果，是军人素质的体现。
同时，军队为了更好地管理国家，高度重视增强军官的管理能力。军官们被大量送入各类大学，学习政治、经济、历史、战略等知识，许多人获得研究生学位。还有许多军官被送到国外，学习非军事科目。类似教育更加增强了军官对自身素质的自信，认为自己在知识、素质方面都远胜那些陈腐、没有文化的地主政客，坚信在国家建设方面，军队比传统政客更有作为。
经过一系列改革，军队在政府管理、社会、经济方面的渗透达到一个全新的深度，远远超过以前的阿尤布•汗和叶海亚•汗政府时期。军队与政府深深融合在一起，而齐亚·哈克作为总参谋长及首席军法管制执行官居于权力结构的核心。
(二)强化军事管制、推行伊斯兰化。为解决军政府合法性问题，进一步巩固军队的执政权力，在军政府彻底控制局势后，齐亚·哈克开始着手修改宪法，大力推行伊斯兰化。
1.加强军事法庭的权力。1980年5月23日，齐亚·哈克修宪加强军事法庭权力。齐亚·哈克规定，军事法庭有权对被指控为叛国罪的人、贿赂和诱使政府和军队官员渎职的人进行审判，无需审讯即可拘留。军事法庭做出的任何判决，各省高等法院及联邦最高法院不得复议重审。
2.强化权力，增强军法管制。1981年3月24日，齐亚·哈克颁布临时宪法令(provisional constitutional order, 1981)，主要内容包括：总统可宣布国家紧急状态;限制政党活动，1979年9月30日前未登记政党全部解散，新党成立需选举委员会首席专员批准;缩小法院权限，最高法院、高等法院、联邦伊斯兰法庭法官必须根据法令重新宣誓就职，且任何法院不得对军法管制提出诉讼，法院无权审判军人，法院法令对军人无效;强调伊斯兰教作用。
3.全面伊斯兰化。针对巴基斯坦国家建设出现的问题，齐亚•哈克认为原因在于巴基斯坦社会缺乏凝聚力，建国30多年来国家单纯遵循世俗政治发展体制，而不是遵循伊斯兰的基本原则，致使全国一盘散沙;因此，他上台伊始，就发誓改变巴基斯坦“微观经济、政治结构，使之更符合伊斯兰基本价值”。他主张只有将巴基斯坦彻底伊斯兰化，才能真正维护国家统一。
1977年9月，齐亚•哈克扩大伊斯兰意识形态委员会权力，后者有权制定实施伊斯兰化的计划，提出使现存法律与《古兰经》、圣行保持一致的建议，成为推动巴基斯坦伊斯兰化运动的主体。1978年12月，齐亚•哈克宣布在伊斯兰基础上建立司法制度。1979年12月，齐亚•哈克建立沙里亚法庭和宗教法庭，以作为现有法院的补充，沙里亚法庭可审理任何案件，也可废除与伊斯兰教不一致的法律。1988年6月，齐亚•哈克将沙里亚法作为巴基斯坦最高法律，巴基斯坦法律体系实现全面伊斯兰化。
社会经济方面，齐亚•哈克规定可根据《古兰经》和圣行对一些特殊罪行如偷窃、饮酒、通奸进行处罚，实施天课及十一税等。
齐亚•哈克还在军队中推崇伊斯兰价值观。巴军作为穆斯林军队，向来就有利用宗教激励士气的传统，军方出版物在回顾巴基斯坦历史时，总是追溯到“穆斯林统治南亚”时代。长期的精神塑造使得巴军对自身军事素质相当自信，同时蔑视由“非战斗民族统治的印度军队”。最初巴军不愿招募孟加拉人入伍，也是因为孟加拉人传统上被认为懦弱，不具备军人素质。
齐亚•哈克时期，巴军的伊斯兰特征日益明显，美国南亚问题专家科恩认为，巴军教育与社会生活的伊斯兰化是军官社会态度和外在行为的重要根源。在巴军中广泛传播的伊斯兰战争理论专著《古兰经中的战争理念》就强调以安拉之名而进行的战争才是正义的，“与那些暴君与压迫者作战”。齐亚•哈克为其撰写的序言中也规定了穆斯林士兵与民众的责任，“穆斯林军队中的职业士兵为穆斯林国家的雄心而战，但如果他的所有活动不是以安拉名义进行，那他就不是一个专业人员。而穆斯林国家中的非军事人员也必须同样像战士一样，对国家唯一的战争模式非常清楚”。在齐亚•哈克时期，军队风气日益保守，军中不再饮酒，注重礼拜，留胡子的官兵越来越多，军中宣教团也发展迅速。
4.支持伊斯兰武装圣战。除将伊斯兰引入军队外，齐亚•哈克还利用伊斯兰武装分子作为国家安全政策工具。因为阿富汗圣战运动取得成功，三军情报局开始在克什米尔地区利用圣战武装打击印度，这给未来巴国家安全带来深远影响。到了1990年代，军方还曾利用武装团伙打击民选政府。
全面伊斯兰化是齐亚•哈克尝试改变巴基斯坦政治生态的手段，其核心在于利用传统宗教手段，规避现代民主价值观影响，重构巴国家面貌，某种程度上与阿尤布•汗的基本民主制精神相似。
(三)军人领导下的民选政府。尽管齐亚•哈克采取种种手段，实施军人专政，但各民主党派也并非坐以待毙，他们组织的重建民主运动(movement for the restoration of democracy，mrd)对军政府构成了很大挑战。
1981年，人民党联合其他七个被取缔的政党组成重建民主运动，要求取消军法管制，依据1973年宪法举行大选，重建民主体系。而军政府绞死阿里•布托，打压人民党，致使人民党老家信德省出现了分离主义思潮。1983年8月12日，齐亚•哈克政府宣布地方立法会选举按照伊斯兰方式举行，禁止一切政党参加，各党派成员以个人身份参加竞选。这在信德省激起轩然大波，从8月到10月，重建民主运动进入高潮，信德省街头抗议游行不断，同时全国范围内各党派都因被排除在选举之外而发起抗议，引发许多暴力活动。齐亚•哈克政府出动军警镇压重建民主运动，造成重大伤亡。
重建民主运动的激烈反抗，让军政府合法性问题再次浮上水面。为安抚人心，齐亚•哈克政府宣布1985年举行大选，以保证国家政治平稳发展。为确保万无一失，齐亚•哈克首先在1984年举行公民投票，选举自己为总统，他获得选票总数的97.7%(选票上只有一个问题，是否支持齐亚·哈克的伊斯兰化政策，回答支持就等同于支持他当选总统)。然后，齐亚•哈克利用穆哈吉尔人(是印巴分治期间，从印度迁移到巴境内的穆斯林，通用乌尔都语，主要集中在信德省的卡拉奇等大城市，与当地的信德人争夺各种资源，矛盾逐步激化)与信德人的民族矛盾，制衡人民党。军方大力扶植穆哈吉尔人政党“统一民族运动党”(mqm)，使其控制了信德省卡拉奇、海德拉巴等大城市，对之后信德省地方政治生态造成深远影响。然后，齐亚•哈克大幅修改1973年宪法，从法律上牢牢巩固了自己的权力：一是改总理制为总统制，在齐亚•哈克看来，布托主持制订的1973年宪法没有制衡总理权力，最终酿成1977年政治危机。因此，他将原本属于总理的各项权力，如任命关键政府官员、省长、军队指挥官、选举委员会主席等都收归总统，最高法院法官也必须由总统任命;二是总统拥有解散国民议会的特权(根据1985年宪法第8修正案，在形势危急，政府无法根据宪法运转，有必要重新选举时，总统可自由解散议会);三是重设国家安全委员会，负责就巴基斯坦的安全以及其他重要的国家事务提供建议。国家安全委员会由总统、总理、参议院主席、参联会主席、三军参谋长、各省首席部长组成，其成立为总统与军方“参与国家安全决策，监督政府运行提供了宪法保障”。同时，齐亚•哈克牢牢控制军权，在其掌权的11年期间，他曾任命几位代理或副参谋长，但自己始终担任军队一把手，从没有脱下军装。
在做好充分准备后，1985年2月25日，巴基斯坦举行建国后的第三次大选，这次大选还是按照伊斯兰方式，在无党派基础上进行的，选举产生的209名议员中仅有47人参加政党组织。新当选议会批准了军法管制期间的各项政策，通过了齐亚•哈克主导的宪法修正案。3月24日，齐亚•哈克总统提名的前铁道部长穆罕默德•汗•居内久(mohammad khan junejo)当选总理;居内久出身信德省，是穆斯林联盟的老牌政客。
4月10日，居内久文官政府宣誓就职。这是巴历史上第一次军政府向文官政府和平移交权力。当年12月，巴基斯坦正式取消军法管制，恢复实施1973年宪法，恢复公民基本权利，政党开始活动。
1985年到1988年，是齐亚•哈克领导的民选政府阶段，表面上巴基斯坦恢复文官政府，但齐亚•哈克代表军方实际掌握国家。国防、外交仍在军方掌控之下，财政与国家建设事务由政府与军方共同管理，其他事务才由政府掌管。
起初，居内久内阁与齐亚•哈克合作顺利，但随着时间发展，围绕权力争夺，军政矛盾逐步尖锐。总统齐亚•哈克不断批评政府，并鼓励其伊斯兰盟友“就民主和选举过程进行辩论”。居内久总理也开始批评总统及军方特权，并扬言要严格管理军队。特别是居内久开始参与外交事务，将齐亚•哈克排除在具体事务之外，他邀请各政党开会，就苏联撤出阿富汗的时间表达成共识。这些事件让齐亚•哈克逐渐对居内久产生不满。1988年4月10日，拉瓦尔品第发生一起军火库爆炸案，上百人死伤。居内久下令调查，就在调查结果即将公布之前的5月29日，齐亚•哈克动用总统权力解散议会，解除居内久总理职务，此时距离居内久政府上任还不满三年。随后齐亚·哈克宣布将在1988年11月举行大选，但当年8月，齐亚·哈克乘坐的飞机神秘失事。(这是巴基斯坦历史上著名悬案之一。当时他正在巴哈瓦普尔参加一款新型坦克的测试，结束后乘c-130大力神号回拉瓦尔品第，但飞机起飞不久就失事坠毁。飞机上还有美国驻巴大使、巴参联会主席以及其他军官。关于失事原因众说纷纭，苏联克格勃、印度调查分析局、美国中情局都成为怀疑对象。美巴组成联合调查组也没有得出一致结论，巴方认为是有人破坏，美方认为是机械故障。)11月16日，大选如期举行，人民党获胜，12月2日，贝•布托正式宣誓就任巴基斯坦总理，巴基斯坦政局进入新阶段。
虽然齐亚•哈克实行铁腕治国，但在其统治下，巴基斯坦经济发展进入快车道。齐亚•哈克上台之初，巴经济濒临崩溃;齐亚•哈克政府积极调整经济结构，推行非国有化政策，鼓励私人投资，扩大出口，收到良好效果。1978～1988年，巴基斯坦年均经济增长率高达6%以上;1986～1987年，巴基斯坦人均收入达到390美元，居南亚之首，而同期印度为290美元。
穆沙拉夫时期(1999～2008年)
1988年齐亚•哈克突然去世，外界环境不利于军队继续执政，故军队自动退出政治舞台，但军队没有受到制约，仍实际掌控政局发展方向。在齐亚•哈克统治时期，军队与政治结合更加紧密，军人对政治的理解也越发深入，对政客的不信任进一步加剧。在齐亚•哈克政府之后的贝•布托、谢里夫政府时期，军队对文官政府的权威施加各种限制，军政矛盾成为1990年代巴基斯坦政治的突出特征，军队对政府管理的干涉也更加深入。加上其间巴基斯坦经济发展不力，社会大众对民选政府失望，军队声誉逐步恢复。1999年，军方与谢里夫政府矛盾激化，军方再次直接上台执政。巴基斯坦的军事政变与当时世界民主化浪潮相背，以至于曾有学者对穆沙拉夫军变惊叹：巴基斯坦是否在扭转民主化第三波浪潮。
(一)推行现代化。佩尔韦兹•穆沙拉夫(pervez musharraf)1943年8月11日出生于印度新德里，1947年移民到巴基斯坦的卡拉奇，因此他属于来自印度的穆哈吉尔人。1961年穆沙拉夫入伍，进入巴基斯坦陆军军校学习。1965年和1971年，参与两次印巴战争，表现突出，曾先后在自行火炮团、特种作战营、装甲师属炮兵部队、步兵师和野战军中任职，后赴英国学习并在奎达指挥参谋学院和巴基斯坦国防学院任教，历任陆军司令部作战局副局长、副军事秘书、作战局局长等职。1991年穆沙拉夫晋升少将，1995年晋升中将，1998年10月出任陆军参谋长，晋升上将军衔。1999年10月发动军变任首席执行官。2001年6月20日，穆沙拉夫宣誓就任巴基斯坦总统。面对当时国家政党相争、经济崩溃的局面，穆沙拉夫推行改革，力图将国家带入现代化轨道。
1.打造政治合法性。1999年10月12日，穆沙拉夫发动兵变上台，首先宣布全国进入紧急状态，自任首席执行官，暂停宪法，暂停国民议会及各省议会运转;解除总理职务，解散内阁，各省政府也全部解散。随着民主观念深入人心，且冷战结束，现代民主正处于兴盛期，巴军方意识到国际社会难以接受军变作为政权更迭形式，所以穆沙拉夫没有采取军法管制，而是由自己担任首席执行官。他在演讲中解释说，“宪法只暂停实施，这不是军法管制，只是民主的另一条道路。军队不会掌权太久，一旦巴民主体制完善，军队马上就会退出”。
2000年5月，巴基斯坦最高法院裁定这起“军事接管”是“必要的行动”，从而承认穆沙拉夫政府的合法性，但要求穆沙拉夫在3年内举行大选。最高法院的裁决让巴基斯坦军队拥有了自由行动的大权，只要军方维持宪政体制、联邦制、议会体制、司法独立，军方完全可以凭借修宪实现政治蓝图。2002年4月，通过全民公决，穆沙拉夫以97.5%的选票当选总统，为期5年。为鼓励公民支持穆沙拉夫继续改革，选票上刊登了穆沙拉夫的改革目标，“重建国家机构，建立真正、可持续民主，确立地方管理体系，保证地方政治良治，确保民众福利，打击恐怖主义、教派冲突”。
2.调整政治架构，推行开明专制。人民党与穆斯林联盟执政时期，政治不稳、官员腐败、经济表现不佳，卡拉奇等城市冲突不断，民众生活水平下降，怨声载道，认为民主已经脱轨，巴缺少坚强、统一的领导体系。穆沙拉夫政府上台后，决定重整政治体系。
1999年10月17日，穆沙拉夫颁布了其执政理念的七点计划，这份计划是军方政治思想的体现，是军方深思熟虑与汲取外界经验的结果，具有现代化特征：1.重建国家信誉与士气;2.增强中央政府权威，减少各省纷争，增强国家凝聚力;3.复兴经济，重建投资者信心;4.确保法治，实施快速审判;5.政府机构非政治化;6.向草根阶层放权;7.确保快速、全面问责制。
1999年10月30日，穆沙拉夫创建军人主导的国家安全委员会(national security council)，由其本人领导，成员包括海军、空军参谋长以及法律、财政、外交专业人员等共6人。国安委主要职责是向首席执行官提供各方面建议，范围包括“国家安全、外交、法治、腐败、问责、银行及公共债务、财政、经济、社会福利、健康、教育、伊斯兰、人权、少数民族权益保护、妇女”。穆沙拉夫创建国家安全委员会，也是出于为军方执政提供合法渠道的目的。在穆沙拉夫看来，国家安全委员会可以对总理权力进行制衡，也可以防止军方进一步干政，因为军方可凭此“向总理提出自己关注的问题”。对此，穆沙拉夫总结说，“如果你想让他们(军方)不干政，那就拉他们进来”。军队内部对国家安全委员会高度认可，认为可凭此为军方参与决策提供法律保障，也利于更好进行国家构建，并利于在各省公平分配资源。而穆沙拉夫甚至在下台后，仍坚持“如巴基斯坦的民主结构要稳定、制衡，军方就应该在政治上发挥作用”。
2004年，国家安全委员会成为法定机构，成员包括总统、总理、参议院主席、国民议会主席、国民议会反对派领袖、各省首席部长、参联会主席及陆海空三军参谋长，其职责是“作为咨询机构，就事关主权、国家领土、安全、民主、政府管理、各省关系等问题提供建议及协调”。
1999年底，穆沙拉夫创建国家问责局(national reconstruction bureau)，由退役中将坦维尔(tanvir naqvi)任局长，负责追查贪腐政客案件，并负责政治改革计划。2000年8月，谢里夫因“劫机”被判终身监禁。2000年12月，在沙特斡旋下，穆沙拉夫同意谢里夫连同家人流亡沙特，但10年内不得回国。(2007年谢里夫回到巴基斯坦，就其案件向最高法院提起上诉。2009年7月，最高法院推翻其所有罪名。)2002年7月，国家问责局提出一系列修宪主张，希望重构议会体制。2002年8月21日穆沙拉夫颁布《法律框架令》(legal framework order)，正式拉开改革序幕。《法律框架令》首先确认穆沙拉夫所有行动、举措、军政府颁布的法令有效，并确认穆沙拉夫连任总统，为期5年，同时兼任陆军参谋长。《法律框架令》还授权总统可解散议会、任命军队首脑、省长，首席大法官任命需得到总统批准。《法律框架令》还裁定国家安全委员有效，为军方参政提供法律基础。穆沙拉夫希望这些举措可以“将真正的民主引入巴基斯坦，将巴基斯坦从民主化的独裁中推进到以选举为本质的民主当中”。对于外界质疑其身穿军装，却能解散议会，这违反了议会民主的本质，穆沙拉夫回应说，“除非有统一指挥，有一个人总领全局，否则议会体制根本不能发挥作用”。
军方只是负责重大决策，在国家安全委员会之外，穆沙拉夫任命专业人才组成文官内阁，推行改革，穆沙拉夫还承诺尊重媒体自由，废除媒体审查，放开私人电视台与电台频道，推动了巴基斯坦社会自由的发展。
(二)解决执政合法性问题，改造政治基层结构。要解决军人政权的合法性问题，打造宽松政治环境，选举就成为军方无法回避的问题。为此，穆沙拉夫做了精心准备。
一方面推动政治自由化，开放私人媒体，允许有限的政治多元主义;另一方面，军方支持成立各种政党作为执政根基。为分化、瓦解穆斯林联盟(谢里夫派)(pml-n)，三军情报局在幕后策划成立了穆斯林联盟(领袖派)(pml-q)，作为军政府执政伙伴，领袖派成员主要来自谢里夫派内部对谢里夫不满的部分政客。为拉拢宗教势力，穆沙拉夫大力支持由6个宗教政党组成“联合行动同盟”(mma)，进一步分化谢里夫派所处的右翼阵营(联合行动同盟前身是阿富汗防务委员会(afghan defense council)，于2001年10月成立，由20多个宗教政党和教派组织组成，主要是反对美国的阿富汗战争，反对巴基斯坦支持美国的反恐战争)。
因传统政客多出身地主家族，文化水平不高，穆沙拉夫下令竞选议员至少需要本科学历，这就将大批人民党及穆盟(谢里夫派)成员排除在外;同时政府认可宗教学校学历等同于本科，联合行动同盟成员就可凭此竞选议员和公职。另外，穆沙拉夫修改选举法，规定一人只能最多担任两届总理，这就从法律上使已两次出任总理的贝•布托和谢里夫丧失就任总理资格。
在准备妥当之后，2002年10月巴基斯坦举行大选，穆盟(领袖派)大胜，在中央及旁遮普省组阁，巴基斯坦在形式上实现了军政府向民选政府的转变。联合行动同盟在西北边境省获胜组阁，在俾路支省则是联合行动同盟与穆盟(领袖派)联合组阁。宗教政党联合行动同盟的快速崛起让美欧深为忧虑，担心巴基斯坦落入宗教极端势力之手，穆沙拉夫也凭此成为美欧心中唯一可以抵抗伊斯兰极端主义的政治强人。而联合行动同盟则对穆沙拉夫投桃报李，2003年12月在议会支持通过宪法第17修正案，批准《法律框架令》，为穆沙拉夫政府增强合法性。
在确保军方执政合法性的同时，穆沙拉夫还推动基层政权改革。巴军将领对议会民主制抱有疑问，认为文化水平低下的大众难以真正理解和行使民主权利，认为教育水平低下是巴缺乏民主文化的主要原因。而创建地方行政体系、制约地方权贵，是军政府考虑的优先事项;在1959年与1979年，军政府就曾两次作出努力。穆沙拉夫上台后，其重构民主着重从基层入手，希望将权力直接从最高层下放到基层，精心推出“权力下放计划”(devolution plan)。穆沙拉夫认为，“权力下放是一场建设性、民主的、生机勃勃的革命开端，其唯一目标是将权力交给人民，让人民掌握自己的命运。一场史无前例的从精英向大众让权的转移即将发生”。
军方设计的地方政治体制包括三层：社区、分区、地区。三层分别选举产生委员会，每一层级都有选举产生的行政长官、委员会、政府，而分区、地区层次的政府拥有实际管理权，国家提供相应预算支持，地区副专员及警方向地区行政长官负责。权力下放计划的精髓在于“通过授权、参与和代表，将民众置于政府和发展的中心地位”。在巴基斯坦历史上，这是第一次由选举产生的官员执掌地区政府，负责行政及法治，形成了一个有凝聚力的政治结构。因为不信任政党，穆沙拉夫规定地方选举在非党派基础上举行，以避免地方“琐碎的政治斗争”。
权力下放计划虽然遭到反对派抨击，但其架空了省级政府，军方绕过联邦、省议会，直接创建地方机关，打击了以联邦、省议员为代表的地方权贵利益。这与以前的阿尤布•汗、齐亚•哈克政策一脉相承，军方控制的政府将资源和权威下放给非党派地方精英，切断其与政党的联系，为军方巩固执政根基。军中官兵对此颇为认同，认为基层民主实践可让真正的民主和公民意识在巴繁荣发展。“尽管低效、无能的政客仍可能追求权力”，但民众“将更好理解民主价值”，一旦有权在地方上自己选择领导人，民众会抛弃那些传统政客。军方对这个计划很有信心，但也有部分将领担心地方政府被地方豪强绑架，成为他们的工具。
(三)职业文官成为军方附属。军队与职业官僚的关系是巴基斯坦政治的重要内容。1947年独立伊始，巴基斯坦在印度文官制度基础上建立行政体系(pakistan administrative services)，1950年改名为公务员制(civil service of pakistan)。1973年巴基斯坦拆分原先的公务员体系，建立地区管理集团(district management group)制度，即地区、省、中央层级的行政官员制度，负责国家建构及行政决策，2012年更名为巴基斯坦行政服务部门(pakistan administrative service)。
阿尤布•汗政府时期，虽然他大权独揽，但在具体行政上主要依靠职业文官，一些重要的决策职位也仍由文官担任。因为法律保障文官的任期不受干涉，文官的入职、培训、职位安排基本上都是自行决定，在体制上维持了一定的自主权。进入齐亚•哈克时期，当时的行政官僚(地区管理集团)成为军政府的小伙伴，只有少数高级文官能担任次长等职务。
穆沙拉夫上台后，进一步降低职业官僚的地位。因为军队对文官评价很低，穆沙拉夫认为依靠素质低下的官僚难以真正执行改革措施，外国援助机构与国内的非政府组织也经常谴责巴官僚贪腐，效率低下，穆沙拉夫对此也有清醒认知：“整个的管理体系被扭曲了，中央政府干涉地方政务达到惊人程度。”
为确保官僚机构正常运转，军方首先派遣大批低、中级军官进驻各部门，监督官员办公，确保行政效率。军官督导团主要由现役军官组成，包括军情局和三军情报局人员都被部署到省级和地区政府，以监督、鉴定那些“需要军队出面重组的所有机构”，评估“公众对政府管理的感受及影响”，并向“首席执行官和国家安全委员会汇报政府机构重组及政策演变的情况”。简而言之，这些军官主要有两项工作：监督官僚与搜集情报。
派遣军官督导团只是军方大规模重组国家机关的序幕。为减少改革阻力，军政府有意利用地区管理集团与警方、税务部门的矛盾，分而治之。2000年，国家问责局发布题为《国家重建的框架分析》报告，严厉批评地区管理集团。报告指出：“地区管理集团完全控制行政管理，而这个集团与外国赞助者有密切联系，其他管理部门受其控制，深为不满，积极支持对管理机构进行民主化改革。结束该集团对地方行政事务的垄断是军队获取管理权的前提，也是国家重建的重要条件。”
随后，军官开始大规模进入行政机关。穆沙拉夫政府对地方行政机关的渗透远远超过齐亚•哈克时期。除了各机关给军方保留10%的法定名额外，约有1000余名现役或退役军官被派遣到各个部门参与管理，其中包括大学、外交使团、反腐机构，甚至一些运动管理部门如板球、曲棍球协会也有军官入驻。把军官派遣到行政部门，一方面可以带给军人直接的经济利益，确保军队对穆沙拉夫的忠诚;另一方面也是军方防止政府腐败的重要手段。
为树立公正廉洁、尽责、良好治理等社会风气，军方还严把公务员入口关，将重建政府机构的行动扩大到招募、培训层面，最后军方几乎完全垄断公务员的招收、培训和职业发展。2005年，负责招收公务员的联邦公共服务委员会主席及3名成员都是前军官，其主席还是中央选拔委员会主席，负责公务员19、20及以上级别的晋升。负责进行公务员初任培训的政府行政学院院长是一名两星少将，而负责高级公务员培训的巴基斯坦管理干部学院则是由一名退役的中将任院长。此外，4所负责中层官员培训的国家公共管理研究所中的3所是由军官做领导，这些学院中还有许多军官充当教官。
(四)合法性危机。尽管穆沙拉夫带领军队大刀阔斧推进政治改革，但军人干政毕竟难以解决自身合法性问题。后来穆沙拉夫又与最高法院发生冲突，他将首席大法官解职，最终激起律师、政党等联手反对，社会舆论愈演愈烈，军方撤回对穆沙拉夫的支持，穆沙拉夫黯然下台。
1.司法危机。军队掌权不能无限制控制社会，掌权两年后，穆沙拉夫逐步启动政治自由化进程，放松对公民自由的管控，开放媒体，允许有限的政治多元化。但政治宽松与军队专政是一种矛盾，一旦专制政权开放有限竞选，就意味着集体行动代价不再高昂。巴基斯坦最高法院首席大法官伊夫蒂哈尔•乔杜里(muhammad iftikhar chaudhry)成为穆沙拉夫下台的主要推手。
在巴基斯坦历史上，司法与军方的关系非常密切，通常最高法院会在事后认可批准军事政变，赋予其政治合法性。乔杜里本人也曾是穆沙拉夫的坚定盟友，1999年12月，乔杜里作为最高法院的一名法官，曾同意认可穆沙拉夫军变。在几个重大事件如2002年全民公决、2003年宪法修正案以及穆沙拉夫在首届总统任期内兼任陆军参谋长之事上，乔杜里也坚定支持穆沙拉夫。但2005年乔杜里出任首席大法官后，两人矛盾逐步激化。在乔杜里引导下，最高法院连续提起公共利益诉讼来对抗政府，如在管制基本商品价格、取消公共事业私有化合同、追溯几百名失踪人员(这些失踪人员多数是巴基斯坦加入美国领导的反恐同盟后情报机构抓获的犯罪嫌疑人，没有经过正规司法程序就被收押)等案件上，政府与司法对抗愈演愈烈。
2007年10月，穆沙拉夫首届总统任期行将结束(根据1973年宪法，总统是由国民议会(下院)、参议院以及四省省议会议员组成的选举人团选出)，他欲谋求连任，但因其同时兼任陆军参谋长，违反法律规定，因此穆沙拉夫担心最高法院不支持(1973年宪法第41条第1款禁止一人担任总统职务的同时兼任其他公职，而2002年最高法院曾认可穆沙拉夫担任总统的同时兼任陆军参谋长)，就于2007年3月7日以滥用职权为由将乔杜里解职，并将其软禁在家。此举激起全国律师抗议，而媒体随之跟进，密切跟踪乔杜里在全国的讲话，零星抗议终于汇成律师运动，全国上下要求乔杜里复职的呼声不断高涨，并逐步演变成反政府的民主运动。最终，最高法院裁决政府对乔杜里的指控不成立，乔杜里于2007年7月复职。
面对汹涌的反对浪潮，穆沙拉夫开始秘密与人民党接触，希望两者合作维持统治，而美国居中协调，希望增强穆沙拉夫政权根基。贝•布托则希望结束10年放逐生涯，重回权力核心，她提出几项合作前提条件：穆沙拉夫必须辞去陆军参谋长职务;举行公正、自由大选;解除贝•布托、谢里夫等人第三次竞选总理的限制;撤销贝•布托夫妇身上的贪腐指控。经过双方谈判，2007年8月，两人达成协议，人民党同意穆沙拉夫连任总统，而穆沙拉夫撤销贝•布托夫妇贪腐指控及连任总理的限制。10月5日，穆沙拉夫颁布《全国和解令》(national reconciliation ordinance)，解除贝•布托夫妇身上的贪腐指控，为贝•布托回归铺平道路，随后再次当选总统。但最高法院质疑《全国和解令》的法律效力，并宣布因为穆沙拉夫参选资格问题(2002年穆沙拉夫就经过当时的国会、各省议会当选为总统，但2007年穆沙拉夫仍想在这届国会中竞选连任。此举遭到反对派抨击，反对派议员全体从国民议会(下院)、各省议会中辞职，人民党因为与穆沙拉夫有约定，没有退出国会，但也没有支持穆。)，总统选举结果要等到最高法院裁决方能公布。最高法院的步步紧逼让穆沙拉夫忍无可忍，2007年11月3日，穆沙拉夫暂停宪法，宣布紧急状态，此举得到军方高层大力支持。穆沙拉夫颁布临时宪法令，规定所有最高法院法官必须重新宣誓服从政府，否则就被解职，并将60名不愿重新起誓的法官逮捕。随后，穆沙拉夫任命忠于自己的法官出任最高法院法官，这些法官确认穆沙拉夫第二次当选总统。
2.众叛亲离，黯然下台。穆沙拉夫一系列举动激起社会更大反弹，以律师、民主党派、记者等为主的反对派激烈反对穆沙拉夫实施紧急状态，穆沙拉夫政府逮捕数千名抗议者，对媒体进行审查、打压。这种情况下，贝•布托也难以继续公开与他合作，开始要求穆沙拉夫辞职，人民党与穆斯林联盟(谢里夫派)开始合作，要求军方下台。
军方支持穆沙拉夫实施紧急状态，但对其连任总统并不赞同，而且军中部分官兵对于穆沙拉夫参与美国主导的反恐战争并不认同。在穆沙拉夫明显失去民心的情况下，军队担心自己与他联系在一起会使军队利益受损，最终，军团司令们“不再支持穆沙拉夫，希望他脱下军装”。美国小布什政府也坚持穆沙拉夫应脱下军装，举行大选。
2007年11月28日，在内外压力之下，穆沙拉夫辞去军职，成为文职总统，并许诺在2008年1月之前举行大选。贝•布托在竞选期间遇刺身亡。2008年2月，全国议会选举中人民党在贝•布托丈夫扎尔达里领导下获胜，并与穆斯林联盟(谢里夫派)、普什图人政党人民民族党(anp)等党派在中央及各省联合执政(根据各省选票情况，人民党在信德省、穆盟(谢里夫派)在旁遮普省、人民民族党在西北边境省组阁)。2008年6月，穆盟(谢里夫派)与人民党因对待法官复职一事有分歧而退出中央政府;8月7日，人民党与穆盟(谢里夫派)达成协议，联合弹劾总统穆沙拉夫，支持法官复职。随后，全国四省议会通过决议，要求穆沙拉夫接受在议会对其进行信任投票表决或辞职，否则就要对其发起弹劾。随着政治形势越来越紧张，据传穆沙拉夫有意根据宪法第58条第2款，解散议会及政府，但军方高层召开会议商讨后，决定撤回对穆沙拉夫的支持。同时，军队为维护军方尊严，决定保护穆沙拉夫不受弹劾之辱。最终，穆沙拉夫被迫辞职，而政府也没有追究他的责任，并让其安然出国。除了军方保护穆沙拉夫之外，英美也为其获得安全通道发挥了一定作用。
穆沙拉夫带领军队实行改革，推动社会自由化，一定程度上促进了巴基斯坦经济发展与社会进步，但他倡导的“启蒙现代化”运动不仅受到保守派敌视(认为其背离了伊斯兰国家的本质)，而且国内自由派也并不满意(认为穆沙拉夫政府只是借助启蒙口号来赢得国际社会的关注和支持，增加自身统治合法性而已，并没有真正去推行相关政策)。
九•一一后，在美国压力下，穆沙拉夫被迫放弃以往支持塔利班的政策，转而打击伊斯兰武装团伙，被巴基斯坦国内保守势力视为对穆斯林世界的背叛。巴军内部也对他参与国际反恐行动不满，2003年他的两次遇刺与军中的某些激进分子不无关系。而巴军在部落区的军事行动，进一步激化了国内的反军政府情绪，认为巴军成为美国工具。另外，贫富差距拉大、俾路支局势动荡逐步侵蚀着军政府的执政基础。电力短缺、物价高涨也让政府不得人心，种种危机借助司法危机涌现出来，司法危机成为压垮穆沙拉夫政府的最后一根稻草。
结论
巴基斯坦军队几次上台执政，其特定历史背景都不相同，但每次军变背后，都能看到巴政治的涣散无力、军队现代化、国家面临内外两方面威胁等因素的影子。军队上台后，往往针对政治弊病推行大规模改革，军人深度介入政府、社会管理，一定程度上提高了行政效率，促进了经济与社会发展，增强了巴基斯坦国家实力。但军队执政往往无法克服自身的天然弱点，如合法性、传承、既得利益集团等，最终激起社会激烈反对被迫下台。
建国伊始，巴基斯坦面临内外两方面威胁，国家资源大半投入军事，军队迅速实现专业化、制度化，与发展缓慢的政治体系形成鲜明对比，军队开始滋生政治意识，自视为国家利益最终保护人。1958年军队政变上台，直到1971年末下台，长达13年由军方直接执政，其间政治稳定、经济繁荣，与1950年代的政治混乱、经济落后形成对比，让军人更加相信军人的管理能力超过世俗政党，军队是国家利益监护人意识得到确立、发展。特别是阿尤布•汗长期担任军队总司令(1951～1959年)、总统、陆军元帅(1959～1969年)，其政治理念灌输全军，对巴历代军官都产生了影响，成为组织化的意识形态及传统。
军队对政治的认识随着时代也在不断发展，叶海亚•汗上台后，开始正视国内民众的民主诉求，组织大选，但东巴分离，军方也黯然下台。“军事投降损毁了军队形象，让叶海亚•汗名誉扫地，被迫辞职。凭借巧妙手段，阿里•布托一石二鸟，牺牲巴基斯坦，成就了个人雄心，成为国家的第一人”。
经历了阿里•布托的人民党统治导致的社会动荡，1977年军队再次出面整顿秩序，齐亚•哈克领导军队再次改造社会，将军队指挥体系纳入政府管理，全面推行伊斯兰化，修改宪法，军队对政治的控制进一步深化。之后又还权于民。而到了1999年，军队无法容忍国家日益溃烂的状况，再次政变上台，穆沙拉夫大力推行启蒙现代化，军官大规模进入政府，改造地方行政体系，力图建立真正的基层民主，将巴建成现代化国家。但穆沙拉夫仍难以摆脱合法性问题，最终无奈下台。
巴基斯坦军队与政治的深层次联系，一方面源于军队自主干政意识，另一方面也与巴国内民主体系发展不健全有关，政党与社会经济问题也助推了军人干政意识的强化。主观、客观条件相配合，造成了巴军不断干政的现实。
(相关简介：杜冰，中国现代国际关系研究院副研究员。限于篇幅，未保留文章注释。)
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